Publications

Publications HAL de Chauvot de Beauchene

2024

titre
HIPPO: HIstogram-based Pseudo-POtential for scoring protein-ssRNA fragment-based docking poses
auteur
Anna Kravchenko, Sjoerd Jacob De Vries, Malika Smaïl-Tabbone, Isaure Chauvot de Beauchêne
article
BMC Bioinformatics, 2024, ⟨10.1186/s12859-024-05733-6⟩
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https://hal.science/hal-04234486/file/12859_2024_Article_5733%20%281%29.pdf BibTex
titre
Color Coding for the Fragment-Based Docking, Design and Equilibrium Statistics of Protein-Binding ssRNAs
auteur
Taher Yacoub, Roy González-Alemán, Fabrice Leclerc, Isaure Chauvot de Beauchêne, Yann Ponty
article
RECOMB 2024 – 28th International Conference of Research in Computational Molecular Biology, Apr 2024, Boston, United States
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https://hal.science/hal-03816423/file/ColorCoding_Bioinfo_2023-8.pdf BibTex

2023

titre
Endocrine disruptors: environmental, biological and strategic aspects. State of the art in 2023
auteur
David Chauvot de Beauchêne
article
Sciences pharmaceutiques. 2023
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https://dumas.ccsd.cnrs.fr/dumas-04262804/file/2023_CHAUVOT%20DE%20BEAUCHENE%20David.pdf BibTex
titre
SARS-CoV-2 pneumoniae patients admitted to the ICU: analysis of the extent of lung parenchymal lésion, sarcopenia on chest CT scan, correlation with inflamatory markers at admission
auteur
Romain Chauvot de Beauchêne
article
Médecine humaine et pathologie. 2023
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https://dumas.ccsd.cnrs.fr/dumas-04131105/file/Th%C3%A8se%20CHAUVOT%20DE%20BEAUCHENE%20Romain.pdf BibTex
titre
Experiences with a training DSW knowledge model for early-stage researchers
auteur
Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Hrishikesh Dhondge, Roswitha Dolcemascolo, Jose Gavaldá-García, R. Anahí Higuera-Rodriguez, Anna Kravchenko, Joel Roca Martínez, Niki Messini, Anna Pérez-Ràfols, Guillermo Pérez Ropero, Luca Sperotto, Isaure Chauvot de Beauchêne, Wim Vranken
article
Open Research Europe, 2023, 3, pp.97. ⟨10.12688/openreseurope.15609.1⟩
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https://hal.science/hal-04234402/file/openreseurope-3-16870.pdf BibTex
titre
CroMaSt: a workflow for assessing protein domain classification by cross-mapping of structural instances between domain databases and structural alignment
auteur
Hrishikesh Dhondge, Isaure Chauvot de Beauchêne, Marie-Dominique Devignes
article
Bioinformatics Advances, 2023, 3 (1), ⟨10.1093/bioadv/vbad081⟩
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https://inria.hal.science/hal-04210856/file/CroMaStPaper_BioinfoAdvances2023.pdf BibTex
titre
HIPPO: HIstogram-based Pseudo-POtential for scoring ssRNA-protein fragment-based docking poses
auteur
Anna Kravchenko, Sjoerd Jacob de Vries, Malika Smaïl-Tabbone, Isaure Chauvot de Beauchene
article
The 31st Annual Intelligent Systems For Molecular Biology (ISMB) and the 22nd Annual European Conference on Computational Biology (ECCB), Jul 2023, Lyon, France
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https://hal.science/hal-04168414/file/ISMBECCB2023_1411_Kravchenko_poster.pdf BibTex

