Publications

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Publications HAL de adrien coulet

2017

Journal articles

titre
Learning from biomedical linked data to suggest valid pharmacogenes
auteur
Kevin Dalleau, Yassine Marzougui, Sébastien Da Silva, Patrice Ringot, Ndeye Ndiaye, Adrien Coulet
article
Journal of Biomedical Semantics, BioMed Central, 2017, 75, <10.1007/s10994-008-5089-z>
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1007/s10994-008-5089-z
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https://hal.inria.fr/hal-01511773/file/dalleau_et_al_2017%20%281%29.pdf BibTex

Conference papers

titre
Using formal concept analysis for checking the structure of an ontology in LOD: the example of DBpedia
auteur
Pierre Monnin, Mario Lezoche, Amedeo Napoli, Adrien Coulet
article
23rd International Symposium on Methodologies for Intelligent Systems, ISMIS 2017, Jun 2017, Warsaw, Poland
typdoc
Conference papers
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https://hal.inria.fr/hal-01511909/file/final_paper_88.pdf BibTex

2016

Journal articles

titre
Mining Electronic Health Records to Validate Knowledge in Pharmacogenomics
auteur
Adrien Coulet, Malika Smaïl-Tabbone
article
ERCIM News, ERCIM, 2016, ERCIM News 104, Special theme: Tackling Big Data in the Life Sciences, pp.56. <http://ercim-news.ercim.eu/>
typdoc
Journal articles
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https://hal.inria.fr/hal-01369501/file/19-coulet-ercim-news.pdf BibTex

Conference papers

titre
Discovering ADE associations from EHRs using pattern structures and ontologies
auteur
Gabin Personeni, Marie-Dominique Devignes, Michel Dumontier, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet
article
Phenotype Day, Bio-Ontologies SIG, ISMB, Jul 2016, Orlando, United States. 2016, <http://phenoday2016.bio-lark.org/>
typdoc
Conference papers
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https://hal.inria.fr/hal-01369448/file/phenoday_2016_personeni.pdf BibTex
titre
Extraction d’association d’EIM à partir de dossiers patients : expérimentation avec les structures de patrons et les ontologies
auteur
Gabin Personeni, Marie-Dominique Devignes, Michel Dumontier, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet
article
Deuxième Atelier sur l’Intelligence Artificielle et la Santé, Jun 2016, Montpellier, France. 2016, Atelier IA & Santé. <https://ia-sante-2016.sciencesconf.org/>
typdoc
Conference papers
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https://hal.inria.fr/hal-01391172/file/IA__Sant_2016_paper_9.pdf BibTex

2015

Conference papers

titre
Suggesting valid pharmacogenes by mining linked data
auteur
Kevin Dalleau, Ndeye Coumba Ndiaye, Adrien Coulet
article
Semantic Web Applications and Tools for Life Sciences (SWAT4LS) 2015, Dec 2015, Cambridge, United Kingdom. 2015, Proceedings of the Semantic Web Applications and Tools for Life Sciences (SWAT4LS) 2015
typdoc
Conference papers
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https://hal.inria.fr/hal-01239568/file/SWAT4LS_2015_paper_5.pdf BibTex
titre
Extracting Disease-Symptom Relationships by Learning Syntactic Patterns from Dependency Graphs
auteur
Mohsen Hassan, Olfa Makkaoui, Adrien Coulet, Yannick Toussaint
article
BioNLP 15, Jul 2015, Beijing, China. pp.184, 2015, Proceedings of BioNLP 15. <http://www.aclweb.org/aclwiki/index.php?title=BioNLP_Workshop>
typdoc
Conference papers
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https://hal.inria.fr/hal-01184655/file/hassan_et_al_bionlp2015.pdf BibTex

