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Publications HAL de Malika,Smaïl-Tabbone

2017

Journal articles

titre
Low-dose alkylphenol exposure promotes mammary epithelium alterations and transgenerational developmental defects, but does not enhance tumorigenic behaviour of breast cancer cells
auteur
Clémence Chamard-Jovenin, Charlène Thiebaut, Amand Chesnel, Emmanuel Bresso, Chloé Morel, Malika Smaïl-Tabbone, Marie-Dominique Devignes, Taha Boukhobza, Hélène Dumond
article
Frontiers in Endocrinology, Frontiers, 2017, 8, pp.272. 〈10.3389/fendo.2017.00272〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01609240/file/Chamard-Thiebaut%202017%20fendo-08-00272.pdf BibTex
titre
Discovering associations between adverse drug events using pattern structures and ontologies
auteur
Gabin Personeni, Emmanuel Bresso, Marie-Dominique Devignes, Michel Dumontier, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet
article
Journal of Biomedical Semantics, BioMed Central, 2017, 93, pp.539 – 546. 〈10.1186/s13326-017-0137-x〉
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https://hal.inria.fr/hal-01576341/file/s13326-017-0137-x.pdf BibTex

Conference papers

titre
Prédiction de défauts dans les arbres du parc végétal Grenoblois et préconisations pour les futures plantations
auteur
Yelen Per, Kevin Dalleau, Malika Smaïl-Tabbone
article
EGC 2017 – Extraction et Gestion des Connaissances, Jan 2017, Grenoble, France. RNTI-E-33, pp.237-248, Revue des Nouvelles Technologies de l’Information
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https://hal.inria.fr/hal-01611504/file/other_main.pdf BibTex

Poster communications

titre
Neighborhood-Based Label Propagation in Large Protein Graphs
auteur
Sabeur Aridhi, Seyed Ziaeddin Alborzi, Malika Smaïl-Tabbone, Marie-Dominique Devignes, David Ritchie
article
Function SIG @ ISMB/ECCB 2017, Jul 2017, Prague, Czech Republic. pp.2
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https://hal.inria.fr/hal-01573381/file/aridhi-et-al-SIG-ISMB2017-Final.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, …

titre
Unsupervised Extremely Randomized Trees
auteur
Kevin Dalleau, Miguel Couceiro, Malika Smaïl-Tabbone
article
2017
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https://hal.inria.fr/hal-01667317/file/unsupervised-extremely-randomized_wp.pdf BibTex

2016

Journal articles

titre
Kbdock – Searching and organising the structural space of protein-protein interactions
auteur
Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, David Ritchie
article
ERCIM News, ERCIM, 2016, pp.24-25
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https://hal.inria.fr/hal-01258117/file/ercim_kbdock_V3_nov27.pdf BibTex
titre
Mining Electronic Health Records to Validate Knowledge in Pharmacogenomics
auteur
Adrien Coulet, Malika Smaïl-Tabbone
article
ERCIM News, ERCIM, 2016, ERCIM News 104, Special theme: Tackling Big Data in the Life Sciences, pp.56. 〈http://ercim-news.ercim.eu/〉
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https://hal.inria.fr/hal-01369501/file/19-coulet-ercim-news.pdf BibTex

