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Publications HAL de Malika,Smaïl-Tabbone

2024

Journal articles

titre
HIPPO: HIstogram-based Pseudo-POtential for scoring protein-ssRNA fragment-based docking poses
auteur
Anna Kravchenko, Sjoerd Jacob De Vries, Malika Smaïl-Tabbone, Isaure Chauvot de Beauchêne
article
BMC Bioinformatics, 2024, ⟨10.1186/s12859-024-05733-6⟩
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https://hal.science/hal-04234486/file/12859_2024_Article_5733%20%281%29.pdf BibTex

2023

Journal articles

titre
Molecular-evaluated and explainable drug repurposing for COVID-19 using ensemble knowledge graph embedding
auteur
Md Kamrul Islam, Diego Amaya-Ramirez, Bernard Maigret, Marie-Dominique Devignes, Sabeur Aridhi, Malika Smaïl-Tabbone
article
Scientific Reports, 2023, 13 (1), pp.3643. ⟨10.1038/s41598-023-30095-z⟩
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https://inria.hal.science/hal-04017432/file/Islam_et_al-2023-Scientific_Reports%20%281%29.pdf BibTex
titre
Experiences with a training DSW knowledge model for early-stage researchers
auteur
Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Hrishikesh Dhondge, Roswitha Dolcemascolo, Jose Gavaldá-García, R. Anahí Higuera-Rodriguez, Anna Kravchenko, Joel Roca Martínez, Niki Messini, Anna Pérez-Ràfols, Guillermo Pérez Ropero, Luca Sperotto, Isaure Chauvot de Beauchêne, Wim Vranken
article
Open Research Europe, 2023, 3, pp.97. ⟨10.12688/openreseurope.15609.1⟩
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https://hal.science/hal-04234402/file/openreseurope-3-16870.pdf BibTex

Poster communications

titre
HIPPO: HIstogram-based Pseudo-POtential for scoring ssRNA-protein fragment-based docking poses
auteur
Anna Kravchenko, Sjoerd Jacob de Vries, Malika Smaïl-Tabbone, Isaure Chauvot de Beauchene
article
The 31st Annual Intelligent Systems For Molecular Biology (ISMB) and the 22nd Annual European Conference on Computational Biology (ECCB), Jul 2023, Lyon, France
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https://hal.science/hal-04168414/file/ISMBECCB2023_1411_Kravchenko_poster.pdf BibTex
titre
HLA-EpiCheck : A B-cell epitope prediction tool on HLA antigens using molecular dynamics simulation data
auteur
Diego Amaya-Ramirez, Romain Lhotte, Cedric Usureau, Magali Devriese, Malika Smaïl-Tabbone, Jean-Luc Taupin, Devignes Marie-Dominique
article
ISMB-ECCB 2023 – Intelligent System in Molecular Biology and European Conference on Computational Biology merged event, Jul 2023, Lyon, France. 2023
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https://inria.hal.science/hal-04405086/file/DevignesMD_PosterISMB-ECCB2023_final.pdf BibTex

2022

Journal articles

titre
From quantitative SBML models to Boolean networks
auteur
Athénaïs Vaginay, Taha Boukhobza, Malika Smaïl-Tabbone
article
Applied Network Science, 2022, 7 (1), pp.73. ⟨10.1007/s41109-022-00505-8⟩
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titre
Inductive database to support iterative data mining: Application to biomarker analysis on patient data in the Fight-HF project
auteur
Emmanuel Bresso, Joao-Pedro Ferreira, Nicolas Girerd, Masatake Kobayashi, Grégoire Preud’homme, Patrick Rossignol, Fayez Zannad, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone
article
Journal of Biomedical Informatics, 2022, 135, pp.104212. ⟨10.1016/j.jbi.2022.104212⟩
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https://hal.univ-lorraine.fr/hal-03805671/file/Inductive_database__hal.pdf BibTex
titre
Negative Sampling and Rule Mining for Explainable Link Prediction in Knowledge Graphs
auteur
Kamrul Islam, Sabeur Aridhi, Malika Smaïl-Tabbone
article
Knowledge-Based Systems, 2022, 250, pp.109083. ⟨10.1016/j.knosys.2022.109083⟩
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https://hal.science/hal-03684205/file/Kamrul_KB_system_Revision2_Final.pdf BibTex
titre
On the design of a similarity function for sparse binary data with application on protein function annotation
auteur
Marcelo Veras, Bishnu Sarker, Sabeur Aridhi, João Gomes, José Macêdo, Engelbert Mephu Nguifo, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone
article
Knowledge-Based Systems, 2022, 238, pp.107863. ⟨10.1016/j.knosys.2021.107863⟩
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Conference papers

titre
Optimizing scoring for ssRNA-protein docking models
auteur
Anna Kravchenko, Malika Smail-Tabbone, Isaure Chauvot de Beauchene, Sjoerd Jacob de Vries
article
35th RHINE-KNEE-REGIONAL MEETING ON STRUCTURAL BIOLOGY, Oct 2022, Gérardmer, France
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Poster communications

titre
New strategy for optimizing knowledge-based docking parameters: application to ssRNA-RRM docking
auteur
Anna Kravchenko, Malika Smaïl-Tabbone, Sjoerd Jacob de Vries, Isaure Chauvot-De-Beauchêne
article
RNAct Final Conference Tailoring RNA binding proteins and RNA targeting, Sep 2022, Valencia, Spain
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https://hal.science/hal-04168567/file/Poster_A0_HistoApproach.pdf BibTex

Documents associated with scientific events

titre
Investigating ADR mechanisms with Explainable AI: a feasibility study with knowledge graph mining
auteur
Emmanuel Bresso, Pierre Monnin, Cédric Bousquet, François-Élie Calvier, Ndeye Coumba Ndiaye, Nadine Petitpain, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet
article
JOBIM 2022 – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France. , JOBIM 2022 Proceedings – Keynotes, Contributed talks, Mini-Symposia
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https://inria.hal.science/hal-03754898/file/JOBIM_Highlight_ADRs_explanations.pdf BibTex