2022

titre
CroMaSt: A workflow for domain family curation through cross-mapping of structural instances between protein domain databases
auteur
Hrishikesh Dhondge, Isaure Chauvot de Beauchêne, Marie-Dominique Devignes
article
ECCB2022- 21st European Conference on Computational Biology, Sep 2022, Sitges, Spain. ⟨10.48546/WORKFLOWHUB.WORKFLOW.390.1⟩
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https://hal.science/hal-03789541/file/CroMaSt_ECCB_RNAct_final.pdf BibTex
titre
Singular Interface Dynamics of the SARS-CoV-2 Delta Variant Explained with Contact Perturbation Analysis
auteur
Aria Gheeraert, Laurent Vuillon, Laurent Chaloin, Olivier Moncorgé, Thibaut Very, Serge Perez, Vincent Leroux, Isaure Chauvot de Beauchêne, Dominique Mias-Lucquin, Marie-Dominique Devignes, Ivan Rivalta, Bernard Maigret
article
Journal of Chemical Information and Modeling, 2022, 62 (12), pp.3107-3122. ⟨10.1021/acs.jcim.2c00350⟩
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https://inria.hal.science/hal-03708020/file/Mutants_RBD_March-2022.pdf BibTex
titre
Optimizing scoring for ssRNA-protein docking models
auteur
Anna Kravchenko, Malika Smail-Tabbone, Isaure Chauvot de Beauchene, Sjoerd Jacob de Vries
article
35th RHINE-KNEE-REGIONAL MEETING ON STRUCTURAL BIOLOGY, Oct 2022, Gérardmer, France
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BibTex
titre
Exploration of DNA processing features unravels novel properties of ICE conjugation in Gram-positive bacteria
auteur
Haifa Laroussi, Yanis Aoudache, Emilie Robert, Virginie Libante, Louise Thiriet, Dominique Mias-Lucquin, Badreddine Douzi, Yvonne Roussel, Isaure Chauvot de Beauchene, Nicolas Soler, Nathalie Leblond-Bourget
article
Nucleic Acids Research, 2022, 50 (14), pp.8127-8142. ⟨10.1093/nar/gkac607⟩
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https://hal.science/hal-03881644/file/Exploration%20of%20DNA%20processing%20features%20unravels%20novel%20properties%20of%20ICE%20conjugation%20in%20Gram-positive%20bacteria%20-%20Laroussi%20et%20al%20-%20NAR%20-%202022.pdf BibTex
titre
Conformational variability in proteins bound to single-stranded DNA: a new benchmark for new docking perspectives
auteur
Dominique Mias-Lucquin, Isaure Chauvot de Beauchêne
article
Proteins – Structure, Function and Bioinformatics, 2022, 90 (3), pp.625-631. ⟨10.1002/prot.26258⟩
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https://hal.science/hal-03821504/file/Structure2022_authors-version.pdf BibTex
titre
Inferring Epsilon-nets of Finite Sets in a RKHS
auteur
Antoine Moniot, Isaure Chauvot de Beauchêne, Yann Guermeur
article
Advances in Self-Organizing Maps, Learning Vector Quantization, Clustering and Data Visualization. WSOM – 2022, Jul 2022, Prague, Czech Republic. pp.53-62, ⟨10.1007/978-3-031-15444-7_6⟩
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https://hal.science/hal-03651323/file/author_last.pdf BibTex
titre
ProtNAff: Protein-bound Nucleic Acid filters and fragment libraries
auteur
Antoine Moniot, Yann Guermeur, Sjoerd Jacob de Vries, Isaure Chauvot de Beauchêne
article
Bioinformatics, 2022, 38 (162022-07-01), pp.3911-3917. ⟨10.1093/bioinformatics/btac430⟩
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https://hal.science/hal-03765772/file/protNAff_authors_version.pdf BibTex