Conference papers

titre
Transgenerational effects of ERalpha36 over-expression on mammary gland development and molecular phenotype: clinical perspective for breast cancer risk and therapy.
auteur
Clémence Chamard-Jovenin, Amand Chesnel, Emmanuel Bresso, Chloé Morel, Charlène Thiébaut, Malika Smail-Tabbone, El-Hadi Djermoune, Marie-Dominique Devignes, Taha Boukhobza, Hélène Dumond
article
21st World Congress on Advances in Oncology and 19th International Symposium on Molecular Medicine, Oct 2016, Athens, Greece. 38 (S1), 2016, International Journal of Molecular Medecine
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01416469/file/Abstract_Chamard-Jovenin.pdf BibTex
titre
Discovering ADE associations from EHRs using pattern structures and ontologies
auteur
Gabin Personeni, Marie-Dominique Devignes, Michel Dumontier, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet
article
Phenotype Day, Bio-Ontologies SIG, ISMB, Jul 2016, Orlando, United States. 2016, 〈http://phenoday2016.bio-lark.org/〉
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https://hal.inria.fr/hal-01369448/file/phenoday_2016_personeni.pdf BibTex
titre
Using aggregation functions on structured data: a use case in the FIGHT-HF project
auteur
Kevin Dalleau, Miguel Couceiro, Marie-Dominique Devignes, Chedy Raïssi, Malika Smaïl-Tabbone
article
Kiss, Gergely; Marichal, Jean-Luc ; Teheux, Bruno. International Symposium on Aggregation and Structures (ISAS 2016) , Jul 2016, Luxembourg, Luxembourg. 2016, International Symposium on Aggregation and Structures (ISAS 2016) – Book of abstracts. 〈http://math.uni.lu/isas/〉
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BibTex
titre
Extraction d’association d’EIM à partir de dossiers patients : expérimentation avec les structures de patrons et les ontologies
auteur
Gabin Personeni, Marie-Dominique Devignes, Michel Dumontier, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet
article
Deuxième Atelier sur l’Intelligence Artificielle et la Santé, Jun 2016, Montpellier, France. 2016, Atelier IA & Santé. 〈https://ia-sante-2016.sciencesconf.org/〉
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https://hal.inria.fr/hal-01391172/file/IA__Sant_2016_paper_9.pdf BibTex
titre
Long chain alkylphenol mixture promotes breast cancer initiation and progression through an ERα36-mediated mechanism
auteur
Clémence Chamard-Jovenin, Amand Chesnel, Chloé Morel, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Taha Boukhobza, Hélène Dumond
article
2nd French Workshop on Endocrine disruption in wildlife and human health, Jan 2016, Paris, France. 2016
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Book sections

titre
Classification and Exploration of 3D Protein Domain Interactions Using Kbdock
auteur
Anisah Ghoorah, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, David Ritchie
article
O. Carugo; F. Eisenhaber. Data Mining Techniques for the Life Sciences, 1415, Springer Science+Business Media New York, pp.91-105, 2016, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-3570-3. 〈10.1007/978-1-4939-3572-7_5〉
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https://hal.inria.fr/hal-01317448/file/anisah_mmb_fixed.pdf BibTex

2015

Journal articles

titre
A Structure-Based Classification and Analysis of Protein Domain Family Binding Sites and Their Interactions
auteur
Anisah Ghoorah, Marie-Dominique Devignes, Seyed Alborzi, Malika Smaïl-Tabbone, David Ritchie
article
Biology, MDPI, 2015, 4 (2), pp.327-343. 〈10.3390/biology4020327〉
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Conference papers

titre
Long chain alkyphenol mixture promotes breast cancer initiation and progression through an ER$\alpha-mediated mechanism
auteur
Clémence Chamard-Jovenin, Amand Chesnel, Chloé Morel, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Taha Boukobza, Hélène Dumond
article
2nd International Symposium of the Cancer Research Center of Lyon, Sep 2015, Lyon, France
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BibTex
titre
Long chain alkylphenol mixture promotes breast cancer initiation and progression through an ER36-mediated mechanism
auteur
Clémence Chamard-Jovenin, Amand Chesnel, Chloé Morel, Emmanuel Bresso, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Taha Boukobza, Hélène Dumond
article
4ème Colloque Inter-Régional Grand-Est de Recherche Translationnelle en Oncologie, Oncotrans 2015, Jun 2015, Dijon, France
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2014

Journal articles

titre
Prediction of Monomer Isomery in Florine: A Workflow Dedicated to Nonribosomal Peptide Discovery
auteur
Thibault Caradec, Maude Pupin, Aurélien Vanvlassenbroeck, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Philippe Jacques, Valérie Leclère
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2014, 9 (1), pp.e85667. 〈http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0085667〉. 〈10.1371/journal.pone.0085667〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01090619/file/PLOSone_2014.pdf BibTex
titre
KBDOCK 2013: A spatial classification of 3D protein domain family interactions
auteur
Anisah Ghoorah, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, David Ritchie
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2014, 42 (D1), pp.389-395. 〈http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2013/11/23/nar.gkt1199〉
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Conference papers