2021

Journal articles

titre
GPER agonist G-1 disrupts tubulin dynamics and potentiates temozolomide to impair glioblastoma cell proliferation
auteur
Alex Hirtz, Nolwenn Lebourdais, Fabien Rech, Yann Bailly, Athénaïs Vaginay, Malika Smaïl-Tabbone, Hélène Dubois-Pot-Schneider, Hélène Dumond
article
Cells, 2021, 10, pp.3438. ⟨10.3390/cells10123438⟩
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https://hal.science/hal-03472082/file/Hirtz%202021%20cells-10-03438-1.pdf BibTex
titre
An Experimental Evaluation of Similarity-Based and Embedding-Based Link Prediction Methods on Graphs
auteur
Md Kamrul Islam, Sabeur Aridhi, Malika Smaïl-Tabbone
article
International Journal of Data Mining & Knowledge Management Process, 2021, 11, pp.1 – 18. ⟨10.5121/ijdkp.2021.11501⟩
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https://inria.hal.science/hal-03540515/file/11521ijdkp01.pdf BibTex
titre
Machine Learning-Derived Echocardiographic Phenotypes Predict Heart Failure Incidence in Asymptomatic Individuals
auteur
Masatake Kobayashi, Olivier Huttin, Martin Magnusson, João Pedro Ferreira, Erwan Bozec, Anne-Cecile Huby, Gregoire Preud’Homme, Kevin Duarte, Zohra Lamiral, Kevin Dalleau, Emmanuel Bresso, Malika Smaïl-Tabbone, Marie-Dominique Devignes, Peter M Nilsson, Margret Leosdottir, Jean-Marc Boivin, Faiez Zannad, Patrick Rossignol, Nicolas Girerd
article
JACC: Cardiovascular Imaging, 2021, S1936-878X (21), pp.00556-8. ⟨10.1016/j.jcmg.2021.07.004⟩
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https://hal.univ-lorraine.fr/hal-03357064/file/1-s2.0-S1936878X21005568-main.pdf BibTex
titre
Investigating ADR mechanisms with Explainable AI: a feasibility study with knowledge graph mining
auteur
Emmanuel Bresso, Pierre Monnin, Cédric Bousquet, François-Elie Calvier, Ndeye-Coumba Ndiaye, Nadine Petitpain, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet
article
BMC Medical Informatics and Decision Making, 2021, 21 (1), pp.171. ⟨10.1186/s12911-021-01518-6⟩
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https://inria.hal.science/hal-03240476/file/s12911-021-01518-6.pdf BibTex
titre
Head-to-head comparison of clustering methods for heterogeneous data: a simulation-driven benchmark
auteur
Gregoire Preud’Homme, Kévin Duarte, Kevin Dalleau, Claire Lacomblez, Emmanuel Bresso, Malika Smaïl-Tabbone, Miguel Couceiro, Marie-Dominique Devignes, Masatake Kobayashi, Olivier Huttin, João Pedro Ferreira, Faiez Zannad, Patrick Rossignol, Nicolas Girerd
article
Scientific Reports, 2021, 11 (1), pp.4202. ⟨10.1038/s41598-021-83340-8⟩
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https://hal.univ-lorraine.fr/hal-03165272/file/s41598-021-83340-8.pdf BibTex

Conference papers

titre
From competition to collaboration: Ensembling similarity-based heuristics for supervised link prediction in biological graphs
auteur
Md Kamrul Islam, Sabeur Aridhi, Malika Smail-Tabbone
article
International Conference on Bangabandhu and Digital Bangladesh 2021, Dec 2021, Dhaka, Bangladesh. pp.121-135, ⟨10.1007/978-3-031-17181-9_10⟩
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https://hal.science/hal-03836852/file/ICBBDB_Kamrul_Final_Camera.pdf BibTex
titre
From quantitative SBML models to boolean networks
auteur
Athénaïs Vaginay, Taha Boukhobza, Malika Smaïl-Tabbone
article
10th International Conference on Complex Networks and their Applications, CNA 2021, Nov 2021, Madrid, Spain
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https://hal.science/hal-03481396/file/main.pdf BibTex
titre
Simple negative sampling for link prediction in knowledge graphs
auteur
Md Kamrul Islam, Sabeur Aridhi, Malika Smaïl-Tabbone
article
The 10th International Conference on Complex Networks and their Applications, Nov 2021, Madrid, Spain. pp.549-562, ⟨10.1007/978-3-030-93413-2_46⟩
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https://hal.science/hal-03540341/file/CNA_Kamrul_Camera_ready.pdf BibTex
titre
From quantitative SBML to boolean networks
auteur
Athénaïs Vaginay, Taha Boukhobza, Malika Smaïl-Tabbone
article
19th conference on Computational Methods in Systems Biology, CMSB 2021, Sep 2021, Bordeaux, France
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https://hal.science/hal-03481267/file/main.pdf BibTex
titre
Appraisal Study of Similarity-Based and Embedding-Based Link Prediction Methods on Graphs
auteur
Md Kamrul Islam, Sabeur Aridhi, Malika Smaïl-Tabbone
article
CDKP 2021 – 10th International Conference on Data Mining & Knowledge Management Process, Jul 2021, London, United Kingdom. pp.81-92, ⟨10.5121/csit.2021.111106⟩
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BibTex
titre
Automatic synthesis of boolean networks from biological knowledge and data
auteur
Athénaïs Vaginay, Taha Boukhobza, Malika Smaïl-Tabbone
article
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, JOBIM 2021, Jul 2021, Paris, France
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https://hal.science/hal-03481253/file/main.pdf BibTex
titre
Automatic synthesis of boolean networks from biological knowledge and data
auteur
Athénaïs Vaginay, Taha Boukhobza, Malika Smaïl-Tabbone
article
International Conference of Optimization and Learning, OLA 2021, Jun 2021, Catane, Italy
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https://hal.science/hal-03256693/file/Vaginay_OLA2021.pdf BibTex

Poster communications

titre
New strategy for optimizing knowledge-based docking parameters: application to ssRNA-protein docking
auteur
Anna Kravchenko, Malika Smaïl-Tabbone, Isaure Chauvot de Beauchêne, Sjoerd Jacob de Vries
article
JOBIM 2021 – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France
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https://hal.science/hal-03370998/file/anna_JOBIM2021.pdf BibTex