2021

titre
Feature extraction for the clustering of small 3D structures: application to RNA fragments
auteur
Alix Delannoy, Antoine Moniot, Yann Guermeur, Isaure Chauvot de Beauchêne
article
JOBIM 2021 – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris/Virtual, France. pp.1-6
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https://hal.science/hal-03540927/file/jobim2021_final.pdf BibTex
titre
Data-driven identification of structural patterns associated with RNA binding in RNA Recognition Motif domains
auteur
Hrishikesh Dhondge, Martínez Joel Roca, Vranken Wim, Marie-Dominique Devignes, Isaure Chauvot de Beauchêne
article
Student Council Symposium (SCS) 2021, Jul 2021, Virtual, France
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https://hal.science/hal-03784168/file/21_Dhondge_Data-driven-identification%20%281%29.pdf BibTex
titre
Vers un nouveau traitement des mucopolysaccharidoses ? Recherche d’inhibiteurs de la β1,4-galactosyltransférase 7 (β4GalT7) par des approches combinées de criblage expérimental et virtuel
auteur
Sandrine Gulberti, Christel Valencia-Schmitt, Pascal Villa, Isaure Chauvot de Beauchêne, Bernard Maigret, Sylvie Fournel-Gigleux
article
Rencontres RARE 2021, Oct 2021, Paris/virtuel, France
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BibTex
titre
New strategy for optimizing knowledge-based docking parameters: application to ssRNA-protein docking
auteur
Anna Kravchenko, Malika Smaïl-Tabbone, Isaure Chauvot de Beauchêne, Sjoerd Jacob de Vries
article
JOBIM 2021 – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France
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https://hal.science/hal-03370998/file/anna_JOBIM2021.pdf BibTex
titre
New clustering method to infer prototypes covering the 3D structures of nucleic acid fragments
auteur
Antoine Moniot, Isaure Chauvot de Beauchêne, Yann Guermeur
article
RECOMB 2021 – 25th International conference on research in computational molecular biology, Aug 2021, Padova/Virtual, Italy
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https://hal.science/hal-03432671/file/poster.pdf BibTex
titre
Agglomerative clustering of fragment 3D structures based on pairwise RMSD
auteur
Antoine Moniot, Isaure Chauvot de Beauchêne, Yann Guermeur
article
ISMB ECCB 2021, Jul 2021, Virtual, France
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https://hal.science/hal-03432682/file/1627053645-poster.pdf BibTex

2020

titre
Vers un nouveau traitement des mucopolysaccharidoses ? Recherche d’inhibiteurs de la β1,4-galactosyltransférase 7 (β4GalT7) par des approches combinées de criblage expérimental et virtuel
auteur
Sandrine Gulberti, Isabelle Bertin-Jung, Isaure Chauvot de Beauchêne, Christel Valencia-Schmitt, Pascal Villa, Bernard Maigret, Sylvie Fournel-Gigleux
article
Colloque Régional de la Fondation Maladies Rares, Feb 2020, Strasbourg, France
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BibTex
titre
The First 3D Model of the Full-Length KIT Cytoplasmic Domain Reveals a New Look for an Old Receptor
auteur
François Inizan, Myriam Hanna, Maxim Stolyarchuk, Isaure Chauvot de Beauchêne, Luba Tchertanov
article
Scientific Reports, 2020, ⟨10.1038/s41598-020-62460-7⟩
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https://hal.science/hal-03000379/file/Inizan2020_authors_version.pdf BibTex
titre
Docking of RNA Hairpin on Protein Using a Fragment-Based Method
auteur
Antoine Moniot, Rohit Roy, Yann Guermeur, Isaure Chauvot de Beauchêne
article
JOBIM 2020 – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2020, Montpellier, France
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https://hal.science/hal-02927185/file/Moniot_JOBIM20a.pdf BibTex
titre
Using Restraints in EROS-Dock Improves Model Quality in Pairwise and Multicomponent Protein Docking
auteur
Maria Elisa Ruiz Echartea, David Ritchie, Isaure Chauvot de Beauchêne
article
Proteins – Structure, Function and Bioinformatics, 2020, 88 (8), pp.1121-1128. ⟨10.1002/prot.25959⟩
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https://hal.science/hal-02930827/file/maria_proteins_v14.pdf BibTex