titre
Long chain alkylphenol mixture promotes mammary epithelial cell metaplastic phenotype through an ERalpha36-mediated mechanism.
auteur
Clémence Chamard, Emmanuel Bresso, Taha Boukobza, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Amand Chesnel, Hélène Dumond
article
8e Forum du Canceropôle Grand Est, Nov 2014, Strasbourg, France
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BibTex
titre
ILP for Mining Linked Open Data: a biomedical Case Study
auteur
Gabin Personeni, Simon Daget, Céline Bonnet, Philippe Jonveaux, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet
article
The 24th International Conference on Inductive Logic Programming (ILP 2014), Sep 2014, Nancy, France. 2014, 〈http://dtai.cs.kuleuven.be/events/ilp2014/〉
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https://hal.inria.fr/hal-01095597/file/ilp2014.pdf BibTex
titre
Mining Linked Open Data: A Case Study with Genes Responsible for Intellectual Disability
auteur
Gabin Personeni, Simon Daget, Céline Bonnet, Philippe Jonveaux, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet
article
Helena Galhardas, Erhard Rahm. Data Integration in the Life Sciences – 10th International Conference, DILS 2014, Jul 2014, Lisbon, Portugal. Springer, 8574, pp.16 – 31, 2014, Lecture Notes in Computer Science. 〈10.1007/978-3-319-08590-6_2〉
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https://hal.inria.fr/hal-01095591/file/personeni_et_al_dils14.pdf BibTex
titre
Long chain alkylphenol mixture promotes mammary epithelial cell metaplastic phenotype through an estrogen receptor alpha 36 mediated mechanism
auteur
Clémence Chamard, Emmanuel Bresso, Taha Boukhobza, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Amand Chesnel, Hélène Dumond
article
23rd Biennial Congress of the European Association for Cancer Research, EACR-23, Jul 2014, Munich, Germany. 50 (Supplement 5), pp.S118, 2014, European Journal of cancer. 〈10.1016/S0959-8049(14)50435-2〉
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Habilitation à diriger des recherches

titre
Contributions à l’extraction de connaissances à partir de données biologiques
auteur
Malika Smaïl-Tabbone
article
Apprentissage [cs.LG]. Université de Lorraine, 2014
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https://hal.inria.fr/tel-01093943/file/doc_hdr_malika.pdf BibTex

Poster communications

titre
Mining Linked Open Data: a Case Study with Genes Responsible for Intellectual Disability
auteur
Gabin Personeni, Simon Daget, Céline Bonnet, Philippe Jonveaux, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet
article
ECCB’14 (European Conference on Computational Biology 2014), Sep 2014, Strasbourg, France. 2014, 〈http://www.eccb14.org/〉
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https://hal.inria.fr/hal-01092800/file/Poster.pdf BibTex

2013

Journal articles

titre
Protein Docking Using Case-Based Reasoning
auteur
Anisah Ghoorah, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, David Ritchie
article
Proteins – Structure, Function and Bioinformatics, Wiley, 2013, 81 (12), pp.2150-2158. 〈10.1002/prot.24433〉
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BibTex
titre
Integrative relational machine-learning for understanding drug side-effect profiles
auteur
Emmanuel Bresso, Renaud Grisoni, Gino Marchetti, Arnaud-Sinan Karaboga, Michel Souchet, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2013, 14 (1), pp.207. 〈10.1186/1471-2105-14-207〉
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https://hal.inria.fr/hal-00843914/file/1471-2105-14-207.pdf BibTex

Conference papers

titre
Lattice Based Data Access (LBDA): An Approach for Organizing and Accessing Linked Open Data in Biology
auteur
Mehwish Alam, Melisachew Wudage Chekol, Adrien Coulet, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone
article
DMoLD’13 – Data Mining on Linked Data Workshop (ECML/PKDD, 2013), Sep 2013, Prague, Czech Republic. Springer, 2013
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https://hal.inria.fr/hal-00903450/file/dmold13.pdf BibTex
titre
Clustering optimal de gènes fondé sur une mesure de similarité sémantique
auteur
Rachid Hafiane, Malika Smaïl-Tabbone, Marie-Dominique Devignes, Salvatore Tabbone
article
Catherine Berrut. 10ème édition de la COnférence en Recherche d’Information et Applications – CORIA 2013, Apr 2013, Neufchâtel, Suisse. 15 p, 2013
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2012