2020

Journal articles

titre
Contributions from the 2019 Literature on Bioinformatics and Translational Informatics
auteur
Malika Smaïl-Tabbone, Bastien Rance
article
IMIA Yearbook of Medical Informatics, 2020, 29 (01), pp.188-192. ⟨10.1055/s-0040-1702002⟩
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titre
Unsupervised Extra Trees: a stochastic approach to compute similarities in heterogeneous data.
auteur
Kevin Dalleau, Miguel Couceiro, Malika Smaïl-Tabbone
article
International Journal of Data Science and Analytics, 2020, Advances in Intelligent Data Analysis {XVIII} – 18th International Symposium on Intelligent Data Analysis, IDA 2020, Lecture Notes in Computer Science (12080), pp.132-144. ⟨10.1007/s41060-020-00214-4⟩
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https://inria.hal.science/hal-01982232/file/UET_paper.pdf BibTex
titre
PGxCorpus, a manually annotated corpus for pharmacogenomics
auteur
Joël Legrand, Romain Gogdemir, Cedric Bousquet, Kevin Dalleau, Marie-Dominique Devignes, William Digan, Chia-Ju Lee, Ndeye-Coumba Ndiaye, Nadine Petitpain, Patrice Ringot, Malika Smaïl-Tabbone, Yannick Toussaint, Adrien Coulet
article
Scientific Data , 2020, 7, pp.3. ⟨10.1038/s41597-019-0342-9⟩
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BibTex
titre
Application of Artificial Intelligence to Gastroenterology and Hepatology
auteur
Catherine Le Berre, William J. Sandborn, Sabeur Aridhi, Marie-Dominique Devignes, Laure Fournier, Malika Smail-Tabbone, Silvio Danese, Laurent Peyrin-Biroulet
article
Gastroenterology, 2020, 158 (1), pp.76-94.e2. ⟨10.1053/j.gastro.2019.08.058⟩
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https://inria.hal.science/hal-02393130/file/S0016508519414121.pdf BibTex

Conference papers

titre
Tackling scalability issues in mining path patterns from knowledge graphs: a preliminary study
auteur
Pierre Monnin, Emmanuel Bresso, Miguel Couceiro, Malika Smaïl-Tabbone, Amedeo Napoli, Adrien Coulet
article
ALGOS 2020 – 1st International Conference on Algebras, Graphs and Ordered Sets, Aug 2020, Nancy, France
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https://inria.hal.science/hal-02913224/file/kg-mining-path-patterns.pdf BibTex
titre
Computing Vertex-Vertex Dissimilarities Using Random Trees: Application to Clustering in Graphs
auteur
Kevin Dalleau, Miguel Couceiro, Malika Smaïl-Tabbone
article
IDA 2020 -18th International Symposium on Intelligent Data Analysis, Jun 2020, Konstanz / Virtual, Germany. pp.132-144, ⟨10.1007/978-3-030-44584-3_11⟩
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https://hal.science/hal-02864678/file/Dalleau2020_Chapter_ComputingVertex-VertexDissimil.pdf BibTex

Poster communications

titre
A comparative study of similarity-based and GNN-based link prediction approaches
auteur
Kamrul Islam, Sabeur Aridhi, Malika Smaïl-Tabbone
article
GEM (Graph Embedding and Mining) workshop, ECML-PKDD 2020, Sep 2020, Ghent, Belgium
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2019

Journal articles

titre
Extended persistence of antiphospholipid antibodies beyond the twelve‐week time interval: Association with baseline antiphospholipid antibodies titres
auteur
Jean Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Alex Hervé, Geoffroy Cagninacci, Marie-Dominique Devignes, Thomas Lecompte, Stéphane Zuily, Denis Wahl
article
International Journal of Laboratory Hematology, 2019, 41 (6), pp.726-730. ⟨10.1111/ijlh.13094⟩
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https://inria.hal.science/hal-02395258/file/DevignesEtAl_2019_AuthorVersion.pdf BibTex
titre
Contributions from the 2018 Literature on Bioinformatics and Translational Informatics
auteur
Malika Smail-Tabbone, Bastien Rance
article
IMIA Yearbook of Medical Informatics, 2019, 28 (01), pp.190-193. ⟨10.1055/s-0039-1677945⟩
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Conference papers

titre
Towards an automatic conversion from SBML core to SBML qual
auteur
Athénaïs Vaginay, Malika Smail-Tabbone, Taha Boukhobza
article
Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, JOBIM 2019, Jul 2019, Nantes, France
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https://hal.science/hal-02407443/file/main.pdf BibTex
titre
Les forêts d’arbres extrêmement aléatoires : utilisation dans un cadre non supervisé
auteur
Kevin Dalleau, Miguel Couceiro, Malika Smaïl-Tabbone
article
EGC 2019 – 19ème Conférence Francophone sur l’Extraction et Gestion des connaissances, Jan 2019, Metz, France. pp.395-400
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https://inria.hal.science/hal-02099532/file/f-egc_nyoman.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, …

titre
Computing Vertex-Vertex Dissimilarities Using Random Trees: Application to Clustering in Graphs
auteur
Kevin Dalleau, Miguel Couceiro, Malika Smail-Tabbone
article
2019
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https://inria.hal.science/hal-02427563/file/GraphTrees-Overleaf.pdf BibTex
titre
Clustering graphs using random trees
auteur
Kevin Dalleau, Miguel Couceiro, Malika Smaïl-Tabbone
article
2019
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https://inria.hal.science/hal-02282207/file/GraphClusteringGEM_paper.pdf BibTex
titre
Providing Molecular Characterization for Unexplained Adverse Drug Reactions
auteur
François-Élie Calvier, Pierre Monnin, Miguel Boland, Patryk Jarnot, Emmanuel Bresso, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet, Cedric Bousquet
article
2019
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https://inria.hal.science/hal-02196134/file/medinfo_podium_abstract.pdf BibTex

2018

Conference papers

titre
Cooperation of bio-ontologies for the classification of genetic intellectual disabilities : a diseasome approach
auteur
Gabin Personeni, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Philippe Jonveaux, Céline Bonnet, Adrien Coulet
article
Proceedings of the 11th International Conference on Semantic Web Applications and Tools for Healthcare and Life Sciences (SWAT4HCLS 2018), Dec 2018, Antwerp, Belgium
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https://inria.hal.science/hal-01925471/file/Cooperation_of_bioontologies.pdf BibTex
titre
First steps toward finding relevant pathology-gene pairs using analogy
auteur
Marie-Dominique Devignes, Yohann Fransot, Yves Lepage, Jean Lieber, Emmanuel Nauer, Malika Smaïl-Tabbone
article
EvoCBR 2018 : Workshop on Evolutionary Computation and CBR at the International Conference on Case-Based Reasoning (ICCBR 2018), Jul 2018, Stockholm, Sweden
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https://inria.hal.science/hal-01906547/file/devignes_fransot_lepage_lieber_nauer_smail_2018.pdf BibTex
titre
Découverte d’associations entre Evénements Indésirables Médicamenteux par les structures de patrons et les ontologies
auteur
Gabin Personeni, Emmanuel Bresso, Marie-Dominique Devignes, Michel Dumontier, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet
article
Journée I.A. et Santé, Jul 2018, Nancy, France
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https://inria.hal.science/hal-01872312/file/IAS2018_paper_10.pdf BibTex
titre
Unsupervised extremely randomized trees
auteur
Kevin Dalleau, Miguel Couceiro, Malika Smaïl-Tabbone
article
PAKDD 2018 – The 22nd Pacific-Asia Conference on Knowledge Discovery and Data Mining, May 2018, Melbourne, Australia
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https://inria.hal.science/hal-01667317/file/unsupervised-extremely-randomized_Dalleau_Couceiro_Smail-Tabbone.pdf BibTex