2019

titre
Vers un nouveau traitement des mucopolysaccharidoses ? Recherche d’inhibiteurs de la β1,4-galactosyltransférase 7 (β4GalT7) par des approches combinées de criblage expérimental et virtuel
auteur
Sandrine Gulberti, Isabelle Bertin-Jung, Isaure Chauvot de Beauchêne, Christel Valencia-Schmitt, Pascal Villa, Bernard Maigret, Sylvie Fournel-Gigleux
article
Colloque de la Fondation Maladies Rares, May 2019, Paris, France
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BibTex
titre
Blind prediction of homo‐ and hetero‐ protein complexes: The CASP13‐CAPRI experiment
auteur
Marc Lensink, Guillaume Brysbaert, Nurul Nadzirin, Sameer Velankar, Raphaël A.G. Chaleil, Tereza Gerguri, Paul Bates, Elodie Laine, Alessandra Carbone, Sergei Grudinin, Ren Kong, Ran‐ran Liu, Xi‐ming Xu, Hang Shi, Shan Chang, Miriam Eisenstein, Agnieszka Karczynska, Cezary Czaplewski, Emilia Lubecka, Agnieszka Lipska, Paweł Krupa, Magdalena Mozolewska, Łukasz Golon, Sergey Samsonov, Adam Liwo, Silvia Crivelli, Guillaume Pagès, Mikhail Karasikov, Maria Kadukova, Yumeng Yan, Sheng‐you Huang, Mireia Rosell, Luis Angel Rodríguez‐lumbreras, Miguel Romero‐durana, Lucía Díaz‐bueno, Juan Fernandez‐recio, Charles Christoffer, Genki Terashi, Woong‐hee Shin, Tunde Aderinwale, Sai Raghavendra Maddhuri Venkata Subram, Daisuke Kihara, Dima Kozakov, Sandor Vajda, Kathyn Porter, Dzmitry Padhorny, Israel Desta, Dmitri Beglov, Mikhail Ignatov, Sergey Kotelnikov, Iain Moal, David Ritchie, Isaure Chauvot de Beauchêne, Bernard Maigret, Marie-Dominique Devignes, Maria Elisa Ruiz Echartea, Didier Barradas‐bautista, Zhen Cao, Luigi Cavallo, Romina Oliva, Yue Cao, Yang Shen, Minkyung Baek, Taeyong Park, Hyeonuk Woo, Chaok Seok, Merav Braitbard, Lirane Bitton, Dina Scheidman‐duhovny, Justas Dapkūnas, Kliment Olechnovič, Česlovas Venclovas, Petras J. Kundrotas, Saveliy Belkin, Devlina Chakravarty, Varsha Badal, Ilya A. Vakser, Thom Vreven, Sweta Vangaveti, Tyler M. Borrman, Zhiping Weng, Johnathan D Guest, Ragul Gowthaman, Brian G Pierce, Xianjin Xu, Rui Duan, Liming Qiu, Jie Hou, Benjamin Ryan Merideth, Zhiwei Ma, Jianlin Cheng, Xiaoqin Zou, Panos Koukos, Jorge Roel‐touris, Francesco Ambrosetti, Cunliang Geng, Jörg Schaarschmidt, Mikael Trellet, Adrien S.J. Melquiond, Li Xue, Brian Jiménez‐garcía, Charlotte Noort, Rodrigo Honorato, Alexandre M.J.J. Bonvin, Shoshana J. Wodak
article
Proteins – Structure, Function and Bioinformatics, 2019, 87 (12), pp.1200-1221. ⟨10.1002/prot.25838⟩
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https://inria.hal.science/hal-02320974/file/prot.25838.pdf BibTex
titre
NAfragDB: A Multi-Purpose Structural Database of Nucleic-Acid/Protein Complexes for Advances Users
auteur
Antoine Moniot, Sjoerd de Vries, Dave Ritchie, Isaure Chauvot de Beauchêne
article
21e congrès du Groupe de graphisme et modélisation moléculaire (GGMM), Apr 2019, Nice, France
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https://hal.science/hal-02393039/file/abstract_NAfrag_GGMM%20%281%29.pdf BibTex