Journal articles

titre
Functional classification of genes using semantic distance and fuzzy clustering approach: Evaluation with reference sets and overlap analysis
auteur
Marie-Dominique Devignes, Benabderrahmane Sidahmed, Malika Smail-Tabbone, Amedeo Napoli, Poch Olivier
article
International journal of computational biology and drug design, Inderscience Enterprise, 2012, 5 (3/4), pp.245-260
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Conference papers

titre
Formal Concept Analysis Applied to Transcriptomic Data
auteur
Mehwish Alam, Adrien Coulet, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone
article
The Ninth International Conference on Concept Lattices and Their Applications – CLA 2012, Oct 2012, Fuengirola (Málaga), Spain. 2012
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https://hal.inria.fr/hal-00761003/file/ma_cla2012_short.pdf BibTex
titre
Formal Concept Analysis for the Interpretation of Relational Learning applied on 3D Protein-Binding Sites
auteur
Emmanuel Bresso, Renaud Grisoni, Marie-Dominique Devignes, Amedeo Napoli, Malika Smail-Tabbone
article
Ana Fred. 4th international conference on Knowledge Discovery and Information Retrieval – KDIR 2012, Oct 2012, Barcelona, Spain. 12 p., 2012
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https://hal.inria.fr/hal-00734349/file/KDIR_2012_author_file.pdf BibTex
titre
Formal Concept Analysis Applied to Transcriptomic Data
auteur
Mehwish Alam, Adrien Coulet, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone
article
What can FCA do for Artificial Intelligence (FCA4AI) (ECAI 2012), Aug 2012, Montpellier, France. 2012
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https://hal.inria.fr/hal-00760993/file/FCA4AI.pdf BibTex
titre
NRPS toolbox for the discovery of new nonribosomal peptides and synthetases
auteur
Maude Pupin, Malika Smaïl-Tabbone, Philippe Jacques, Marie-Dominique Devignes, Valérie Leclère
article
François Coste et Denis Tagu. Journées Ouvertes en Biologie, l’Informatique et les Mathématiques – JOBIM 2012, Jul 2012, Rennes, France. pp.89-93, 2012
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https://hal.inria.fr/hal-00734312/file/nrps_toolbox_jobim_2012.pdf BibTex

2011

Journal articles

titre
Spatial clustering of protein binding sites for template based protein docking
auteur
Anisah Ghoorah, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, David Ritchie
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2011, 27 (20), pp.2820-2827. 〈10.1093/bioinformatics/btr493〉
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BibTex
titre
HIV-PDI: A Protein-Drug Interaction Resource for Structural Analyses of HIV Drug Resistance: 1. Concepts and Associated Database
auteur
Leo Ghemtio, Malika Smaïl-Tabbone, Appolinaire Djikeng, Marie-Dominique Devignes, Lionel Keminse, Patricia Kelbert, Joseph Fokam, Bernard Maigret, Odile Ouwe-Missi-Oukem-Boyer
article
Journal of Health & Medical Informatics, 2011, 2 (1), pp.1000104. 〈10.4172/2157-7420.1000104〉
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BibTex