Poster communications

titre
A data science approach for exploring differential expression profiles of genes in transcriptomic studies-Application to the understanding of ageing in obese and lean rats in the FIGHT-HF project
auteur
Emmanuel Bresso, Claire Lacomblez, Anne Pizard, Patrick Rossignol, Faiez Zannad, Malika Smaïl-Tabbone, Marie-Dominique Devignes
article
JOBIM 2018 – Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France
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https://inria.hal.science/hal-01928421/file/Bresso_et_al_JOBIM18.pdf BibTex

2017

Journal articles

titre
Low-dose alkylphenol exposure promotes mammary epithelium alterations and transgenerational developmental defects, but does not enhance tumorigenic behaviour of breast cancer cells
auteur
Clémence Chamard-Jovenin, Charlène Thiébaut, Amand Chesnel, Emmanuel Bresso, Chloé Morel, Malika Smaïl-Tabbone, Marie-Dominique Devignes, Taha Boukhobza, Hélène Dumond
article
Frontiers in Endocrinology, 2017, 8, pp.272. ⟨10.3389/fendo.2017.00272⟩
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https://hal.science/hal-01609240/file/Chamard-Thiebaut%202017%20fendo-08-00272.pdf BibTex
titre
Discovering associations between adverse drug events using pattern structures and ontologies
auteur
Gabin Personeni, Emmanuel Bresso, Marie-Dominique Devignes, Michel Dumontier, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet
article
Journal of Biomedical Semantics, 2017, 93, pp.539 – 546. ⟨10.1186/s13326-017-0137-x⟩
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https://inria.hal.science/hal-01576341/file/s13326-017-0137-x.pdf BibTex

Conference papers

titre
Validation de ER$\alpha comme marqueur prédictif de susceptibilité aux nonylphénols in vivo et in vitro
auteur
Clémence Chamard-Jovenin, Charlène Thiébaut, Amand Chesnel, Emmanuel Bresso, Chloé Morel, Malika Smaïl-Tabbone, Marie-Dominique Devignes, Taha Boukhobza, Hélène Dumond
article
Journée PNR-EST de l’ANSES, Oct 2017, Paris, France
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BibTex
titre
Multi-class classification for Prediction of tree diseases
auteur
Yelen Per, Kevin Dalleau, Malika Smaïl-Tabbone
article
EGC 2017 – Extraction et Gestion des Connaissances, Jan 2017, Grenoble, France. pp.237-248
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https://inria.hal.science/hal-01611504/file/other_main.pdf BibTex

Poster communications

titre
Neighborhood-Based Label Propagation in Large Protein Graphs
auteur
Sabeur Aridhi, Seyed Ziaeddin Alborzi, Malika Smaïl-Tabbone, Marie-Dominique Devignes, David Ritchie
article
Function SIG @ ISMB/ECCB 2017, Jul 2017, Prague, Czech Republic. pp.2
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https://inria.hal.science/hal-01573381/file/aridhi-et-al-SIG-ISMB2017-Final.pdf BibTex

2016

Journal articles

titre
Kbdock – Searching and organising the structural space of protein-protein interactions
auteur
Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, David Ritchie
article
ERCIM News, 2016, 104, pp.24-25
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https://inria.hal.science/hal-01258117/file/ercim_kbdock_V3_nov27.pdf BibTex
titre
Mining Electronic Health Records to Validate Knowledge in Pharmacogenomics
auteur
Adrien Coulet, Malika Smaïl-Tabbone
article
ERCIM News, 2016, ERCIM News 104, Special theme: Tackling Big Data in the Life Sciences, 104, pp.56
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-01369501/file/19-coulet-ercim-news.pdf BibTex

Conference papers

titre
Transgenerational effects of ERalpha36 over-expression on mammary gland development and molecular phenotype: clinical perspective for breast cancer risk and therapy.
auteur
Clémence Chamard-Jovenin, Amand Chesnel, Emmanuel Bresso, Chloé Morel, Charlène Thiébaut, Malika Smail-Tabbone, El-Hadi Djermoune, Marie-Dominique Devignes, Taha Boukhobza, Hélène Dumond
article
21st World Congress on Advances in Oncology and 19th International Symposium on Molecular Medicine, Oct 2016, Athens, Greece
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01416469/file/Abstract_Chamard-Jovenin.pdf BibTex
titre
Discovering ADE associations from EHRs using pattern structures and ontologies
auteur
Gabin Personeni, Marie-Dominique Devignes, Michel Dumontier, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet
article
Phenotype Day, Bio-Ontologies SIG, ISMB, Jul 2016, Orlando, United States
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https://inria.hal.science/hal-01369448/file/phenoday_2016_personeni.pdf BibTex
titre
Using aggregation functions on structured data: a use case in the FIGHT-HF project
auteur
Kevin Dalleau, Miguel Couceiro, Marie-Dominique Devignes, Chedy Raïssi, Malika Smaïl-Tabbone
article
International Symposium on Aggregation and Structures (ISAS 2016) , Jul 2016, Luxembourg, Luxembourg
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BibTex
titre
Extraction d’association d’EIM à partir de dossiers patients : expérimentation avec les structures de patrons et les ontologies
auteur
Gabin Personeni, Marie-Dominique Devignes, Michel Dumontier, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet
article
Deuxième Atelier sur l’Intelligence Artificielle et la Santé, Jun 2016, Montpellier, France
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https://inria.hal.science/hal-01391172/file/IA__Sant_2016_paper_9.pdf BibTex
titre
Long chain alkylphenol mixture promotes breast cancer initiation and progression through an ERα36-mediated mechanism
auteur
Clémence Chamard-Jovenin, Amand Chesnel, Chloé Morel, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Taha Boukhobza, Hélène Dumond
article
2nd French Workshop on Endocrine disruption in wildlife and human health, Jan 2016, Paris, France
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Book sections

titre
Classification and Exploration of 3D Protein Domain Interactions Using Kbdock
auteur
Anisah W Ghoorah, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, David Ritchie
article
O. Carugo; F. Eisenhaber. Data Mining Techniques for the Life Sciences, 1415, Springer Science+Business Media New York, pp.91-105, 2016, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-3570-3. ⟨10.1007/978-1-4939-3572-7_5⟩
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https://inria.hal.science/hal-01317448/file/anisah_mmb_fixed.pdf BibTex