titre
EROS-DOCK: Protein-Protein Docking Using Exhaustive Branch-and-Bound Rotational Search
auteur
Maria Elisa Ruiz Echartea, Isaure Chauvot de Beauchêne, David Ritchie
article
Bioinformatics, 2019, 35 (23), pp.5003-5010. ⟨10.1093/bioinformatics/btz434⟩
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https://hal.science/hal-02269812/file/maria_bioinfo_2018_clean%20%281%29.pdf BibTex
titre
EROS-DOCK for Pairwise and Multi-body Protein-Protein Docking
auteur
Maria-Elisa Ruiz-Echartea, Isaure Chauvot de Beauchêne, David Ritchie
article
Journée MASIM2019 (Méthodes Algorithmiques pour les Structures et Interactions Macromoléculaires), Nov 2019, Paris, France
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https://hal.science/hal-02391973/file/Maria-Abstract-08-10-2019_ICB.pdf BibTex
titre
EROS-DOCK and EROS-DOCK MULTI-BODY Approach
auteur
Maria-Elisa Ruiz-Echartea, Isaure Chauvot de Beauchêne, David Ritchie
article
CAPRI evaluation meeting, Apr 2019, Hinxton, United Kingdom
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https://hal.science/hal-02394484/file/CAPRI.pdf BibTex
titre
EROS: A Protein Docking Algorithm Using a Quaternion pi- Ball Representation for Exhaustive and Accelerated Exploration of 3D Rotational Space
auteur
Maria-Elisa Ruiz-Echartea, Isaure Chauvot de Beauchêne, David Ritchie
article
GGMM (groupe de graphisme et modélisation moléculaire ), Apr 2019, Nice, France
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https://hal.science/hal-02392106/file/posterPresentation4-2.pdf BibTex
titre
Modeling large protein–glycosaminoglycan complexes using a fragment‐based approach
auteur
Sergey Samsonov, Martin Zacharias, Isaure Chauvot de Beauchêne
article
Journal of Computational Chemistry, 2019, 40 (14), pp.1429-1439. ⟨10.1002/jcc.25797⟩
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https://hal.science/hal-02088192/file/Samsonov_Zacharias_Chauvot-de-Beauchene_formated.pdf BibTex
titre
Characterization of a relaxase belonging to the MOBT family, a widespread family in Firmicutes mediating the transfer of ICEs
auteur
Nicolas Soler, Emilie Robert, Isaure Chauvot de Beauchêne, Philippe Monteiro, Virginie Libante, Bernard Maigret, Johan Staub, David W. Ritchie, Gérard Guédon, Sophie Payot, Marie-Dominique Devignes, Nathalie N. Leblond-Bourget
article
Mobile DNA, 2019, 10 (1), pp.1-16. ⟨10.1186/s13100-019-0160-9⟩
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https://inria.hal.science/hal-02138843/file/SolerNEtAl_MobileDNA_2019.pdf BibTex
titre
Docking software performance in protein-glycosaminoglycan systems
auteur
Urszula Uciechowska-Kaczmarzyk, Isaure Chauvot de Beauchêne, Sergey Samsonov
article
Journal of Molecular Graphics and Modelling, 2019, Journal of Molecular Graphics and Modelling, 90, pp.42-50. ⟨10.1016/j.jmgm.2019.04.001⟩
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https://hal.science/hal-02391852/file/JMGM_glycans_docking.pdf BibTex

