Publications

2024

Journal articles

titre

Facilitating phenotyping from clinical texts: the medkit library

auteur

Antoine Neuraz, Ghislain Vaillant, Camila Arias, Olivier Birot, Kim-Tam Huynh, Thibaut Fabacher, Alice Rogier, Nicolas Garcelon, Ivan Lerner, Bastien Rance, Adrien Coulet

article

Bioinformatics, 2024, pp.btae681. ⟨10.1093/bioinformatics/btae681⟩

DOI

DOI : 10.1093/bioinformatics/btae681

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titre

Machine learning approaches for the discovery of clinical pathways from patient data: A systematic review

auteur

Lillian Muyama, Antoine Neuraz, Adrien Coulet

article

Journal of Biomedical Informatics, 2024, pp.104746. ⟨10.1016/j.jbi.2024.104746⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.jbi.2024.104746

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titre

Deep reinforcement learning for personalized diagnostic decision pathways using electronic health records: A comparative study on anemia and systemic lupus erythematosus

auteur

Lillian Muyama, Antoine Neuraz, Adrien Coulet

article

Artificial Intelligence in Medicine, 2024, 157, pp.102994. ⟨10.1016/j.artmed.2024.102994⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.artmed.2024.102994

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Conference papers

titre

Prompting Large Language Models for Supporting the Differential Diagnosis of Anemia

auteur

Elisa Castagnari, Lillian Muyama, Adrien Coulet

article

LLMs4MI 2024 @FLLM 2024 – First International Workshop on Large Language Models Applications in Medical Informatics In conjunction with the The Second International Conference on Foundation and Large Language Models, IEEE, Nov 2024, Dubai, United Arab Emirates

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titre

Comparing NER approaches on French clinical text, with easy-to-reuse pipelines

auteur

Thibault Hubert, Ghislain Vaillant, Olivier Birot, Camila Arias, Antoine Neuraz, Adrien Coulet

article

MIE 2024 – 34th Medical Informatics Europe Conference, Aug 2024, Athens, Greece

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titre

Representation and comparison of chemotherapy protocols with ChemoKG and graph embeddings

auteur

Jong Ho Jhee, Alice Rogier, Dune Giraud, Emma Pinet, Brigitte Sabatier, Bastien Rance, Adrien Coulet

article

SWAT4HCLS 2024 – 15th International Semantic Web Applications and Tools for Health Care and Life Sciences Conference, Feb 2024, Leiden, Netherlands

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Preprints, Working Papers, …

titre

Enhancing Clinical Data Warehouses with Provenance and Large File Management: The gitOmmix Approach for Clinical Omics Data

auteur

Maxime Wack, Adrien Coulet, Anita Burgun, Bastien Rance

article

2024

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2023

Conference papers

titre

Results of the Ontology Alignment Evaluation Initiative 2023

auteur

Mina Abd Nikooie Pour, Alsayed Algergawy, Patrice Buche, Leyla Jael Castro, Jiaoyan Chen, Adrien Coulet, Julien Cufi, Hang Dong, Omaima Fallatah, Daniel Faria, Irini Fundulaki, Sven Hertling, Yuan He, Ian Horrocks, Martin Huschka, Liliana Ibanescu, Dr Sarika Jain, Ernesto Jiménez-Ruiz, Naouel Karam, Patrick Lambrix, Huanyu Li, Ying Li, Pierre Monnin, Engy Nasr, Heiko Paulheim, Catia Pesquita, Tzanina Saveta, Pavel Shvaiko, Guilherme Sousa, Cassia Trojahn, Jana Vataščinová, Mingfang Wu, Beyza Yaman, Ondrej Zamazal, Lu Zhou

article

18th International Workshop on Ontology Matching (OM 2023), Nov 2023, Athens, Greece. pp.97–139

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titre

TAXN: Translate Align Extract Normalize, a multilingual extraction tool for clinical texts

auteur

Antoine Neuraz, Ivan Lerner, Olivier Birot, Camila Arias, Larry Han, Clara Lea Bonzel, Tianxi Cai, Kim Tam Huynh, Adrien Coulet

article

MedInfo 2023 – the 19th world congress on Medical and Health Informatics, International Medical Informatics Association (IMIA), Jul 2023, Syndney, Australia