2015

Journal articles

titre
A Structure-Based Classification and Analysis of Protein Domain Family Binding Sites and Their Interactions
auteur
Anisah Ghoorah, Marie-Dominique Devignes, Seyed Ziaeddin Alborzi, Malika Smaïl-Tabbone, David Ritchie
article
Biology, 2015, 4 (2), pp.327-343. ⟨10.3390/biology4020327⟩
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Conference papers

titre
Long chain alkyphenol mixture promotes breast cancer initiation and progression through an ER$\alpha-mediated mechanism
auteur
Clémence Chamard-Jovenin, Amand Chesnel, Chloé Morel, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Taha Boukobza, Hélène Dumond
article
2nd International Symposium of the Cancer Research Center of Lyon, Sep 2015, Lyon, France
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titre
Long chain alkylphenol mixture promotes breast cancer initiation and progression through an ER36-mediated mechanism
auteur
Clémence Chamard-Jovenin, Amand Chesnel, Chloé Morel, Emmanuel Bresso, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Taha Boukobza, Hélène Dumond
article
4ème Colloque Inter-Régional Grand-Est de Recherche Translationnelle en Oncologie, Oncotrans 2015, Jun 2015, Dijon, France
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2014

Journal articles

titre
Prediction of Monomer Isomery in Florine: A Workflow Dedicated to Nonribosomal Peptide Discovery
auteur
Thibault Caradec, Maude Pupin, Aurélien Vanvlassenbroeck, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Philippe Jacques, Valérie Leclère
article
PLoS ONE, 2014, 9 (1), pp.e85667. ⟨10.1371/journal.pone.0085667⟩
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https://hal.science/hal-01090619/file/PLOSone_2014.pdf BibTex
titre
KBDOCK 2013: A spatial classification of 3D protein domain family interactions
auteur
Anisah Ghoorah, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, David Ritchie
article
Nucleic Acids Research, 2014, 42 (D1), pp.389-395. ⟨10.1093/nar/gkt1199⟩
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Conference papers

titre
Long chain alkylphenol mixture promotes mammary epithelial cell metaplastic phenotype through an ERalpha36-mediated mechanism.
auteur
Clémence Chamard, Emmanuel Bresso, Taha Boukobza, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Amand Chesnel, Hélène Dumond
article
8e Forum du Canceropôle Grand Est, Nov 2014, Strasbourg, France
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titre
ILP for Mining Linked Open Data: a biomedical Case Study
auteur
Gabin Personeni, Simon Daget, Céline Bonnet, Philippe Jonveaux, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet
article
The 24th International Conference on Inductive Logic Programming (ILP 2014), Sep 2014, Nancy, France
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https://inria.hal.science/hal-01095597/file/ilp2014.pdf BibTex
titre
Mining Linked Open Data: A Case Study with Genes Responsible for Intellectual Disability
auteur
Gabin Personeni, Simon Daget, Céline Bonnet, Philippe Jonveaux, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet
article
Data Integration in the Life Sciences – 10th International Conference, DILS 2014, Jul 2014, Lisbon, Portugal. pp.16 – 31, ⟨10.1007/978-3-319-08590-6_2⟩
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https://inria.hal.science/hal-01095591/file/personeni_et_al_dils14.pdf BibTex
titre
Long chain alkylphenol mixture promotes mammary epithelial cell metaplastic phenotype through an estrogen receptor alpha 36 mediated mechanism
auteur
Clémence Chamard, Emmanuel Bresso, Taha Boukhobza, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Amand Chesnel, Hélène Dumond
article
23rd Biennial Congress of the European Association for Cancer Research, EACR-23, Jul 2014, Munich, Germany. pp.S118, ⟨10.1016/S0959-8049(14)50435-2⟩
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Habilitation à diriger des recherches

titre
Contribution to knowledge extraction from biological data
auteur
Malika Smaïl-Tabbone
article
Apprentissage [cs.LG]. Université de Lorraine, 2014
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Poster communications

titre
Mining Linked Open Data: a Case Study with Genes Responsible for Intellectual Disability
auteur
Gabin Personeni, Simon Daget, Céline Bonnet, Philippe Jonveaux, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet
article
ECCB’14 (European Conference on Computational Biology 2014), Sep 2014, Strasbourg, France. , 2014
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https://inria.hal.science/hal-01092800/file/Poster.pdf BibTex

2013

Journal articles

titre
Protein Docking Using Case-Based Reasoning
auteur
Anisah Ghoorah, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, David Ritchie
article
Proteins – Structure, Function and Bioinformatics, 2013, 81 (12), pp.2150-2158. ⟨10.1002/prot.24433⟩
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titre
Integrative relational machine-learning for understanding drug side-effect profiles
auteur
Emmanuel Bresso, Renaud Grisoni, Gino Marchetti, Arnaud-Sinan Karaboga, Michel Souchet, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone
article
BMC Bioinformatics, 2013, 14 (1), pp.207. ⟨10.1186/1471-2105-14-207⟩
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https://inria.hal.science/hal-00843914/file/1471-2105-14-207.pdf BibTex

Conference papers

titre
Lattice Based Data Access (LBDA): An Approach for Organizing and Accessing Linked Open Data in Biology
auteur
Mehwish Alam, Melisachew Wudage Chekol, Adrien Coulet, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone
article
DMoLD’13 – Data Mining on Linked Data Workshop (ECML/PKDD, 2013), Sep 2013, Prague, Czech Republic
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https://inria.hal.science/hal-00903450/file/dmold13.pdf BibTex
titre
Clustering optimal de gènes fondé sur une mesure de similarité sémantique
auteur
Rachid Hafiane, Malika Smaïl-Tabbone, Marie-Dominique Devignes, Salvatore Tabbone
article
10ème édition de la COnférence en Recherche d’Information et Applications – CORIA 2013, Apr 2013, Neufchâtel, Suisse. 15 p
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2012