2018

titre
Reactive pipelines for integrated structural bioinformatics resources
auteur
Isaure Chauvot de Beauchêne, Sjoerd Jacob de Vries
article
3D-BioInfo: Launch Meeting for a proposed ELIXIR Community in Structural Bioinformatics, Oct 2018, Basel, Switzerland
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https://inria.hal.science/hal-01925064/file/reactive_pipelines_final.pdf BibTex
titre
EROS: A Protein Docking Algorithm Using a Quaternion Pi-Ball Representation for Exhaustive and Accelerated Exploration of 3D Rotational Space
auteur
Maria Elisa Ruiz­ Echartea, Isaure Chauvot de Beauchêne, David Ritchie
article
APIL 2018 – Journée d’automne de l’Ecole Doctorale IAEM-Lorraine, Nov 2018, Nancy, France
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https://inria.hal.science/hal-01929546/file/posterAPIL2018.pdf BibTex
titre
A hybrid combinatorial method for docking single stranded RNAs in a protein pockect at the thermodynamic equilibrium
auteur
Chinmay Singhal, Yann Ponty, Isaure Chauvot de Beauchêne
article
JOBIM (Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques), Jul 2018, Marseille, France
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https://hal.science/hal-02394529/file/abstract_JOBIM2018_BOA.pdf BibTex
titre
A hybrid combinatorial method for docking single stranded RNA on proteins at the thermodynamic equilibrium
auteur
Chinmay Singhal, Yann Ponty, Isaure Chauvot de Beauchêne
article
RECOMB 2018 – 22nd Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology, Apr 2018, Paris, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-01925083/file/RCB.pdf BibTex

2017

titre
Modeling large protein–glycosaminoglycan complexes using a fragment‐based approach
auteur
Isaure Chauvot de Beauchêne
article
2017
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https://inria.hal.science/hal-01994476/file/Samsonov_Zacharias_Chauvot-de-Beauchene_HAL.pdf BibTex
titre
Fragment­ based modeling of protein­-GAG complexes
auteur
Isaure Chauvot de Beauchêne, Sergey A Samsonov, Martin Zacharias
article
GGMM 2017 – 20e congrès du Groupe de Graphisme et Modelisation Moleculaire, May 2017, Reims, France. pp.1
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https://hal.science/hal-01927283/file/Poster-GGMM2017-A0.pdf BibTex
titre
Germline CDKN2A/P16INK4A mutations contribute to genetic determinism of sarcoma
auteur
Fanélie Jouenne, Isaure Chauvot de Beauchêne, Emeline Bollaert, Marie-Francoise Avril, Olivier Caron, Olivier Ingster, Axel Lecesne, Patrick Benuisiglio, Philippe Terrier, Vincent Caumette, Daniel Pissaloux, Arnaud de La Fouchardiere, Odile Cabaret, Birama N’Diaye, Amélie Velghe, Gaëlle Bougeard, Graham J. Mann, Serge Koscielny, Jennifer H. Barrett, Mark Harland, Julia Newton-Bishop, Nelleke Gruis, Remco van Doorn, Marion Gauthier-Villars, Gaelle Pierron, Dominique Stoppa-Lyonnet, Isabelle Coupier, Rosine Guimbaud, Capucine Delnatte, Jean Yves Scoazec, Alexander Eggermont, Jean Feunteun, Luba Tchertanov, Jean-Baptiste Demoulin, Thierry Frebourg, Brigitte Bressac de Paillerets
article
Journal of Medical Genetics, 2017, 54 (9), pp.607-612. ⟨10.1136/jmedgenet-2016-104402⟩
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https://inria.hal.science/hal-01580787/file/jouenne_2017.pdf BibTex
titre
Accelerating Protein Docking Calculations using the ATTRACT Coarse­-Grained Force Field and 3D Rotation Maps
auteur
Maria Elisa Ruiz­ Echartea, Isaure Chauvot de Beauchêne, David Ritchie
article
GGMM 2017 – Groupe de Graphisme et Modélisation Moléculaire, May 2017, Reims, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-01927271/file/GGMM-Maria-Elisa-Dave-final.pdf BibTex
titre
Rapid Design of Knowledge-Based Scoring Potentials for Enrichment of Near-Native Geometries in Protein-Protein Docking
auteur
Alexander Sasse, Sjoerd Jacob de Vries, Christina Eva Maria Schindler, Isaure Chauvot de Beauchêne, Martin Zacharias
article
PLoS ONE, 2017, ⟨10.1371/journal.pone.0170625⟩
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https://hal.science/hal-01505866/file/Alex_authors_version.pdf BibTex
titre
Protein-protein and peptide-protein docking and refinement using ATTRACT in CAPRI
auteur
Christina Eva Maria Schindler, Isaure Chauvot de Beauchêne, Sjoerd Jacob de Vries, Martin Zacharias
article
Proteins: Structure, Function, and Genetics, 2017, ⟨10.1002/prot.25196⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01505867/file/capri_v2.pdf BibTex