Conference papers

titre
Ontology-based functional classification of genes: evaluation with reference sets and overlap analysis
auteur
Sidahmed Benabderrahmane, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Amedeo Napoli, Olivier Poch
article
Zhongming Zhao. The second workshop on Integrative Data in Systems Biology held in conjunction with the IEEE BIBM 2011 conference, Nov 2011, Atlanta, United States. IEEE Computer Society, 2011
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BibTex
titre
Use of domain knowledge for dimension reduction: application to mining of drug side effects
auteur
Emmanuel Bresso, Sidahmed Benabderrahmane, Malika Smaïl-Tabbone, Gino Marchetti, Arnaud Sinan Karaboga, Michel Souchet, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes
article
Ana Fred. International Conference on Knowledge Discovery and Information Retrieval – KDIR 2011, Oct 2011, Paris, France. INSTICC, SciTePress Digital Library, pp.8, 2011
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BibTex
titre
Benchmarking a new semantic similarity measure using fuzzy clustering and reference sets: Application to cancer expression data
auteur
Sidahmed Benabderrahmane, Marie-Dominique Devignes, Malika Smail-Tabbone, Olivier Poch, Amedeo Napoli, Wolfgang Raffelsberger, Dominique Guenot, Nguyen Hoan, Eric Guerin
article
11ème Conférence Internationale Francophone sur l’Extraction et la Gestion des Connaissances – EGC 2011, Jan 2011, Brest, France. 2011
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https://hal.inria.fr/inria-00617692/file/EGC_2011_sidahmed_V2-last.pdf BibTex

Book sections

titre
Ontology-based knowledge discovery in pharmacogenomics.
auteur
Adrien Coulet, Malika Smaïl-Tabbone, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes
article
Hamid R. Arabnia and Quoc-Nam Tran. Software Tools and Algorithms for Biological Systems, 696, Springer, pp.357-66, 2011, Advances in Experimental Medicine and Biology, 978-1-4419-7046-6. 〈10.1007/978-1-4419-7046-6_36〉
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2010

Journal articles

titre
IntelliGO: a new vector-based semantic similarity measure including annotation origin
auteur
Sidahmed Benabderrahmane, Malika Smaïl-Tabbone, Olivier Poch, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2010, 11, 11 (1), pp.588. 〈http://www.biomedcentral.com/1471-2105/11/588/abstract〉. 〈10.1186/1471-2105-11-588〉
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https://hal.inria.fr/inria-00543910/file/IntelliGO_a_new_vector-based_semantic_similarity_measure_including_annotation_origin.pdf BibTex
titre
Comparison of three preprocessing filters efficiency in virtual screening: identification of new putative LXRbeta regulators as a test case
auteur
Leo Ghemtio, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Michel Souchet, Vincent Leroux, Bernard Maigret
article
Journal of Chemical Information and Modeling, American Chemical Society, 2010, 50 (5), pp.701-715
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BibTex
titre
BioRegistry: Automatic extraction of metadata for biological database retrieval and discovery
auteur
Marie-Dominique Devignes, Philippe Franiatte, Nizar Messai, Emmanuel Bresso, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone
article
International Journal of Metadata, Semantics and Ontologies, Inderscience, 2010, 5 (3), pp.184–193. 〈10.1504/IJMSO.2010.034043〉
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BibTex

Conference papers

titre
Using Domain Knowledge to Guide Lattice-based Complex Data Exploration
auteur
Nizar Messai, Marie-Dominique Devignes, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone
article
Helder Coelho, Rudi Studer and Michael Wooldridge. 19th European Conference on Artificial Intelligence – ECAI 2010, Aug 2010, Lisbon, Portugal. IOS press, 215, pp.847–852, 2010, Frontiers in Artificial Intelligence and Applications. 〈10.3233/978-1-60750-606-5-847〉
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BibTex
titre
Connaissances de domaine et treillis de concepts pour l’exploration progressive de données complexes
auteur
Nizar Messai, Marie-Dominique Devignes, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone
article
Sylvie DESPRES. 21es Journées francophones d’Ingénierie des Connaissances – IC 2010, Jun 2010, Nîmes, France. Ecole des Mines d’Alès, pp.233 – 244, 2010
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2009

Journal articles

titre
Gene-Disease Relationship Discovery based on Model-driven Data Integration and Database View Definition
auteur
Saliha Yilmaz, Philippe Jonveaux, Cedric Bicep, Laurent Pierron, Malika Smaïl-Tabbone, Marie-Dominique Devignes
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2009, 25 (2), pp.230 – 236. 〈10.1093/bioinformatics/btn612〉
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BibTex

