2024

Journal articles

titre

The hinge-engineered IgG1-IgG3 hybrid subclass IgGh47 potently enhances Fc-mediated function of anti-streptococcal and SARS-CoV-2 antibodies

auteur

Arman Izadi, Yasaman Karami, Eleni Bratanis, Sebastian Wrighton, Hamed Khakzad, Maria Nyblom, Berit Olofsson, Lotta Happonen, Di Tang, Martin Sundwall, Magdalena Godzwon, Yashuan Chao, Alejandro Gomez Toledo, Tobias Schmidt, Mats Ohlin, Michael Nilges, Johan Malmström, Wael Bahnan, Oonagh Shannon, Lars Malmström, Pontus Nordenfelt

article

Nature Communications, 2024, 15 (1), pp.3600. ⟨10.1038/s41467-024-47928-8⟩

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Journal articles

DOI

DOI : 10.1038/s41467-024-47928-8

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titre

Cysteine hyperoxidation rewires communication pathways in the nucleosome and destabilizes the dyad

auteur

Yasaman Karami, Emmanuelle Bignon

article

Computational and Structural Biotechnology Journal, 2024, 23, pp.1387-1396. ⟨10.1016/j.csbj.2024.03.025⟩

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Journal articles

DOI

DOI : 10.1016/j.csbj.2024.03.025

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Book sections

titre

Structure and Dynamics of Type 4a Pili and Type 2 Secretion System Endopili

auteur

Nadia Izadi-Pruneyre, Yasaman Karami, Michael Nilges

article

Macromolecular Protein Complexes V, 104, Springer International Publishing, pp.549-563, 2024, Subcellular Biochemistry, 978-3-031-58842-6. ⟨10.1007/978-3-031-58843-3_21⟩

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Book sections

DOI

DOI : 10.1007/978-3-031-58843-3_21

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Poster communications

titre

Horseshoe bats from Southeast Asia host a high diversity of Sarbecoviruses, including close ancestors of SARS-CoV-2

auteur

Sarah Temmam, Khamsing Vongphayloth, Tran Cong Tu, Béatrice Regnault, Massimiliano Bonomi, Eduard Baquero, Cécile Hérate, Sandie Munier, Delphine Chrétien, Flora Donati, Thomas Bigot, Léa Vendramini, Philippe Pérot, Yasaman Karami, Océane Dehan, Faustine Amara, Bounsavane Douangboubpha, Daosavanh Sanamxay, Vilakhan Xayaphet, Phetphoumin Paphaphanh, Somphavanh Somlor, Khaithong Lakeomany, Nothasin Phommavanh, Mikael Attia, Laurine Conquet, Grégory Jouvion, Juliana Pipoli Da Fonseca, Thomas Cokelaer, Tran Nhu Duong, Tran Vu Phong, Nguyen Thi Yen, Hoang Ngoc Anh, Tran Hai Son, Pham Tuan Anh, Vu Dinh Thong, Francis Relouzat, Thibaut Naninck, Julien Lemaitre, Nathalie Derreudre-Bosquet, Quentin Pascal, Michael Nilges, Vincent Lacoste, Xavier Montagutelli, Vu Sinh Nam, Roger Le Grand, Félix A. Rey, Sylvie van Der Werf, Paul T. Brey, Marc Eloit.

article

8th World One Health Congress, Sep 2024, Cape Town / Le Cap, South Africa

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Poster communications

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Preprints, Working Papers, …

titre

Histone H3 as a redox switch in the nucleosome core particle: insights from molecular modeling †

auteur

Yasaman Karami, Roy González-Alemán, Mailys Duch, Yuya Qiu, Yani Kedjar, Emmanuelle Bignon

article

2024

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Preprints, Working Papers, …

DOI

DOI : 10.1039/cXCP00000x/

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2023

Journal articles

titre

Exploring a Structural Data Mining Approach to Design Linkers for Head-to-Tail Peptide Cyclization

auteur

Yasaman Karami, Samuel Murail, Julien Giribaldi, Benjamin Lefranc, Florian Defontaine, Olivier Lesouhaitier, Jérôme Leprince, Sjoerd de Vries, Pierre Tufféry

article

Journal of Chemical Information and Modeling, 2023, 63 (20), pp.6436-6450. ⟨10.1021/acs.jcim.3c00865⟩