2014

Conference papers

titre
Learning Subgraph Patterns from text for Extracting Disease–Symptom Relationships
auteur
Mohsen Hassan, Adrien Coulet, Yannick Toussaint
article
Peggy Cellier; Thierry Charnois; Andreas Hotho; Stan Matwin; Marie-Francine Moens; Yannick Toussaint. 1st International Workshop on Interactions between Data Mining and Natural Language Processing, Sep 2014, Nancy, France. ceur-ws, 1202, 2014, <http://ceur-ws.org/Vol-1202/>
typdoc
Conference papers
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https://hal.inria.fr/hal-01095595/file/paper6.pdf BibTex
titre
ILP for Mining Linked Open Data: a biomedical Case Study
auteur
Gabin Personeni, Simon Daget, Céline Bonnet, Philippe Jonveaux, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet
article
The 24th International Conference on Inductive Logic Programming (ILP 2014), Sep 2014, Nancy, France. 2014, <http://dtai.cs.kuleuven.be/events/ilp2014/>
typdoc
Conference papers
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https://hal.inria.fr/hal-01095597/file/ilp2014.pdf BibTex
titre
Mining Linked Open Data: A Case Study with Genes Responsible for Intellectual Disability
auteur
Gabin Personeni, Simon Daget, Céline Bonnet, Philippe Jonveaux, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet
article
Helena Galhardas, Erhard Rahm. Data Integration in the Life Sciences – 10th International Conference, DILS 2014, Jul 2014, Lisbon, Portugal. Springer, 8574, pp.16 – 31, 2014, Lecture Notes in Computer Science. <10.1007/978-3-319-08590-6_2>
typdoc
Conference papers
DOI
DOI : 10.1007/978-3-319-08590-6_2
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https://hal.inria.fr/hal-01095591/file/personeni_et_al_dils14.pdf BibTex

Poster communications

titre
Mining Linked Open Data: a Case Study with Genes Responsible for Intellectual Disability
auteur
Gabin Personeni, Simon Daget, Céline Bonnet, Philippe Jonveaux, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet
article
ECCB’14 (European Conference on Computational Biology 2014), Sep 2014, Strasbourg, France. 2014, <http://www.eccb14.org/>
typdoc
Poster communications
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https://hal.inria.fr/hal-01092800/file/Poster.pdf BibTex

2013

Conference papers

titre
Lattice Based Data Access (LBDA): An Approach for Organizing and Accessing Linked Open Data in Biology
auteur
Mehwish Alam, Melisachew Wudage Chekol, Adrien Coulet, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone
article
DMoLD’13 – Data Mining on Linked Data Workshop (ECML/PKDD, 2013), Sep 2013, Prague, Czech Republic. Springer, 2013
typdoc
Conference papers
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https://hal.inria.fr/hal-00903450/file/dmold13.pdf BibTex
titre
Using pattern structures for analyzing ontology-based annotations of biomedical data
auteur
Adrien Coulet, Florent Domenach, Mehdi Kaytoue, Amedeo Napoli
article
Sébastien Konieczny and Nicolas Maudet and Djamal Habet and Vincent Risch. Septièmes Journées d’Intelligence Artificielle Fondamentale, Jun 2013, Aix-en-Provence, France. LSIS and LIF Marseille, pp.97–106, 2013
typdoc
Conference papers
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https://hal.inria.fr/hal-00922392/file/coulet_et_al.pdf BibTex
titre
Using Pattern Structures for Analyzing Ontology-Based Annotations of Biomedical Data
auteur
Adrien Coulet, Florent Domenach, Mehdi Kaytoue, Amedeo Napoli
article
International Conference on Formal Concept Analysis, May 2013, Dresden, Germany. Springer, 2013, LNCS/LNAI series
typdoc
Conference papers
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https://hal.inria.fr/hal-00880643/file/icfca13_coulet_et_al.pdf BibTex

2012

Journal articles

titre
Guest Editorial: The state of the art in text mining and natural language processing for pharmacogenomics
auteur
Adrien Coulet, Kevin Bretonnel Cohen, Russ B. Altman
article
Journal of Biomedical Informatics, Elsevier, 2012, 45 (5), pp.825-826
typdoc
Journal articles
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BibTex
titre
Using ontology-based annotation to profile disease research
auteur
Yi Liu, Adrien Coulet, Paea Lependu, Nigam H Shah
article
Journal of the American Medical Informatics Association, BMJ Publishing Group, 2012, 19 (e1), pp.e177-e186. <10.1136/amiajnl-2011-000631>
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1136/amiajnl-2011-000631
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titre
Semantically enabling pharmacogenomic data for the realization of personalized medicine.
auteur
Matthias Samwald, Adrien Coulet, Iker Huerga, Robert L Powers, Joanne S Luciano, Robert R Freimuth, Frederick Whipple, Elgar Pichler, Eric Prud’Hommeaux, Michel Dumontier, M Scott Marshall
article
Pharmacogenomics, Future Medicine, 2012, 13 (2), pp.201-12. <10.2217/pgs.11.179>
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.2217/pgs.11.179
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Conference papers

