Publications

Publications HAL de Chauvot de Beauchene

2020

titre
Vers un nouveau traitement des mucopolysaccharidoses ? Recherche d’inhibiteurs de la β1,4-galactosyltransférase 7 (β4GalT7) par des approches combinées de criblage expérimental et virtuel
auteur
Sandrine Gulberti, Isabelle Bertin-Jung, Isaure Chauvot de Beauchêne, Christel Valencia-Schmitt, Pascal Villa, Bernard Maigret, Sylvie Fournel-Gigleux
article
Colloque Régional de la Fondation Maladies Rares, Feb 2020, Strasbourg, France
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titre
Docking of RNA Hairpin on Protein Using a Fragment-Based Method
auteur
Antoine Moniot, Rohit Roy, Yann Guermeur, Isaure Chauvot de Beauchêne
article
JOBIM, Jul 2020, Montpellier, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02927185/file/Moniot_JOBIM20a.pdf BibTex
titre
Using Restraints in EROS-Dock Improves Model Quality in Pairwise and Multicomponent Protein Docking
auteur
Maria Ruiz­ Echartea, David Ritchie, Isaure Chauvot de Beauchêne
article
Proteins – Structure, Function and Bioinformatics, Wiley, 2020, 88 (8), pp.1121-1128. ⟨10.1002/prot.25959⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02930827/file/maria_proteins_v14.pdf BibTex