Conference papers

titre
A KDD Approach for Designing Filtering Strategies to Improve Virtual Screening
auteur
Léo Ghemtio, Malika Smail-Tabbone, Marie-Dominique Devignes, Michel Souchet, Bernard Maigret
article
Ana Fred. KDIR – International Conference on Knowledge Discovery and Information Retrieval, Oct 2009, Madeira, Portugal. INSTIC, 2009
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titre
Analyse de données transcriptomiques: Modélisation floue de profils d’expression différentielle et analyse fonctionnelle.
auteur
Sidahmed Benabderrahmane, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, O. Poch, Amedeo Napoli, N. Nguyen N.-H, W. Raffelsberger
article
Actes du XXVIIième congrès Informatique des Organisations et Systèmes d’information et de décision – INFORSID 2009, May 2009, Toulouse, France. pp.413-428, 2009
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Book sections

titre
Maîtriser les ressources numériques : biologie « in silico
auteur
Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone
article
Magali Roux. Biologie L’ère numérique, CNRS Editions, pp.189-222, 2009, 9782271067791
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2008

Journal articles

titre
Multiple-step virtual screening using VSM-G: overview and validation of fast geometrical matching enrichment.
auteur
Alexandre Beautrait, Vincent Leroux, Matthieu Chavent, Léo Ghemtio, Marie-Dominique Devignes, Malika Smail-Tabbone, Wensheng Cai, Xuegang Shao, Gilles Moreau, Peter Bladon, Jianhua Yao, Bernard Maigret
article
Journal of Molecular Modeling, Springer Verlag (Germany), 2008, 14 (2), pp.135-148. 〈10.1007/s00894-007-0257-9〉
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BibTex
titre
Ontology-guided data preparation for discovering genotype-phenotype relationships
auteur
Adrien Coulet, Malika Smaïl-Tabbone, Pascale Benlian, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2008, 9 (Suppl 4), pp.S3
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Conference papers

titre
BioRegistry: Automatic Extraction of Metadata for Biological Database Retrieval and Discovery
auteur
Marie-Dominique Devignes, Philippe Franiatte, Nizar Messai, Amedeo Napoli, Malika Smail-Tabbone
article
1st international workshop on Ressource Discovery (RED), Joint to iiWAS 2008, Nov 2008, Linz, Austria. 2008
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titre
Many-Valued Concept Lattices for Conceptual Clustering and Information Retrieval
auteur
Nizar Messai, Marie-Dominique Devignes, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone
article
Malik Ghallab. 18th European Conference in Artificial Intelligence – ECAI 2008, Jul 2008, Patras, Greece. IOS Press, pp.127-131, 2008
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BibTex
titre
Extending Attribute Dependencies for Lattice-Based Querying and Navigation
auteur
Nizar Messai, Marie-Dominique Devignes, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone
article
Peter W. Eklund and Ollivier Haemmerlé. 16th International Conference on Conceptual Structures – ICCS 2008, Jul 2008, Toulouse, France. Springer, 5113, pp.189-202, 2008, 〈10.1007/978-3-540-70596-3_13〉
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BibTex
titre
Model-driven data integration for mining protein-ligand and protein-protein interactions in a drug design context.
auteur
Leo Ghemtio, Emmanuel Bresso, Michel Souchet, Bernard Maigret, Malika Smaïl-Tabbone, Marie-Dominique Devignes
article
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques – JOBIM 2008, Jun 2008, Lille, France. 2008
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BibTex
titre
Ontology Refinement through Role Assertion Analysis: Example in Pharmacogenomics
auteur
Adrien Coulet, Malika Smail-Tabbone, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes
article
Franz Baader and Carsten Lutz and Boris Motik. 21st International Workshop on Description Logics – DL2008, May 2008, Dresden, Germany. 2008
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BibTex

2007

Journal articles

titre
Correction et complétude d’un algorithme de recherche d’information par treillis de concepts
auteur
Nizar Messai, Marie-Dominique Devignes, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone
article
Revue des Nouvelles Technologies de l’Information, Hermann, 2007
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https://hal.inria.fr/inria-00187116/file/RNTI-2007-Messai-et-al.pdf BibTex