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titre

Evaluating the Portability of Rheumatoid Arthritis Phenotyping Algorithms: case study on French EHRs

auteur

Thibaut Fabacher, Erik-André Sauleau, Noémie Leclerc, Hugo Bergier, Jacques-Eric Gottenberg, Adrien Coulet, Aurélie Névéol

article

Medical Informatics Europe, May 2023, Gothenburg, Sweden. pp.768-772

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Proceedings

titre

Proceedings of workshop on Patient Similarity, SimPa 2023

auteur

Adrien Coulet, Christel Gérardin, Aurélie Névéol, Xavier Tannier

article

2023

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2022

Journal articles

titre

Projet ANR (2016-2021) « PractiKPharma » : extraction, comparaison et découverte de connaissances en pharmacogénomique

auteur

Pierre Monnin, Adrien Coulet

article

1024 : Bulletin de la Société Informatique de France, 2022, 19, pp.109 – 120. ⟨10.48556/sif.1024.19.109⟩

DOI

DOI : 10.48556/sif.1024.19.109

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titre

Étudier les mécanismes des effets indésirables des médicaments avec l’IA explicable : expériences avec la fouille de graphes de connaissances

auteur

Pierre Monnin, Adrien Coulet

article

Bulletin de l’Association Française pour l’Intelligence Artificielle, 2022

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titre

Discovering alignment relations with Graph Convolutional Networks: A biomedical case study

auteur

Pierre Monnin, Chedy Raïssi, Amedeo Napoli, Adrien Coulet

article

Semantic Web – Interoperability, Usability, Applicability, 2022, pp.1-20. ⟨10.3233/SW-210452⟩

DOI

DOI : 10.3233/SW-210452

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titre

Technical, Ethical, Legal, and Societal Challenges With Digital Twin Systems for the Management of Chronic Diseases in Children and Young People

auteur

David Drummond, Adrien Coulet

article

Journal of Medical Internet Research, 2022, 24 (10), pp.e39698. ⟨10.2196/39698⟩

DOI

DOI : 10.2196/39698

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Conference papers

titre

Portabilité des algorithmes de phénotypage: le cas de la polyarthrite rhumatoïde dans le dossier patient informatisé en français

auteur

Thibaut Fabacher, Erik André Sauleau, Noémie Leclerc Du Sablon, Hugo Bergier, Jacques‐eric Gottenberg, Adrien Coulet, Aurélie Névéol

article

Journée d’étude sur la robustesse des systemes de TAL, ATALA, Nov 2022, Paris, France

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titre

Matching Pharmacogenomic Knowledge: Particularities, Results, and Perspectives

auteur

Pierre Monnin, Adrien Coulet

article

17th International Workshop on Ontology Matching : OM-2022, Oct 2022, Virtual, China

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titre

An analogy based framework for patient-stay identification in healthcare

auteur

Safa Alsaidi, Miguel Couceiro, Esteban Marquer, Sophie Quennelle, Anita Burgun, Nicolas Garcelon, Adrien Coulet

article

ATA@ICCBR 2022 – Workshop Analogies: from Theory to Applications, Sep 2022, Nancy, France

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titre

Exploring Analogical Inference in Healthcare

auteur

Safa Alsaidi, Miguel Couceiro, Sophie Quennelle, Anita Burgun, Nicolas Garcelon, Adrien Coulet

article

IARML@IJCAI-ECAI’2022: Workshop on the Interactions between Analogical Reasoning and Machine Learning, at IJCAI-ECAI’2022, Jul 2022, Vienna, Austria

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titre

Combiner plongements de graphes et clustering pour l’alignement de connaissances pharmacogénomiques

auteur

Pierre Monnin, Chedy Raïssi, Amedeo Napoli, Adrien Coulet

article

Santé & IA 2022 – Journée Santé et Intelligence Artificielle (Evènement affilié à PFIA 2022), Jun 2022, Saint-Etienne, France