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Journal articles

DOI

DOI : 10.1021/acs.jcim.3c00865

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2022

Journal articles

titre

Bat coronaviruses related to SARS-CoV-2 and infectious for human cells

auteur

Sarah Temmam, Khamsing Vongphayloth, Eduard Baquero, Sandie Munier, Massimiliano Bonomi, Béatrice Regnault, Bounsavane Douangboubpha, Yasaman Karami, Delphine Chrétien, Daosavanh Sanamxay, Vilakhan Xayaphet, Phetphoumin Paphaphanh, Vincent Lacoste, Somphavanh Somlor, Khaithong Lakeomany, Nothasin Phommavanh, Philippe Pérot, Océane Dehan, Faustine Amara, Flora Donati, Thomas Bigot, Michael Nilges, Félix Rey, Sylvie van Der Werf, Paul Brey, Marc Eloit

article

Nature, 2022, 604 (7905), pp.330-336. ⟨10.1038/s41586-022-04532-4⟩

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Journal articles

DOI

DOI : 10.1038/s41586-022-04532-4

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Conference papers

titre

De nouveaux coronavirus de chauve-souris similaires à SARS-CoV-2 éclairent l’origine de la pandémie de COVID-19

auteur

Sarah Temmam, Khamsing Vongphayloth, Eduard Baquero Salazar, Sandie Munier, Massimiliano Bonomi, Béatrice Regnault, Bounsavane Douangboubpha, Yasaman Karami, Delphine Chrétien, Daosavanh Sanamxay, Vilakhan Xayaphet, Phetphoumin Paphaphanh, Vincent Lacoste, Somphavanh Somlor, Khaithong Lakeomany, Nothasin Phommavanh, Philippe Pérot, Océane Dehan, Faustine Amara, Flora Donati, Thomas Bigot, Michael Nilges, Félix Rey, Sylvie van Der Werf, Paul Brey, Marc Eloit

article

Journées Francophones de Virologie, Apr 2022, Strasbourg, France

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Conference papers

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2021

Journal articles

titre

Computational and biochemical analysis of type IV pilus dynamics and stability

auteur

Yasaman Karami, Aracelys López-Castilla, Andrea Ori, Jenny-Lee Thomassin, Benjamin Bardiaux, Therese Malliavin, Nadia Izadi-Pruneyre, Olivera Francetic, Michael Nilges

article

Structure, 2021, 29, pp.1-13. ⟨10.1016/j.str.2021.07.008⟩

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Journal articles

DOI

DOI : 10.1016/j.str.2021.07.008

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titre

Automatic Bayesian Weighting for SAXS Data

auteur

Yannick G Spill, Yasaman Karami, Pierre Maisonneuve, Nicolas Wolff, Michael Nilges

article

Frontiers in Molecular Biosciences, 2021, 8, pp.671011. ⟨10.3389/fmolb.2021.671011⟩

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Journal articles

DOI

DOI : 10.3389/fmolb.2021.671011

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titre

Structural determination of Streptococcus pyogenes M1 protein interactions with human immunoglobulin G using integrative structural biology

auteur

Hamed Khakzad, Lotta Happonen, Yasaman Karami, Sounak Chowdhury, Gizem Ertürk Bergdahl, Michael Nilges, Guy Tran van Nhieu, Johan Malmström, Lars Malmström

article

PLoS Computational Biology, 2021, 17 (1), pp.e1008169. ⟨10.1371/journal.pcbi.1008169⟩

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Journal articles

DOI

DOI : 10.1371/journal.pcbi.1008169

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Preprints, Working Papers, …

titre

Coronaviruses with a SARS-CoV-2-like receptor-binding domain allowing ACE2-mediated entry into human cells isolated from bats of Indochinese peninsula

auteur

Sarah Temmam, Khamsing Vongphayloth, Eduard Baquero Salazar, Sandie Munier, Massimiliano Bonomi, Béatrice Régnault, Bounsavane Douangboubpha, Yasaman Karami, Delphine Chretien, Daosavanh Sanamxay, Vilakhan Xayaphet, Phetphoumin Paphaphanh, Vincent Lacoste, Somphavanh Somlor, Khaithong Lakeomany, Nothasin Phommavanh, Philippe Pérot, Flora Donati, Thomas Bigot, Michael Nilges, Félix Rey, Sylvie van Der Werf, Paul Brey, Marc Eloit