titre
Formal Concept Analysis Applied to Transcriptomic Data
auteur
Mehwish Alam, Adrien Coulet, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone
article
The Ninth International Conference on Concept Lattices and Their Applications – CLA 2012, Oct 2012, Fuengirola (Málaga), Spain. 2012
typdoc
Conference papers
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https://hal.inria.fr/hal-00761003/file/ma_cla2012_short.pdf BibTex
titre
Formal Concept Analysis Applied to Transcriptomic Data
auteur
Mehwish Alam, Adrien Coulet, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone
article
What can FCA do for Artificial Intelligence (FCA4AI) (ECAI 2012), Aug 2012, Montpellier, France. 2012
typdoc
Conference papers
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https://hal.inria.fr/hal-00760993/file/FCA4AI.pdf BibTex

2011

Journal articles

titre
NCBO Resource Index: Ontology-Based Search and Mining of Biomedical Resources
auteur
Clement Jonquet, Paea Lependu, Sean Falconer, Adrien Coulet, Natalya F. Noy, Mark A. Musen, Nigam H. Shah
article
Journal of Web Semantics, Elsevier, 2011, 9 (3), pp.316-324. <http://dx.doi.org/10.1016/j.websem.2011.06.005>. <10.1016/j.websem.2011.06.005>
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1016/j.websem.2011.06.005
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https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-00622155/file/Article-JWS11-ncbo.pdf BibTex
titre
Integration and publication of heterogeneous text-mined relationships on the Semantic Web
auteur
Adrien Coulet, Yael Garten, Michel Dumontier, Russ B Altman, Mark Musen, Nigam H Shah
article
Journal of Biomedical Semantics, BioMed Central, 2011, 2 (S2), pp.S10
typdoc
Journal articles
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00585215/file/couletetal_jbs_manuscript.pdf BibTex

Book sections

titre
Ontology-based knowledge discovery in pharmacogenomics.
auteur
Adrien Coulet, Malika Smaïl-Tabbone, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes
article
Hamid R. Arabnia and Quoc-Nam Tran. Software Tools and Algorithms for Biological Systems, 696, Springer, pp.357-66, 2011, Advances in Experimental Medicine and Biology; Software Tools and Algorithms for Biological Systems, 978-1-4419-7046-6. <10.1007/978-1-4419-7046-6_36>
typdoc
Book sections
DOI
DOI : 10.1007/978-1-4419-7046-6_36
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2010

Journal articles

titre
Using text to build semantic networks for pharmacogenomics
auteur
Adrien Coulet, Nigam H Shah, Yael Garten, Mark Musen, Russ B Altman
article
Journal of Biomedical Informatics, Elsevier, 2010, 43 (6), pp.1009-19. <10.1016/j.jbi.2010.08.005>
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1016/j.jbi.2010.08.005
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BibTex
titre
Recent progress in automatically extracting information from the pharmacogenomic literature.
auteur
Yael Garten, Adrien Coulet, Russ B Altman
article
Pharmacogenomics / Personalized Medicine, 2010, 11 (10), pp.1467-89. <10.2217/pgs.10.136>
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.2217/pgs.10.136
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BibTex
titre
Extraction of genotype-phenotype-drug relationships from text: from entity recognition to bioinformatics application.
auteur
Adrien Coulet, Nigam Shah, Lawrence Hunter, Chitta Barral, Russ B Altman
article
Pacific Symposium on Biocomputing, World Scientific, 2010, pp.485-7
typdoc
Journal articles
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BibTex