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Other publications

titre

Supporting Diagnosis With Next-Generation Artificial Intelligence

auteur

Cedric Bousquet, Adrien Coulet

article

2022, ⟨10.1001/jama.2022.2303⟩

DOI

DOI : 10.1001/jama.2022.2303

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Poster communications

titre

PGxCorpus and PGxLOD: two shared resources for knowledge management in pharmacogenomics

auteur

Pierre Monnin, Joël Legrand, Adrien Coulet

article

JOBIM 2022 – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France. , JOBIM 2022 Proceedings – Posters, Démos

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Documents associated with scientific events

titre

Investigating ADR mechanisms with Explainable AI: a feasibility study with knowledge graph mining

auteur

Emmanuel Bresso, Pierre Monnin, Cédric Bousquet, François-Élie Calvier, Ndeye Coumba Ndiaye, Nadine Petitpain, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet

article

JOBIM 2022 – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France. , JOBIM 2022 Proceedings – Keynotes, Contributed talks, Mini-Symposia

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2021

Journal articles

titre

Syntax-based transfer learning for the task of biomedical relation extraction

auteur

Joël Legrand, Yannick Toussaint, Chedy Raïssi, Adrien Coulet

article

Journal of Biomedical Semantics, 2021, 12 (1), ⟨10.1186/s13326-021-00248-y⟩

DOI

DOI : 10.1186/s13326-021-00248-y

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titre

Investigating ADR mechanisms with Explainable AI: a feasibility study with knowledge graph mining

auteur

Emmanuel Bresso, Pierre Monnin, Cédric Bousquet, François-Elie Calvier, Ndeye-Coumba Ndiaye, Nadine Petitpain, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet

article

BMC Medical Informatics and Decision Making, 2021, 21 (1), pp.171. ⟨10.1186/s12911-021-01518-6⟩

DOI

DOI : 10.1186/s12911-021-01518-6

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titre

L’équipe-projet HeKA

auteur

Adrien Coulet, Stéphanie Allassonniere, François Angoulvant, Anita Burgun, Xiaoyi Chen, David Drummond, Nicolas Garcelon, Anne-Sophie Jannot, Sandrine Katsahian, Antoine Neuraz, Bastien Rance, Brigitte Sabatier, Rosy Tsopra, Moreno Ursino, Sarah Zohar

article

Bulletin de l’Association Française pour l’Intelligence Artificielle, 2021, 112, pp.29-32

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Conference papers

titre

Using an ontological representation of chemotherapy toxicities for guiding information extraction and integration from EHRs

auteur

Alice Rogier, Adrien Coulet, Bastien Rance

article

Medinfo 2021 – 18th World Congress on Medical and Health Informatics, Oct 2021, Virtual conference, Australia

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titre

Experiments on transfer learning architectures for biomedical relation extraction

auteur

Walid Hafiane, Joël Legrand, Yannick Toussaint, Adrien Coulet

article

EGC 2021 – 21ème édition de la conférence “Extraction et Gestion des Connaissances”, Jan 2021, Montpellier / Virtuel, France

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2020

Journal articles

titre

PGxCorpus, a manually annotated corpus for pharmacogenomics

auteur

Joël Legrand, Romain Gogdemir, Cedric Bousquet, Kevin Dalleau, Marie-Dominique Devignes, William Digan, Chia-Ju Lee, Ndeye-Coumba Ndiaye, Nadine Petitpain, Patrice Ringot, Malika Smaïl-Tabbone, Yannick Toussaint, Adrien Coulet

article

Scientific Data , 2020, 7, pp.3. ⟨10.1038/s41597-019-0342-9⟩

DOI

DOI : 10.1038/s41597-019-0342-9

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Conference papers

titre

Knowledge-Based Matching of $n$-ary Tuples

auteur

Pierre Monnin, Miguel Couceiro, Amedeo Napoli, Adrien Coulet

article

ICCS 2020 – 25th International Conference on Conceptual Structures, Sep 2020, Bolzano / Virtual, Italy. pp.48-56, ⟨10.1007/978-3-030-57855-8_4⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-3-030-57855-8_4

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titre

Tackling scalability issues in mining path patterns from knowledge graphs: a preliminary study

auteur

Pierre Monnin, Emmanuel Bresso, Miguel Couceiro, Malika Smaïl-Tabbone, Amedeo Napoli, Adrien Coulet

article

ALGOS 2020 – 1st International Conference on Algebras, Graphs and Ordered Sets, Aug 2020, Nancy, France