article

2021

typdoc

Preprints, Working Papers, …

DOI

DOI : 10.21203/rs.3.rs-871965/v1

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2020

Journal articles

titre

Predicting substitutions to modulate disorder and stability in coiled-coils

auteur

Yasaman Karami, Paul Saighi, Rémy Vanderhaegen, Denis Gerlier, Sonia Longhi, Elodie Laine, Alessandra Carbone

article

BMC Bioinformatics, 2020, 21 (S19), ⟨10.1186/s12859-020-03867-x⟩

typdoc

Journal articles

DOI

DOI : 10.1186/s12859-020-03867-x

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titre

Predicting substitutions to modulate disorder and stability in coiled-coils

auteur

Yasaman Karami, Paul Saighi, Rémy Vanderhaegen, Denis Gerlier, Sonia Longhi, Elodie Laine, Alessandra Carbone

article

BMC Bioinformatics, 2020, 21 (S19), pp.573. ⟨10.1186/s12859-020-03867-x⟩

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Journal articles

DOI

DOI : 10.1186/s12859-020-03867-x

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2019

Journal articles

titre

GEMME: A Simple and Fast Global Epistatic Model Predicting Mutational Effects

auteur

Elodie Laine, Yasaman Karami, Alessandra Carbone

article

Molecular Biology and Evolution, 2019, 36 (11), pp.2604-2619. ⟨10.1093/molbev/msz179⟩

typdoc

Journal articles

DOI

DOI : 10.1093/molbev/msz179

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titre

DaReUS-Loop: a web server to model multiple loops in homology models

auteur

Yasaman Karami, Julien Rey, Guillaume Postic, Samuel Murail, Pierre Tuffery, Sjoerd J. de Vries

article

Nucleic Acids Research, 2019, 47 (W1), pp.423-428. ⟨10.1093/nar/gkz403⟩

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Journal articles

DOI

DOI : 10.1093/nar/gkz403

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titre

GEMME: A Simple and Fast Global Epistatic Model Predicting Mutational Effects

auteur

Elodie Laine, Yasaman Karami, Alessandra Carbone

article

Molecular Biology and Evolution, 2019, 36 (11), pp.2604-2619. ⟨10.1093/molbev/msz179⟩

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Journal articles

DOI

DOI : 10.1093/molbev/msz179

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2018

Journal articles

titre

DaReUS-Loop: accurate loop modeling using fragments from remote or unrelated proteins

auteur

Yasaman Karami, Frédéric Guyon, Sjoerd de Vries, Pierre Tufféry

article

Scientific Reports, 2018, 8 (1), ⟨10.1038/s41598-018-32079-w⟩

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Journal articles

DOI

DOI : 10.1038/s41598-018-32079-w

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titre

“Infostery” analysis of short molecular dynamics simulations identifies highly sensitive residues and predicts deleterious mutations

auteur

Yasaman Karami, Tristan Bitard-Feildel, Elodie Laine, Alessandra Carbone

article

Scientific Reports, 2018, 8 (1), pp.16126 (2018). ⟨10.1038/s41598-018-34508-2⟩

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Journal articles

DOI

DOI : 10.1038/s41598-018-34508-2

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2016

Journal articles

titre

Dissecting protein architecture with communication blocks and communicating segment pairs

auteur

Yasaman Karami, Elodie Laine, Alessandra Carbone

article

BMC Bioinformatics, 2016, 17 (S2), pp.133-148. ⟨10.1186/s12859-015-0855-y⟩

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Journal articles

DOI

DOI : 10.1186/s12859-015-0855-y

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Theses

titre

Joint analysis of dynamically correlated networks and coevolved residue clusters : large-scale analysis and methods for predicting the effects of genetic disease associated mutations

auteur

Yasaman Karami

article

Biotechnology. Université Pierre et Marie Curie – Paris VI, 2016. English. ⟨NNT : 2016PA066375⟩

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Theses

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2015

Conference papers

titre

E-Biothon: an experimental platform for BioInformatics

auteur

Michel Daydé, Benjamin Depardon, Alain Franc, Jean-François Gibrat, Romaric Guillier, Yasaman Karami, Christian Pérez, Frédéric Suter, Marie Chabbert, Bruck Taddese, Sylvie Thérond

article

International Conference on Computer Science and Information Technologies, Sep 2015, Yerevan, Armenia. ⟨10.1109/CSITechnol.2015.7358239⟩

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Conference papers

DOI

DOI : 10.1109/CSITechnol.2015.7358239

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