Conference papers

titre
NCBO Resource Index: Ontology-Based Search and Mining of Biomedical Resources
auteur
Clement Jonquet, Paea Lependu, Sean M. Falconer, Adrien Coulet, Natalya F. Noy, Mark A. Musen, Nigam H. Shah
article
C. Bizer and D. Maynard. Semantic Web Challenge, 9th International Semantic Web Conference, ISWC’10, Nov 2010, Shangai, China. pp.8, 2010
typdoc
Conference papers
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00557982/file/SemWebChallenge_submission_RI_final.pdf BibTex
titre
Indexation et intégration de ressources textuelles à l’aide d’ontologies : application au domaine biomédical
auteur
Clement Jonquet, Adrien Coulet, Nigam Shah, Mark Musen
article
Sylvie Despres. 21èmes Journées Francophones d’Ingénierie des Connaissances, Jun 2010, Nimes, France. Ecole des Mines d’Alès, pp.271-282, 2010
typdoc
Conference papers
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00488419/file/Article_IC10_Jonquet_et-al.pdf BibTex

2008

Journal articles

titre
Ontology-guided data preparation for discovering genotype-phenotype relationships
auteur
Adrien Coulet, Malika Smaïl-Tabbone, Pascale Benlian, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2008, 9 (Suppl 4), pp.S3
typdoc
Journal articles
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BibTex

Conference papers

titre
Ontology Refinement through Role Assertion Analysis: Example in Pharmacogenomics
auteur
Adrien Coulet, Malika Smail-Tabbone, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes
article
Franz Baader and Carsten Lutz and Boris Motik. 21st International Workshop on Description Logics – DL2008, May 2008, Dresden, Germany. 2008
typdoc
Conference papers
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BibTex

Theses

titre
Construction et utilisation d’une base de connaissances pharmacogénomique pour l’intégration de données et la découverte de connaissances
auteur
Adrien Coulet
article
Interface homme-machine [cs.HC]. Université Henri Poincaré – Nancy I, 2008. Français
typdoc
Theses
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00332407/file/these_adrien.pdf BibTex

2007

Conference papers

titre
Ontology-guided Data Preparation for Discovering Genotype-Phenotype Relationships
auteur
Adrien Coulet, Malika Smaïl-Tabbone, Pascale Benlian, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes
article
Network Tools and Applications in Biology: A Semantic Web for Bioinformatics – NETTAB 2007, Jun 2007, Pisa, Italy. 2007
typdoc
Conference papers
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https://hal.inria.fr/inria-00186988/file/coulet_et_al_nettab_07.pdf BibTex

2006

Conference papers

titre
Suggested Ontology for Pharmacogenomics (SO-Pharm): Modular Construction and Preliminary Testing
auteur
Adrien Coulet, Malika Smaïl-Tabbone, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes
article
Proceedings of International Workshop on Knowledge Systems in Bioinformatics – KSinBIT’06, Oct 2006, Montpellier, France. 2006
typdoc
Conference papers
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00089824/file/coulet_et_al_ksinbit06.pdf BibTex
titre
SNP-Ontology for semantic integration of genomic variation data
auteur
Adrien Coulet, Malika Smaïl-Tabbone, Pascale Benlian, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes
article
14th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology – ISMB’06, Aug 2006, Fortaleza/Brésil, 2006
typdoc
Conference papers
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https://hal.inria.fr/inria-00067863/file/couletEtAl_ISMB06.pdf BibTex
titre
SNP-Converter: an Ontology-Based solution to Reconcile Heterogeneous SNP Descriptions for Pharmacogenomic Studies
auteur
Adrien Coulet, Malika Smaïl-Tabbone, Pascale Benlian, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes
article
3rd International Workshop on Data Integration in the Life Sciences 2006 – DILS’06, Jul 2006, European Bioinformatics Institute (EBI), Hinxton/UK, 2006
typdoc
Conference papers
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https://hal.inria.fr/inria-00080050/file/couletEtAl_DILS06.pdf BibTex
titre
Ontology-driven Data Integration for Pharmacogenomics: Application to Genome Variations
auteur
Adrien Coulet, Malika Smaïl-Tabbone, Pascale Benlian, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes
article
Journées Ouvertes : Biologie, Informatique et Mathématiques – JOBIM’06, Jul 2006, Bordeaux/France, 2006
typdoc
Conference papers
Accès au bibtex
BibTex

2005

Conference papers

titre
Extraction de données pharmacogénomiques à partir d’études cliniques : problématique
auteur
Adrien Coulet, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone
article
Deuxième atelier sur la “Fouille de données complexes dans un processus d’extraction des connaissances”, Jan 2005, Paris/France, 2005
typdoc
Conference papers
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00080156/file/coulet_EGC05.pdf BibTex