2016

titre
Fragment-based modeling of protein-bound ssRNA
auteur
Isaure Chauvot de Beauchêne, Sjoerd J de Vries, Martin Zacharias
article
ECCB 2016: The 15th European Conference on Computational Biology, Sep 2016, Den Haag, Netherlands. 2016
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https://hal.science/hal-01573352/file/ECCB2017-A4.pdf BibTex
titre
How Missense Mutations in Receptors Tyrosine Kinases impact Constitutive Activity and alternate Drug Sensitivity: Insights from Molecular Dynamics Simulations
auteur
Isaure Chauvot de Beauchêne, Luba Tchertanov
article
Receptors & Clinical Investigation, 2016, ⟨10.14800/rci.1372⟩
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BibTex
titre
Fragment-based modelling of single stranded RNA bound to RNA recognition motif containing proteins
auteur
Isaure Chauvot de Beauchêne, Sjoerd Jacob de Vries, Martin Zacharias
article
Nucleic Acids Research, 2016, ⟨10.1093/nar/gkw328⟩
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BibTex
titre
Binding Site Identification and Flexible Docking of Single Stranded RNA to Proteins Using a Fragment-Based Approach
auteur
Isaure Chauvot de Beauchêne, Sjoerd Jacob de Vries, Martin Zacharias
article
PLoS Computational Biology, 2016, ⟨10.1371/journal.pcbi.1004697⟩
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BibTex
titre
Insight on mutation-induced resistance from molecular dynamics simulations of the native and mutated CSF-1R and KIT
auteur
Priscilla da Silva Figueiredo Celestino Gomes, Isaure Chauvot de Beauchêne, Nicolas Panel, Sophie Lopes, Paulo de Sepulveda, Pedro G Pascutti, E Solary, Luba Tchertanov
article
PLoS ONE, 2016, 11 (7), ⟨10.1371/journal.pone.0160165⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01505869/file/journal.pone.0160165.PDF BibTex
titre
Cryo-EM Data Are Superior to Contact and Interface Information in Integrative Modeling
auteur
Sjoerd Jacob de Vries, Isaure Chauvot de Beauchêne, Christina Eva Maria Schindler, Martin Zacharias
article
Biophysical Journal, 2016, ⟨10.1016/j.bpj.2015.12.038⟩
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BibTex
titre
Structure and target interaction of a G-quadruplex RNA-aptamer
auteur
Kristina Szameit, Katharina Berg, Sven Kruspe, Erica Valentini, Eileen Magbanua, Marcel Kwiatkowski, Isaure Chauvot de Beauchêne, Dmitri Svergun, Hartmut Schlüter, Martin Zacharias, Ulrich Hahn
article
RNA Biology, 2016, 13 (10), pp.973 – 987. ⟨10.1080/15476286.2016.1212151⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01505860/file/Szameit2016_authors.pdf BibTex