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2019

Journal articles

titre

Atherosclerotic Cardiovascular Disease Risk Prediction in Disaggregated Asian and Hispanic Subgroups Using Electronic Health Records

auteur

Fatima Rodriguez, Sukyung Chung, Manuel Blum, Adrien Coulet, Sanjay Basu, Latha Palaniappan

article

Journal of the American Heart Association, 2019, 8 (14), ⟨10.1161/JAHA.118.011874⟩

DOI

DOI : 10.1161/JAHA.118.011874

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titre

PGxO and PGxLOD: a reconciliation of pharmacogenomic knowledge of various provenances, enabling further comparison

auteur

Pierre Monnin, Joël Legrand, Graziella Husson, Patrice Ringot, Andon Tchechmedjiev, Clement Jonquet, Amedeo Napoli, Adrien Coulet

article

BMC Bioinformatics, 2019, 20 (S4), ⟨10.1186/s12859-019-2693-9⟩

DOI

DOI : 10.1186/s12859-019-2693-9

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Conference papers

titre

Knowledge Reconciliation with Graph Convolutional Networks: Preliminary Results

auteur

Pierre Monnin, Chedy Raïssi, Amedeo Napoli, Adrien Coulet

article

DL4KG2019 – Workshop on Deep Learning for Knowledge Graphs, Jun 2019, Portoroz, Slovenia

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titre

Creating Fair Models of Atherosclerotic Cardiovascular Disease Risk

auteur

Stephen Pfohl, Ben Marafino, Adrien Coulet, Fatima Rodriguez, Latha Palaniappan, Nigam Shah

article

AIES ’19 – Proceedings of the 2019 AAAI/ACM Conference on AI, Ethics, and Society, Jan 2019, Honolulu, United States. pp.271-278, ⟨10.1145/3306618.3314278⟩

DOI

DOI : 10.1145/3306618.3314278

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Habilitation à diriger des recherches

titre

Mappings between data, texts and knowledge for biomedical knowledge discovery

auteur

Adrien Coulet

article

Base de données [cs.DB]. Université de Lorraine, 2019

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Preprints, Working Papers, …

titre

Providing Molecular Characterization for Unexplained Adverse Drug Reactions

auteur

François-Élie Calvier, Pierre Monnin, Miguel Boland, Patryk Jarnot, Emmanuel Bresso, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet, Cedric Bousquet

article

2019

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2018

Journal articles

titre

Predicting the need for a reduced drug dose, at first prescription

auteur

Adrien Coulet, Nigam H. Shah, Maxime Wack, Mohammad Chawki, Nicolas Jay, Michel Dumontier

article

Scientific Reports, 2018, 8 (1), ⟨10.1038/s41598-018-33980-0⟩

DOI

DOI : 10.1038/s41598-018-33980-0

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Conference papers

titre

Cooperation of bio-ontologies for the classification of genetic intellectual disabilities : a diseasome approach

auteur

Gabin Personeni, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Philippe Jonveaux, Céline Bonnet, Adrien Coulet

article

Proceedings of the 11th International Conference on Semantic Web Applications and Tools for Healthcare and Life Sciences (SWAT4HCLS 2018), Dec 2018, Antwerp, Belgium

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titre

Syntax-based Transfer Learning for the Task of Biomedical Relation Extraction

auteur

Joël Legrand, Yannick Toussaint, Chedy Raïssi, Adrien Coulet

article

LOUHI 2018 – The Ninth International Workshop on Health Text Mining and Information Analysis, Oct 2018, Brussels, Belgium

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titre

Combining Concept Annotation and Pattern Structures for Guiding Ontology Mapping

auteur

Pierre Monnin, Amedeo Napoli, Adrien Coulet

article

FCA4AI@IJCAI2018 – 6th International Workshop “What can FCA do for Artificial Intelligence?”, Jul 2018, Stockholm, Sweden