Journal articles

titre
Functional classification of genes using semantic distance and fuzzy clustering approach: Evaluation with reference sets and overlap analysis
auteur
Marie-Dominique Devignes, Benabderrahmane Sidahmed, Malika Smail-Tabbone, Amedeo Napoli, Poch Olivier
article
International journal of computational biology and drug design, 2012, 5 (3/4), pp.245-260
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Conference papers

titre
Formal Concept Analysis Applied to Transcriptomic Data
auteur
Mehwish Alam, Adrien Coulet, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone
article
The Ninth International Conference on Concept Lattices and Their Applications – CLA 2012, Oct 2012, Fuengirola (Málaga), Spain
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https://inria.hal.science/hal-00761003/file/ma_cla2012_short.pdf BibTex
titre
Formal Concept Analysis for the Interpretation of Relational Learning applied on 3D Protein-Binding Sites
auteur
Emmanuel Bresso, Renaud Grisoni, Marie-Dominique Devignes, Amedeo Napoli, Malika Smail-Tabbone
article
4th international conference on Knowledge Discovery and Information Retrieval – KDIR 2012, Oct 2012, Barcelona, Spain. 12 p
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https://inria.hal.science/hal-00734349/file/KDIR_2012_author_file.pdf BibTex
titre
Formal Concept Analysis Applied to Transcriptomic Data
auteur
Mehwish Alam, Adrien Coulet, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone
article
What can FCA do for Artificial Intelligence (FCA4AI) (ECAI 2012), Aug 2012, Montpellier, France
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https://inria.hal.science/hal-00760993/file/FCA4AI.pdf BibTex
titre
NRPS toolbox for the discovery of new nonribosomal peptides and synthetases
auteur
Maude Pupin, Malika Smaïl-Tabbone, Philippe Jacques, Marie-Dominique Devignes, Valérie Leclère
article
Journées Ouvertes en Biologie, l’Informatique et les Mathématiques – JOBIM 2012, Jul 2012, Rennes, France. pp.89-93
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https://inria.hal.science/hal-00734312/file/nrps_toolbox_jobim_2012.pdf BibTex

2011

Journal articles

titre
Spatial clustering of protein binding sites for template based protein docking
auteur
Anisah Ghoorah, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, David Ritchie
article
Bioinformatics, 2011, 27 (20), pp.2820-2827. ⟨10.1093/bioinformatics/btr493⟩
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titre
HIV-PDI: A Protein-Drug Interaction Resource for Structural Analyses of HIV Drug Resistance: 1. Concepts and Associated Database
auteur
Leo Ghemtio, Malika Smaïl-Tabbone, Appolinaire Djikeng, Marie-Dominique Devignes, Lionel Keminse, Patricia Kelbert, Joseph Fokam, Bernard Maigret, Odile Ouwe-Missi-Oukem-Boyer
article
Journal of Health & Medical Informatics, 2011, 2 (1), pp.1000104. ⟨10.4172/2157-7420.1000104⟩
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Conference papers

titre
Ontology-based functional classification of genes: evaluation with reference sets and overlap analysis
auteur
Sidahmed Benabderrahmane, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Amedeo Napoli, Olivier Poch
article
The second workshop on Integrative Data in Systems Biology held in conjunction with the IEEE BIBM 2011 conference, Nov 2011, Atlanta, United States
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titre
Use of domain knowledge for dimension reduction: application to mining of drug side effects
auteur
Emmanuel Bresso, Sidahmed Benabderrahmane, Malika Smaïl-Tabbone, Gino Marchetti, Arnaud Sinan Karaboga, Michel Souchet, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes
article
International Conference on Knowledge Discovery and Information Retrieval – KDIR 2011, Oct 2011, Paris, France. pp.8
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titre
Benchmarking a new semantic similarity measure using fuzzy clustering and reference sets: Application to cancer expression data
auteur
Sidahmed Benabderrahmane, Marie-Dominique Devignes, Malika Smail-Tabbone, Olivier Poch, Amedeo Napoli, Wolfgang Raffelsberger, Dominique Guenot, Nguyen Hoan, Eric Guerin
article
11ème Conférence Internationale Francophone sur l’Extraction et la Gestion des Connaissances – EGC 2011, Jan 2011, Brest, France
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https://inria.hal.science/inria-00617692/file/EGC_2011_sidahmed_V2-last.pdf BibTex

Book sections

titre
Ontology-based knowledge discovery in pharmacogenomics.
auteur
Adrien Coulet, Malika Smaïl-Tabbone, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes
article
Hamid R. Arabnia and Quoc-Nam Tran. Software Tools and Algorithms for Biological Systems, 696, Springer, pp.357-66, 2011, Advances in Experimental Medicine and Biology, 978-1-4419-7046-6. ⟨10.1007/978-1-4419-7046-6_36⟩
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2010

Journal articles

titre
IntelliGO: a new vector-based semantic similarity measure including annotation origin
auteur
Sidahmed Benabderrahmane, Malika Smaïl-Tabbone, Olivier Poch, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes
article
BMC Bioinformatics, 2010, 11, 11 (1), pp.588. ⟨10.1186/1471-2105-11-588⟩
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https://inria.hal.science/inria-00543910/file/IntelliGO_a_new_vector-based_semantic_similarity_measure_including_annotation_origin.pdf BibTex
titre
Comparison of three preprocessing filters efficiency in virtual screening: identification of new putative LXR$\beta$ regulators as a test case
auteur
Leo Ghemtio, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Michel Souchet, Vincent Leroux, Bernard Maigret
article
Journal of Chemical Information and Modeling, 2010, 50 (5), pp.701-715. ⟨10.1021/ci900356m⟩
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titre
BioRegistry: Automatic extraction of metadata for biological database retrieval and discovery
auteur
Marie-Dominique Devignes, Philippe Franiatte, Nizar Messai, Emmanuel Bresso, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone
article
International Journal of Metadata, Semantics and Ontologies, 2010, 5 (3), pp.184–193. ⟨10.1504/IJMSO.2010.034043⟩
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Conference papers

titre
Using Domain Knowledge to Guide Lattice-based Complex Data Exploration
auteur
Nizar Messai, Marie-Dominique Devignes, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone
article
19th European Conference on Artificial Intelligence – ECAI 2010, Aug 2010, Lisbon, Portugal. pp.847–852, ⟨10.3233/978-1-60750-606-5-847⟩
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titre
Connaissances de domaine et treillis de concepts pour l’exploration progressive de données complexes
auteur
Nizar Messai, Marie-Dominique Devignes, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone
article
21es Journées francophones d’Ingénierie des Connaissances – IC 2010, Jun 2010, Nîmes, France. pp.233 – 244
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https://hal.science/hal-00488034/file/IC2010_Messai_et_al.pdf BibTex