2015

titre
Modelling ssRNA-protein complexes at atomic resolution
auteur
Isaure Chauvot de Beauchêne, Sjoerd Jacob de Vries, Martin Zacharias
article
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique & Mathématiques (JOBIM), Jul 2015, Clermont-Ferrand, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03763641/file/JOBIM2015_submission_79.pdf BibTex
titre
A web interface for easy flexible protein-protein docking with ATTRACT
auteur
Sjoerd Jacob de Vries, Christina Eva Maria Schindler, Isaure Chauvot de Beauchêne, Martin Zacharias
article
Biophysical Journal, 2015, ⟨10.1016/j.bpj.2014.12.015⟩
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2014

titre
Allosteric pathway identification through network analysis: from molecular dynamics simulations to interactive 2d and 3d graphs
auteur
Arian Allain, Isaure Chauvot de Beauchêne, Florent Langenfeld, Yann Guarracino, Elodie Laine, Luba Tchertanov
article
Faraday Discussions, 2014, ⟨10.1039/c4fd00024b⟩
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titre
Hotspot mutations in KIT receptor differentially modulate its allosterically coupled conformational dynamics: impact on activation and drug sensitivity
auteur
Ariane Allain, Isaure Chauvot de Beauchêne, Nicolas Panel, Elodie Laine, Alain Trouvé, Patrice Dubreuil, Luba Tchertanov
article
PLoS Computational Biology, 2014, 10 (7), pp.e1003749. ⟨10.1371/journal.pcbi.1003749⟩
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https://hal.science/hal-01505833/file/journal.pcbi.1003749.PDF BibTex
titre
Co-operating STAT5 and AKT signaling pathways in chronic myeloid leukemia and mastocytosis: possible new targets of therapy
auteur
Isaure Chauvot de Beauchêne, Ariane Allain, Nicolas Panel, Elodie Laine, Alain Trouvé, Patrice Dubreuil, S. Bibi, M. Arslanhan, F. Langenfeld, S. Jeanningros, S. Cerny-Reiterer, E. Hadzijusufovic, Luba Tchertanov, R. Moriggl, P. Valent, M. Arock
article
Haematologica, 2014, 99 (3), pp.417-429. ⟨10.3324/haematol.2013.098442⟩
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titre
HSP70 sequestration by free α-globin promotes ineffective erythropoiesis in β-thalassaemia
auteur
Arlet J.B., Ribeil J.A., Flavia Guillem, Olivier Negre, Adonis Hazoume, Guillaume Marcion, Yves Beuzard, Michaël Dussiot, Ivan Cruz-Moura, Samuel Demarest, Isaure Chauvot de Beauchêne, Z. Belaid-Choucair, Margaux Sevin, Thiago Trovati Maciel, Christian Auclair, Philippe Leboulch, Stany Chretien, Luba Tchertanov, Véronique Baudin-Creuza, Renaud Seigneuric, Michaela Fontenay, Olivier Hermine, Carmen Garrido, Genevieve Courtois
article
Nature, 2014, ⟨10.1038/nature13614⟩
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titre
Characterization of S628N: a novel KIT mutation found in a metastatic melanoma
auteur
Marina Vita, Julie C Tisserand, Isaure Chauvot de Beauchêne, Nicolas Panel, Luba Tchertanov, Julie Agopian, Lenaig Mescam-Mancini, Bernard Fouet, Beatrice Fournier, Patrice Dubreuil, François Bertucci, Paulo de Sepulveda
article
JAMA Dermatology, 2014, 150 (12), ⟨10.1001/jamadermatol.2014.1437⟩
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2013

titre
Raltegravir flexibility and its impact on recognition by the HIV-1 IN targets.
auteur
Rohit Arora, Isaure Chauvot de Beauchêne, Jaroslaw Polansky, Elodie Laine, Luba Tchertanov
article
Journal of Molecular Recognition, 2013, ⟨10.1002/jmr.2277⟩
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2011

titre
Mutation D816V alters the internal structure and dynamics of c-KIT receptor cytoplasmic region: implications for dimerization and activation mechanisms
auteur
Elodie Laine, Isaure Chauvot de Beauchêne, David Perahia, Christian Auclair, Luba Tchertanov
article
PLoS Computational Biology, 2011, ⟨10.1371/journal.pcbi.1002068⟩
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