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titre

Découverte d’associations entre Evénements Indésirables Médicamenteux par les structures de patrons et les ontologies

auteur

Gabin Personeni, Emmanuel Bresso, Marie-Dominique Devignes, Michel Dumontier, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet

article

Journée I.A. et Santé, Jul 2018, Nancy, France

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Preprints, Working Papers, …

titre

Data-Interlinking: the Seed of Knowledge Reconciliation in Pharmacogenomics

auteur

Pierre Monnin, Amedeo Napoli, Adrien Coulet

article

2018

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2017

Journal articles

titre

Learning from biomedical linked data to suggest valid pharmacogenes

auteur

Kevin Dalleau, Yassine Marzougui, Sébastien da Silva, Patrice Ringot, Ndeye Coumba Ndiaye, Adrien Coulet

article

Journal of Biomedical Semantics, 2017, 8 (1), pp.16. ⟨10.1186/s13326-017-0125-1⟩

DOI

DOI : 10.1186/s13326-017-0125-1

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titre

Discovering associations between adverse drug events using pattern structures and ontologies

auteur

Gabin Personeni, Emmanuel Bresso, Marie-Dominique Devignes, Michel Dumontier, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet

article

Journal of Biomedical Semantics, 2017, 93, pp.539 – 546. ⟨10.1186/s13326-017-0137-x⟩

DOI

DOI : 10.1186/s13326-017-0137-x

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Conference papers

titre

PGxO: A very lite ontology to reconcile pharmacogenomic knowledge units

auteur

Pierre Monnin, Clement Jonquet, Joël Legrand, Amedeo Napoli, Adrien Coulet

article

Methods, tools & platforms for Personalized Medicine in the Big Data Era, Oct 2017, Palermo, Italy. ⟨10.7287/peerj.preprints.3140v1⟩

DOI

DOI : 10.7287/peerj.preprints.3140v1

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titre

Tree-LSTM and Cross-Corpus Training for Extracting Biomedical Relationships from Text

auteur

Joël Legrand, Yannick Toussaint, Chedy Raïssi, Adrien Coulet

article

DLPM2017 Workshop – 2nd International Workshop on Deep Learning for Precision Medicine, Sep 2017, Skopje, Macedonia

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titre

Using formal concept analysis for checking the structure of an ontology in LOD: the example of DBpedia

auteur

Pierre Monnin, Mario Lezoche, Amedeo Napoli, Adrien Coulet

article

23rd International Symposium on Methodologies for Intelligent Systems, ISMIS 2017, Warsaw university of technology, Jun 2017, Warsaw, Poland. pp.674-683, ⟨10.1007/978-3-319-60438-1_66⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-3-319-60438-1_66

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Poster communications

titre

Discovering Subsumption Axioms with Concept Annotation

auteur

Pierre Monnin, Amedeo Napoli, Adrien Coulet

article

BDA 2017 – 33ème Conférence sur la Gestion de Données — Principes, Technologies et Applications, Nov 2017, Nancy, France. Gestion de Données — Principes, Technologies et Applications (BDA 2017)

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2016

Journal articles

titre

Mining Electronic Health Records to Validate Knowledge in Pharmacogenomics

auteur

Adrien Coulet, Malika Smaïl-Tabbone

article

ERCIM News, 2016, ERCIM News 104, Special theme: Tackling Big Data in the Life Sciences, 104, pp.56

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Conference papers

titre

Discovering ADE associations from EHRs using pattern structures and ontologies

auteur

Gabin Personeni, Marie-Dominique Devignes, Michel Dumontier, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet

article

Phenotype Day, Bio-Ontologies SIG, ISMB, Jul 2016, Orlando, United States

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titre

Extraction d’association d’EIM à partir de dossiers patients : expérimentation avec les structures de patrons et les ontologies

auteur

Gabin Personeni, Marie-Dominique Devignes, Michel Dumontier, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet

article

Deuxième Atelier sur l’Intelligence Artificielle et la Santé, Jun 2016, Montpellier, France

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2015

Conference papers

titre

Suggesting valid pharmacogenes by mining linked data

auteur

Kevin Dalleau, Ndeye Coumba Ndiaye, Adrien Coulet

article

Semantic Web Applications and Tools for Life Sciences (SWAT4LS) 2015, Dec 2015, Cambridge, United Kingdom