2009

Journal articles

titre
Gene-Disease Relationship Discovery based on Model-driven Data Integration and Database View Definition
auteur
Saliha Yilmaz, Philippe Jonveaux, Cedric Bicep, Laurent Pierron, Malika Smaïl-Tabbone, Marie-Dominique Devignes
article
Bioinformatics, 2009, 25 (2), pp.230 – 236. ⟨10.1093/bioinformatics/btn612⟩
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Conference papers

titre
A KDD Approach for Designing Filtering Strategies to Improve Virtual Screening
auteur
Léo Ghemtio, Malika Smail-Tabbone, Marie-Dominique Devignes, Michel Souchet, Bernard Maigret
article
KDIR – International Conference on Knowledge Discovery and Information Retrieval, Oct 2009, Madeira, Portugal
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BibTex
titre
Analyse de données transcriptomiques: Modélisation floue de profils d’expression différentielle et analyse fonctionnelle.
auteur
Sidahmed Benabderrahmane, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, O. Poch, Amedeo Napoli, N. Nguyen N.-H, W. Raffelsberger
article
Actes du XXVIIième congrès Informatique des Organisations et Systèmes d’information et de décision – INFORSID 2009, IRIT-Toulouse, May 2009, Toulouse, France. pp.413-428
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Book sections

titre
Maîtriser les ressources numériques : biologie « in silico
auteur
Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone
article
Magali Roux. Biologie L’ère numérique, CNRS Editions, pp.189-222, 2009, 9782271067791
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2008

Journal articles

titre
Ontology-guided data preparation for discovering genotype-phenotype relationships
auteur
Adrien Coulet, Malika Smaïl-Tabbone, Pascale Benlian, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes
article
BMC Bioinformatics, 2008, 9 (Suppl 4), pp.S3. ⟨10.1186/1471-2105-9-S4-S3⟩
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titre
Multiple-step virtual screening using VSM-G: overview and validation of fast geometrical matching enrichment.
auteur
Alexandre Beautrait, Vincent Leroux, Matthieu Chavent, Léo Ghemtio, Marie-Dominique Devignes, Malika Smail-Tabbone, Wensheng Cai, Xuegang Shao, Gilles Moreau, Peter Bladon, Jianhua Yao, Bernard Maigret
article
Journal of Molecular Modeling, 2008, 14 (2), pp.135-148. ⟨10.1007/s00894-007-0257-9⟩
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Conference papers

titre
BioRegistry: Automatic Extraction of Metadata for Biological Database Retrieval and Discovery
auteur
Marie-Dominique Devignes, Philippe Franiatte, Nizar Messai, Amedeo Napoli, Malika Smail-Tabbone
article
1st international workshop on Ressource Discovery (RED), Joint to iiWAS 2008, Nov 2008, Linz, Austria
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BibTex
titre
Many-Valued Concept Lattices for Conceptual Clustering and Information Retrieval
auteur
Nizar Messai, Marie-Dominique Devignes, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone
article
18th European Conference in Artificial Intelligence – ECAI 2008, Jul 2008, Patras, Greece. pp.127-131
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BibTex
titre
Extending Attribute Dependencies for Lattice-Based Querying and Navigation
auteur
Nizar Messai, Marie-Dominique Devignes, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone
article
16th International Conference on Conceptual Structures – ICCS 2008, Jul 2008, Toulouse, France. pp.189-202, ⟨10.1007/978-3-540-70596-3_13⟩
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BibTex
titre
Model-driven data integration for mining protein-ligand and protein-protein interactions in a drug design context.
auteur
Leo Ghemtio, Emmanuel Bresso, Michel Souchet, Bernard Maigret, Malika Smaïl-Tabbone, Marie-Dominique Devignes
article
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques – JOBIM 2008, Jun 2008, Lille, France
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BibTex
titre
Ontology Refinement through Role Assertion Analysis: Example in Pharmacogenomics
auteur
Adrien Coulet, Malika Smail-Tabbone, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes
article
21st International Workshop on Description Logics – DL2008, May 2008, Dresden, Germany
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2007

Journal articles

titre
Correction et complétude d’un algorithme de recherche d’information par treillis de concepts
auteur
Nizar Messai, Marie-Dominique Devignes, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone
article
Revue des Nouvelles Technologies de l’Information, 2007
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https://inria.hal.science/inria-00187116/file/RNTI-2007-Messai-et-al.pdf BibTex

Conference papers

titre
Workshop PC Chairs’ Message. Web Data Integration for Mining in the Life Sciences (WebDIM4LS)
auteur
Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone
article
International Workshops on Web Information Systems Engineering – WISE 2007 Workshops, Dec 2007, Nancy, France. pp.3-4, ⟨10.1007/978-3-540-77010-7_1⟩
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BibTex
titre
Traitement d’attributs inter-dépendants pour la recherche d’information par treillis
auteur
Nizar Messai, Marie-Dominique Devignes, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone
article
18es Journées Francophones d’Ingénierie des Connaissances – IC 2007, Jul 2007, Grenoble, France. pp.109-120
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https://hal.science/hal-00509943/file/Messai_Devignes_Napoli_SmaA_l-Tabbone.pdf BibTex
titre
Ontology-guided Data Preparation for Discovering Genotype-Phenotype Relationships
auteur
Adrien Coulet, Malika Smaïl-Tabbone, Pascale Benlian, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes
article
Network Tools and Applications in Biology: A Semantic Web for Bioinformatics – NETTAB 2007, Jun 2007, Pisa, Italy
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https://inria.hal.science/inria-00186988/file/coulet_et_al_nettab_07.pdf BibTex

2006

Journal articles

titre
Treillis de concepts et ontologies pour interroger l’annuaire de sources de données biologiques BioRegistry
auteur
Nizar Messai, Marie-Dominique Devignes, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone
article
Revue des Sciences et Technologies de l’Information – Série ISI : Ingénierie des Systèmes d’Information, 2006, Systèmes d’information spécialisés, 11 (1), pp.39-60
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https://inria.hal.science/inria-00080960/file/Messai_ISI_06.PDF BibTex