Conference papers

titre
Workshop PC Chairs’ Message. Web Data Integration for Mining in the Life Sciences (WebDIM4LS)
auteur
Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone
article
Mathias Weske and Mohand-Said Hacid and Claude Godart. International Workshops on Web Information Systems Engineering – WISE 2007 Workshops, Dec 2007, Nancy, France. Springer, 4832, pp.3-4, 2007, 〈10.1007/978-3-540-77010-7_1〉
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BibTex
titre
Traitement d’attributs inter-dépendants pour la recherche d’information par treillis
auteur
Nizar Messai, Marie-Dominique Devignes, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone
article
18es Journées Francophones d’Ingénierie des Connaissances – IC 2007, Jul 2007, Grenoble, France. Cépaduès éditions, pp.109-120, 2007
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00509943/file/Messai_Devignes_Napoli_SmaA_l-Tabbone.pdf BibTex
titre
Ontology-guided Data Preparation for Discovering Genotype-Phenotype Relationships
auteur
Adrien Coulet, Malika Smaïl-Tabbone, Pascale Benlian, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes
article
Network Tools and Applications in Biology: A Semantic Web for Bioinformatics – NETTAB 2007, Jun 2007, Pisa, Italy. 2007
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2006

Journal articles

titre
Treillis de concepts et ontologies pour interroger l’annuaire de sources de données biologiques BioRegistry
auteur
Nizar Messai, Marie-Dominique Devignes, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone
article
Revue des Sciences et Technologies de l’Information – Série ISI : Ingénierie des Systèmes d’Information, Lavoisier, 2006, Systèmes d’information spécialisés, 11 (1), pp.39-60
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https://hal.inria.fr/inria-00080960/file/Messai_ISI_06.PDF BibTex

Conference papers

titre
BR-Explorer: An FCA-based algorithm for Information Retrieval
auteur
Nizar Messai, Marie-Dominique Devignes, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone
article
Fourth International Conference On Concept Lattices and Their Applications – CLA 2006, Oct 2006, Hammamet/Tunisia, 2006
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titre
Suggested Ontology for Pharmacogenomics (SO-Pharm): Modular Construction and Preliminary Testing
auteur
Adrien Coulet, Malika Smaïl-Tabbone, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes
article
Proceedings of International Workshop on Knowledge Systems in Bioinformatics – KSinBIT’06, Oct 2006, Montpellier, France. 2006
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titre
SNP-Ontology for semantic integration of genomic variation data
auteur
Adrien Coulet, Malika Smaïl-Tabbone, Pascale Benlian, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes
article
14th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology – ISMB’06, Aug 2006, Fortaleza/Brésil, 2006
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https://hal.inria.fr/inria-00067863/file/couletEtAl_ISMB06.pdf BibTex
titre
SNP-Converter: an Ontology-Based solution to Reconcile Heterogeneous SNP Descriptions for Pharmacogenomic Studies
auteur
Adrien Coulet, Malika Smaïl-Tabbone, Pascale Benlian, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes
article
3rd International Workshop on Data Integration in the Life Sciences 2006 – DILS’06, Jul 2006, European Bioinformatics Institute (EBI), Hinxton/UK, 2006
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titre
Ontology-driven Data Integration for Pharmacogenomics: Application to Genome Variations
auteur
Adrien Coulet, Malika Smaïl-Tabbone, Pascale Benlian, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes
article
Journées Ouvertes : Biologie, Informatique et Mathématiques – JOBIM’06, Jul 2006, Bordeaux/France, 2006
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titre
BR-Explorer: A sound and complete FCA-based retrieval algorithm (Poster)
auteur
Nizar Messai, Marie-Dominique Devignes, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone
article
4th International Conference on Formal Concept Analysis – ICFCA 2006, Feb 2006, Dresden/Germany, 2006
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2005