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titre

Extracting Disease-Symptom Relationships by Learning Syntactic Patterns from Dependency Graphs

auteur

Mohsen Hassan, Olfa Makkaoui, Adrien Coulet, Yannick Toussaint

article

BioNLP 15, Association for Computational Linguistics, Jul 2015, Beijing, China. pp.184

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2014

Conference papers

titre

Learning Subgraph Patterns from text for Extracting Disease–Symptom Relationships

auteur

Mohsen Hassan, Adrien Coulet, Yannick Toussaint

article

1st International Workshop on Interactions between Data Mining and Natural Language Processing, Sep 2014, Nancy, France

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titre

ILP for Mining Linked Open Data: a biomedical Case Study

auteur

Gabin Personeni, Simon Daget, Céline Bonnet, Philippe Jonveaux, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet

article

The 24th International Conference on Inductive Logic Programming (ILP 2014), Sep 2014, Nancy, France

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titre

Mining Linked Open Data: A Case Study with Genes Responsible for Intellectual Disability

auteur

Gabin Personeni, Simon Daget, Céline Bonnet, Philippe Jonveaux, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet

article

Data Integration in the Life Sciences – 10th International Conference, DILS 2014, Jul 2014, Lisbon, Portugal. pp.16 – 31, ⟨10.1007/978-3-319-08590-6_2⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-3-319-08590-6_2

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Poster communications

titre

Mining Linked Open Data: a Case Study with Genes Responsible for Intellectual Disability

auteur

Gabin Personeni, Simon Daget, Céline Bonnet, Philippe Jonveaux, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet

article

ECCB’14 (European Conference on Computational Biology 2014), Sep 2014, Strasbourg, France. , 2014

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2013

Conference papers

titre

Lattice Based Data Access (LBDA): An Approach for Organizing and Accessing Linked Open Data in Biology

auteur

Mehwish Alam, Melisachew Wudage Chekol, Adrien Coulet, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone

article

DMoLD’13 – Data Mining on Linked Data Workshop (ECML/PKDD, 2013), Sep 2013, Prague, Czech Republic

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titre

Using pattern structures for analyzing ontology-based annotations of biomedical data

auteur

Adrien Coulet, Florent Domenach, Mehdi Kaytoue, Amedeo Napoli

article

Septièmes Journées d’Intelligence Artificielle Fondamentale, Jun 2013, Aix-en-Provence, France. pp.97–106

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titre

Using Pattern Structures for Analyzing Ontology-Based Annotations of Biomedical Data

auteur

Adrien Coulet, Florent Domenach, Mehdi Kaytoue, Amedeo Napoli

article

International Conference on Formal Concept Analysis, May 2013, Dresden, Germany

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2012

Journal articles

titre

Guest Editorial: The state of the art in text mining and natural language processing for pharmacogenomics

auteur

Adrien Coulet, Kevin Bretonnel Cohen, Russ B. Altman

article

Journal of Biomedical Informatics, 2012, 45 (5), pp.825-826

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titre

Using ontology-based annotation to profile disease research

auteur

Yi Liu, Adrien Coulet, Paea Lependu, Nigam H Shah

article

Journal of the American Medical Informatics Association, 2012, 19 (e1), pp.e177-e186. ⟨10.1136/amiajnl-2011-000631⟩

DOI

DOI : 10.1136/amiajnl-2011-000631

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titre

Semantically enabling pharmacogenomic data for the realization of personalized medicine.

auteur

Matthias Samwald, Adrien Coulet, Iker Huerga, Robert L Powers, Joanne S Luciano, Robert R Freimuth, Frederick Whipple, Elgar Pichler, Eric Prud’Hommeaux, Michel Dumontier, M Scott Marshall

article

Pharmacogenomics, 2012, 13 (2), pp.201-12. ⟨10.2217/pgs.11.179⟩

DOI

DOI : 10.2217/pgs.11.179

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Conference papers

titre

Formal Concept Analysis Applied to Transcriptomic Data

auteur

Mehwish Alam, Adrien Coulet, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone

article

The Ninth International Conference on Concept Lattices and Their Applications – CLA 2012, Oct 2012, Fuengirola (Málaga), Spain