Conference papers

titre
BR-Explorer: An FCA-based algorithm for Information Retrieval
auteur
Nizar Messai, Marie-Dominique Devignes, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone
article
Fourth International Conference On Concept Lattices and Their Applications – CLA 2006, Oct 2006, Hammamet/Tunisia
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https://inria.hal.science/inria-00103913/file/Messai_et_al_last.pdf BibTex
titre
Suggested Ontology for Pharmacogenomics (SO-Pharm): Modular Construction and Preliminary Testing
auteur
Adrien Coulet, Malika Smaïl-Tabbone, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes
article
Proceedings of International Workshop on Knowledge Systems in Bioinformatics – KSinBIT’06, Oct 2006, Montpellier, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/inria-00089824/file/coulet_et_al_ksinbit06.pdf BibTex
titre
SNP-Ontology for semantic integration of genomic variation data
auteur
Adrien Coulet, Malika Smaïl-Tabbone, Pascale Benlian, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes
article
14th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology – ISMB’06, Aug 2006, Fortaleza/Brésil
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https://inria.hal.science/inria-00067863/file/couletEtAl_ISMB06.pdf BibTex
titre
SNP-Converter: an Ontology-Based solution to Reconcile Heterogeneous SNP Descriptions for Pharmacogenomic Studies
auteur
Adrien Coulet, Malika Smaïl-Tabbone, Pascale Benlian, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes
article
3rd International Workshop on Data Integration in the Life Sciences 2006 – DILS’06, Jul 2006, European Bioinformatics Institute (EBI), Hinxton/UK
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/inria-00080050/file/couletEtAl_DILS06.pdf BibTex
titre
Ontology-driven Data Integration for Pharmacogenomics: Application to Genome Variations
auteur
Adrien Coulet, Malika Smaïl-Tabbone, Pascale Benlian, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes
article
Journées Ouvertes : Biologie, Informatique et Mathématiques – JOBIM’06, Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB), Jul 2006, Bordeaux/France
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BibTex
titre
BR-Explorer: A sound and complete FCA-based retrieval algorithm (Poster)
auteur
Nizar Messai, Marie-Dominique Devignes, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone
article
4th International Conference on Formal Concept Analysis – ICFCA 2006, Feb 2006, Dresden/Germany
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https://inria.hal.science/inria-00103947/file/Messai-Submitted.pdf BibTex

2005

Journal articles

titre
Classification et interrogation de sources de données biologiques
auteur
Nizar Messai, Marie-Dominique Devignes, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone
article
Revue des Nouvelles Technologies de l’Information, 2005, Extraction des connaissances : Etat et perspectives, pp.43-47
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https://inria.hal.science/inria-00103937/file/EGC-05-MC.pdf BibTex

Conference papers

titre
User-designed web services to support heterogeneous biological data retrieval
auteur
Marie-Dominique Devignes, Hervé de Palma, Laurent Pierron, Lionel Domenjoud, Malika Smaïl-Tabbone
article
First International Workshop on workflows management: new abilities for the biological information overflow – NETTAB 2005, Oct 2005, Naples, Italy, pp.27-34
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BibTex
titre
BioRegistry : a structured metadata repository for bioinformatic databases
auteur
Malika Smaïl-Tabbone, Shazia Osman, Nizar Messai, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes
article
First International Symposium on Computational Life Science – CompLife 2005, Sep 2005, Konstanz, Germany, pp.46-56
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BibTex
titre
Querying a Bioinformatic Data Sources Registry with Concept Lattices
auteur
Nizar Messai, Marie-Dominique Devignes, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone
article
3th International Conference on Conceptual Structures – ICCS 2005, Jun 2005, Kassel, Germany. pp.323-336, ⟨10.1007/11524564_22⟩
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https://inria.hal.science/inria-00000102/file/Messai-ICCS-05.pdf BibTex
titre
Treillis de concepts et ontologies pour l’interrogation d’un annuaire de sources de données biologiques (BioRegistry)
auteur
Nizar Messai, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Amedeo Napoli
article
Actes du XXIIIème congrès Informatique des Organisations et Systèmes d’information et de décision – INFORSID 2005, May 2005, Grenoble/France
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https://inria.hal.science/inria-00000101/file/papierMessaiEtAl.pdf BibTex
titre
Méthode sémantique pour la classification et l’interrogation de sources de données biologiques
auteur
Nizar Messai, Marie-Dominique Devignes, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone
article
EGC 2005 – Atelier Modélisation des Connaissances, Jan 2005, Paris
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https://inria.hal.science/inria-00000152/file/EGC-05-MC.pdf BibTex
titre
Extraction de données pharmacogénomiques à partir d’études cliniques : problématique
auteur
Adrien Coulet, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone
article
Deuxième atelier sur la « Fouille de données complexes dans un processus d’extraction des connaissances », Jan 2005, Paris/France
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https://inria.hal.science/inria-00080156/file/coulet_EGC05.pdf BibTex

2004

Conference papers

titre
Intelligent access to genomic sources on the web
auteur
Marie-Dominique Devignes, Nizar Messai, Amedeo Napoli, Shazia Osman, Malika Smaïl-Tabbone
article
W3C Workshop on Semantic Web for Life Sciences, Oct 2004, Cambridge, Massachusetts USA
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titre
Integration of biological data from web resources : management of multiple answers through metadata retrieval
auteur
Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone
article
12th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology – 3rd European Conference on Computational Biology – ISMB-ECCB 2004, 2004, Glasgow, Scotland, United Kingdom. pp.3
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https://inria.hal.science/inria-00107769/file/A04-R-059.pdf BibTex

2003

Conference papers

titre
A Generic Solution for Automated Collecting and Integration of Biological Data from Web Sources
auteur
Marie-Dominique Devignes, Yvan Norsa, Malika Smaïl-Tabbone, Philippe Collet, Lionel Domenjoud, Michel Dauça
article
European Conference on Computational Biology – ECCB’03, Sep 2003, Paris, France. pp.2
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2000

Conference papers

titre
Services for a Genomics Open Distributed Environment
auteur
Nacer Boudjlida, Malika Smaïl-Tabbone, Marie-Dominique Devignes
article
XEWA’2000: IEEE Workshop on XML-Enabled Wide Area Search in Bioinformatics, 2000, League City, Texas, 2 p
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1994

Theses

titre
Case-based reasoning for evolutional information retrieval : ecabri-n prototype : etowards a knowledge acquisition framework
auteur
Malika Smaïl-Tabbone
article
Autre. Université Henri Poincaré – Nancy 1, 1994. Français. ⟨NNT : 1994NAN10409⟩
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