Journal articles

titre
Classification et interrogation de sources de données biologiques
auteur
Nizar Messai, Marie-Dominique Devignes, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone
article
Revue des Nouvelles Technologies de l’Information, Hermann, 2005, Extraction des connaissances : Etat et perspectives, pp.43-47
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Conference papers

titre
User-designed web services to support heterogeneous biological data retrieval
auteur
Marie-Dominique Devignes, Hervé De Palma, Laurent Pierron, Lionel Domenjoud, Malika Smaïl-Tabbone
article
Angelo Facchiano and Paolo Romano. First International Workshop on workflows management: new abilities for the biological information overflow – NETTAB 2005, Oct 2005, Naples, Italy, pp.27-34, 2005
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titre
BioRegistry : a structured metadata repository for bioinformatic databases
auteur
Malika Smaïl-Tabbone, Shazia Osman, Nizar Messai, Amedeo Napoli, Marie-Dominique Devignes
article
M.R. Berthold, R. Glen, K. Diederichs, O. Kohlbacher, I. Fisher. First International Symposium on Computational Life Science – CompLife 2005, Sep 2005, Konstanz, Germany, Springer, 3695 (3695), pp.46-56, 2005, Lecture Notes in Bioinformatics
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titre
Querying a Bioinformatic Data Sources Registry with Concept Lattices
auteur
Nizar Messai, Marie-Dominique Devignes, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone
article
Frithjof Dau, Marie-Laure Mugnier and Gerd Stumme. 3th International Conference on Conceptual Structures – ICCS 2005, Jun 2005, Kassel, Germany. Springer Berlin / Heidelberg, 3596 (3596), pp.323-336, 2005, LNAI. 〈10.1007/11524564_22〉
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https://hal.inria.fr/inria-00000102/file/Messai-ICCS-05.pdf BibTex
titre
Treillis de concepts et ontologies pour l’interrogation d’un annuaire de sources de données biologiques (BioRegistry)
auteur
Nizar Messai, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Amedeo Napoli
article
Actes du XXIIIème congrès Informatique des Organisations et Systèmes d’information et de décision – INFORSID 2005, May 2005, Grenoble/France, 2005
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titre
Extraction de données pharmacogénomiques à partir d’études cliniques : problématique
auteur
Adrien Coulet, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone
article
Deuxième atelier sur la « Fouille de données complexes dans un processus d’extraction des connaissances », Jan 2005, Paris/France, 2005
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titre
Méthode sémantique pour la classification et l’interrogation de sources de données biologiques
auteur
Nizar Messai, Marie-Dominique Devignes, Amedeo Napoli, Malika Smaïl-Tabbone
article
EGC 2005 – Atelier Modélisation des Connaissances, Jan 2005, Paris, 2005
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https://hal.inria.fr/inria-00000152/file/EGC-05-MC.pdf BibTex

2004

Conference papers

titre
Intelligent access to genomic sources on the web
auteur
Marie-Dominique Devignes, Nizar Messai, Amedeo Napoli, Shazia Osman, Malika Smaïl-Tabbone
article
W3C Workshop on Semantic Web for Life Sciences, Oct 2004, Cambridge, Massachusetts USA, 2004
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BibTex
titre
Integration of biological data from web resources : management of multiple answers through metadata retrieval
auteur
Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone
article
12th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology – 3rd European Conference on Computational Biology – ISMB-ECCB 2004, 2004, Glasgow, Scotland, United Kingdom. pp.3, 2004
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https://hal.inria.fr/inria-00107769/file/A04-R-059.pdf BibTex

2003

Conference papers

titre
A Generic Solution for Automated Collecting and Integration of Biological Data from Web Sources
auteur
Marie-Dominique Devignes, Yvan Norsa, Malika Smaïl-Tabbone, Philippe Collet, Lionel Domenjoud, Michel Dauça
article
European Conference on Computational Biology – ECCB’03, Sep 2003, Paris, France. pp.2, 2003
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2000

Conference papers

titre
Services for a Genomics Open Distributed Environment
auteur
Nacer Boudjlida, Malika Smaïl-Tabbone, Marie-Dominique Devignes
article
XEWA’2000: IEEE Workshop on XML-Enabled Wide Area Search in Bioinformatics, 2000, League City, Texas, 2 p, 2000
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1994

Theses

titre
Raisonnement à base de cas pour une recherche évolutive d’information : eprototype cabri-n : vers la définition d’un cadre d’acquisition de connaissances
auteur
Malika Smaïl-Tabbone
article
Autre. Université Henri Poincaré – Nancy 1, 1994. Français. 〈NNT : 1994NAN10409〉
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