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titre

Formal Concept Analysis Applied to Transcriptomic Data

auteur

Mehwish Alam, Adrien Coulet, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone

article

What can FCA do for Artificial Intelligence (FCA4AI) (ECAI 2012), Aug 2012, Montpellier, France

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2011

Journal articles

titre

NCBO Resource Index: Ontology-Based Search and Mining of Biomedical Resources

auteur

Clement Jonquet, Paea Lependu, Sean Falconer, Adrien Coulet, Natalya F. Noy, Mark A. Musen, Nigam H. Shah

article

Journal of Web Semantics, 2011, 9 (3), pp.316-324. ⟨10.1016/j.websem.2011.06.005⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.websem.2011.06.005

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titre

Integration and publication of heterogeneous text-mined relationships on the Semantic Web

auteur

Adrien Coulet, Yael Garten, Michel Dumontier, Russ B Altman, Mark A. Musen, Nigam H Shah

article

Journal of Biomedical Semantics, 2011, 2 (S2), pp.S10

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Book sections

titre

Ontology-based knowledge discovery in pharmacogenomics.

auteur

Adrien Coulet, Malika Smaïl-Tabbone, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes

article

Hamid R. Arabnia and Quoc-Nam Tran. Software Tools and Algorithms for Biological Systems, 696, Springer, pp.357-66, 2011, Advances in Experimental Medicine and Biology, 978-1-4419-7046-6. ⟨10.1007/978-1-4419-7046-6_36⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-1-4419-7046-6_36

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2010

Journal articles

titre

Using text to build semantic networks for pharmacogenomics

auteur

Adrien Coulet, Nigam H Shah, Yael Garten, Mark A. Musen, Russ B Altman

article

Journal of Biomedical Informatics, 2010, 43 (6), pp.1009-19. ⟨10.1016/j.jbi.2010.08.005⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.jbi.2010.08.005

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titre

Recent progress in automatically extracting information from the pharmacogenomic literature.

auteur

Yael Garten, Adrien Coulet, Russ B Altman

article

Pharmacogenomics / Personalized Medicine, 2010, 11 (10), pp.1467-89. ⟨10.2217/pgs.10.136⟩

DOI

DOI : 10.2217/pgs.10.136

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titre

Extraction of genotype-phenotype-drug relationships from text: from entity recognition to bioinformatics application.

auteur

Adrien Coulet, Nigam H. Shah, Lawrence Hunter, Chitta Barral, Russ B Altman

article

Pacific Symposium on Biocomputing, 2010, pp.485-7

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Conference papers

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NCBO Resource Index: Ontology-Based Search and Mining of Biomedical Resources

auteur

Clement Jonquet, Paea Lependu, Sean M. Falconer, Adrien Coulet, Natalya F. Noy, Mark A. Musen, Nigam H. Shah

article

9th International Semantic Web Conference (ISWC 2010), Semantic Web Challenge winner award, Nov 2010, Shangai, China. pp.8

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titre

Indexation et intégration de ressources textuelles à l’aide d’ontologies : application au domaine biomédical

auteur

Clement Jonquet, Adrien Coulet, Nigam Shah, Mark A. Musen

article

21èmes Journées Francophones d’Ingénierie des Connaissances (IC 2010), Jun 2010, Nimes, France. pp.271-282

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Poster communications

titre

Ontology-based Web Services for Data Annotation and Integration

auteur

Patricia L. Whetzel, Nigam H. Shah, Natalya Noy, Clement Jonquet, Adrien Coulet, Cherie Youn, Michael Dorf, Mark A. Musen

article

18th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2010), Technology track, Jul 2010, Boston, United States. , TT33, 2010

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titre

Ontology-based Web Services for Semantic Applications

auteur

Patricia L. Whetzel, Nigam H. Shah, Natalya F. Noy, Clement Jonquet, Adrien Coulet, Cherie Youn, Michael Dorf, Mark A. Musen

article

13th Annual Bio-Ontologies SIG Meeting, Poster session, Jul 2010, Boston, United States.

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titre

Ontology Web Services for Semantic Applications

auteur

Patricia L. Whetzel, Nigam H. Shah, Natalya F. Noy, Clement Jonquet, Adrien Coulet, Nicholas Griffith, Cherie Youn, Michael Dorf, Mark A. Musen

article

Pacific Symposium on Biocomputing (PSB 2010), Poster session, Jan 2010, Waimea, United States.

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2009

Conference papers

titre

Ontology Services for Semantic Applications in Healthcare and Life Sciences

auteur

Nigam H. Shah, Natasha F. Noy, Clement Jonquet, Adrien Coulet, Patricia L. Whetzel, Nicholas B. Griffith, Cherie H. Youn, Benjamin Dai, Michael Dorf, Mark A. Musen

article

AMIA 2009 – American Medical Informatics Association Annual Symposium, Nov 2009, San Francisco, United States. pp.515

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titre

BioPortal: Ontologies and Integrated Data Resources at the Click of the Mouse

auteur

Patricia L. Whetzel, Nigam H. Shah, Natalya F. Noy, Benjamin Dai, Michael Dorf, Nicholas Griffith, Clement Jonquet, Cherie Youn, Chris Callendar, Adrien Coulet, Daniel L. Rubin, Barry Smith, Margaret-Anne Storey, Christopher G. Chute, Mark A. Musen

article

1st International Conference on Biomedical Ontology (ICBO 2009), Poster session, B. Smith, Jul 2009, Buffalo, United States. pp.197

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2008

Journal articles

titre

Ontology-guided data preparation for discovering genotype-phenotype relationships

auteur

Adrien Coulet, Malika Smaïl-Tabbone, Pascale Benlian, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes

article

BMC Bioinformatics, 2008, 9 (Suppl 4), pp.S3. ⟨10.1186/1471-2105-9-S4-S3⟩

DOI

DOI : 10.1186/1471-2105-9-S4-S3

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Conference papers

titre

Ontology Refinement through Role Assertion Analysis: Example in Pharmacogenomics

auteur

Adrien Coulet, Malika Smail-Tabbone, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes

article

21st International Workshop on Description Logics – DL2008, May 2008, Dresden, Germany

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Theses

titre

Construction and use of a pharmacogenomic knowledge base for data integration and knowledge discovery

auteur

Adrien Coulet

article

Interface homme-machine [cs.HC]. Université Henri Poincaré – Nancy 1, 2008. Français. ⟨NNT : 2008NAN10047⟩

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2007

Conference papers

titre

Ontology-guided Data Preparation for Discovering Genotype-Phenotype Relationships

auteur

Adrien Coulet, Malika Smaïl-Tabbone, Pascale Benlian, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes

article

Network Tools and Applications in Biology: A Semantic Web for Bioinformatics – NETTAB 2007, Jun 2007, Pisa, Italy

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2006

Conference papers

titre

Suggested Ontology for Pharmacogenomics (SO-Pharm): Modular Construction and Preliminary Testing

auteur

Adrien Coulet, Malika Smaïl-Tabbone, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes

article

Proceedings of International Workshop on Knowledge Systems in Bioinformatics – KSinBIT’06, Oct 2006, Montpellier, France

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titre

SNP-Ontology for semantic integration of genomic variation data

auteur

Adrien Coulet, Malika Smaïl-Tabbone, Pascale Benlian, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes

article

14th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology – ISMB’06, Aug 2006, Fortaleza/Brésil

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titre

SNP-Converter: an Ontology-Based solution to Reconcile Heterogeneous SNP Descriptions for Pharmacogenomic Studies

auteur

Adrien Coulet, Malika Smaïl-Tabbone, Pascale Benlian, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes

article

3rd International Workshop on Data Integration in the Life Sciences 2006 – DILS’06, Jul 2006, European Bioinformatics Institute (EBI), Hinxton/UK

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titre

Ontology-driven Data Integration for Pharmacogenomics: Application to Genome Variations

auteur

Adrien Coulet, Malika Smaïl-Tabbone, Pascale Benlian, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes

article

Journées Ouvertes : Biologie, Informatique et Mathématiques – JOBIM’06, Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB), Jul 2006, Bordeaux/France

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2005

Conference papers

titre

Extraction de données pharmacogénomiques à partir d’études cliniques : problématique

auteur

Adrien Coulet, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone

article

Deuxième atelier sur la “Fouille de données complexes dans un processus d’extraction des connaissances”, Jan 2005, Paris/France

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