2019

titre
Vers un nouveau traitement des mucopolysaccharidoses ? Recherche d’inhibiteurs de la β1,4-galactosyltransférase 7 (β4GalT7) par des approches combinées de criblage expérimental et virtuel
auteur
Sandrine Gulberti, Isabelle Bertin-Jung, Isaure Chauvot de Beauchêne, Christel Valencia-Schmitt, Pascal Villa, Bernard Maigret, Sylvie Fournel-Gigleux
article
Colloque de la Fondation Maladies Rares, May 2019, Paris, France
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titre
Blind prediction of homo‐ and hetero‐ protein complexes: The CASP13‐CAPRI experiment
auteur
Marc Lensink, Guillaume Brysbaert, Nurul Nadzirin, Sameer Velankar, Raphaël A.G. Chaleil, Tereza Gerguri, Paul Bates, Elodie Laine, Alessandra Carbone, Sergei Grudinin, Ren Kong, Ran‐ran Liu, Xi‐ming Xu, Hang Shi, Shan Chang, Miriam Eisenstein, Agnieszka Karczynska, Cezary Czaplewski, Emilia Lubecka, Agnieszka Lipska, Paweł Krupa, Magdalena Mozolewska, Łukasz Golon, Sergey Samsonov, Adam Liwo, Silvia Crivelli, Guillaume Pagès, Mikhail Karasikov, Maria Kadukova, Yumeng Yan, Sheng‐you Huang, Mireia Rosell, Luis Angel Rodríguez‐lumbreras, Miguel Romero‐durana, Lucía Díaz‐bueno, Juan Fernandez‐recio, Charles Christoffer, Genki Terashi, Woong‐hee Shin, Tunde Aderinwale, Sai Raghavendra Maddhuri Venkata Subram, Daisuke Kihara, Dima Kozakov, Sandor Vajda, Kathyn Porter, Dzmitry Padhorny, Israel Desta, Dmitri Beglov, Mikhail Ignatov, Sergey Kotelnikov, Iain Moal, David Ritchie, Isaure Chauvot de Beauchêne, Bernard Maigret, Maria Elisa Ruiz Echartea, Didier Barradas‐bautista, Zhen Cao, Luigi Cavallo, Romina Oliva, Yue Cao, Yang Shen, Minkyung Baek, Taeyong Park, Hyeonuk Woo, Chaok Seok, Merav Braitbard, Lirane Bitton, Dina Scheidman‐duhovny, Justas DapkŪnas, Kliment Olechnovič, Česlovas Venclovas, Petras Kundrotas, Saveliy Belkin, Devlina Chakravarty, Varsha Badal, Ilya Vakser, Thom Vreven, Sweta Vangaveti, Tyler Borrman, Zhiping Weng, Johnathan Guest, Ragul Gowthaman, Brian Pierce, Xianjin Xu, Rui Duan, Liming Qiu, Jie Hou, Benjamin Ryan Merideth, Zhiwei Ma, Jianlin Cheng, Xiaoqin Zou, Panos Koukos, Jorge Roel‐touris, Francesco Ambrosetti, Cunliang Geng, Jörg Schaarschmidt, Mikael Trellet, Adrien S.J. Melquiond, Li Xue, Brian Jiménez‐garcía, Charlotte Noort, Rodrigo Honorato, Alexandre M.J.J. Bonvin, Shoshana Wodak
article
Proteins – Structure, Function and Bioinformatics, Wiley, 2019, 87 (12), pp.1200-1221. ⟨10.1002/prot.25838⟩
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titre
NAfragDB: A Multi-Purpose Structural Database of Nucleic-Acid/Protein Complexes for Advances Users
auteur
Antoine Moniot, Sjoerd de Vries, Dave Ritchie, Isaure Chauvot de Beauchêne
article
21e congrès du Groupe de graphisme et modélisation moléculaire (GGMM), Apr 2019, Nice, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02393039/file/abstract_NAfrag_GGMM%20%281%29.pdf BibTex
titre
EROS-DOCK: Protein-Protein Docking Using Exhaustive Branch-and-Bound Rotational Search
auteur
Maria Ruiz­ Echartea, Isaure Chauvot de Beauchêne, David Ritchie
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2019, 35 (23), pp.5003-5010. ⟨10.1093/bioinformatics/btz434⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02269812/file/maria_bioinfo_2018_clean%20%281%29.pdf BibTex
titre
EROS-DOCK for Pairwise and Multi-body Protein-Protein Docking
auteur
Maria-Elisa Ruiz-Echartea, Isaure Chauvot de Beauchêne, David Ritchie
article
Journée MASIM2019 (Méthodes Algorithmiques pour les Structures et Interactions Macromoléculaires), Nov 2019, Paris, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02391973/file/Maria-Abstract-08-10-2019_ICB.pdf BibTex
titre
EROS: A Protein Docking Algorithm Using a Quaternion pi- Ball Representation for Exhaustive and Accelerated Exploration of 3D Rotational Space
auteur
Maria-Elisa Ruiz-Echartea, Isaure Chauvot de Beauchêne, David Ritchie
article
GGMM (groupe de graphisme et modélisation moléculaire ), Apr 2019, Nice, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02392106/file/posterPresentation4-2.pdf BibTex
titre
EROS-DOCK and EROS-DOCK MULTI-BODY Approach
auteur
Maria-Elisa Ruiz-Echartea, Echartea Ruiz, Maria Ruiz­ Echartea, Isaure Chauvot de Beauchêne, David Ritchie
article
CAPRI evaluation meeting, Apr 2019, Hinxton, United Kingdom
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02394484/file/CAPRI.pdf BibTex
titre
Modeling large protein–glycosaminoglycan complexes using a fragment‐based approach
auteur
Sergey Samsonov, Martin Zacharias, Isaure Chauvot de Beauchêne
article
Journal of Computational Chemistry, Wiley, 2019, 40 (14), pp.1429-1439. ⟨10.1002/jcc.25797⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02088192/file/Samsonov_Zacharias_Chauvot-de-Beauchene_formated.pdf BibTex
titre
Characterization of a relaxase belonging to the MOBT family, a widespread family in Firmicutes mediating the transfer of ICEs
auteur
Nicolas Soler, Emilie Robert, Isaure Chauvot de Beauchêne, Philippe Monteiro, Virginie Libante, Bernard Maigret, Johan Staub, David W. Ritchie, Gérard Guédon, Sophie Payot, Marie-Dominique Devignes, Nathalie Leblond-Bourget
article
Mobile DNA, BioMed Central, 2019, 10 (1), pp.1-16. ⟨10.1186/s13100-019-0160-9⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02138843/file/SolerNEtAl_MobileDNA_2019.pdf BibTex
titre
Docking software performance in protein-glycosaminoglycan systems
auteur
Urszula Uciechowska-Kaczmarzyk, Isaure Chauvot de Beauchêne, Sergey Samsonov
article
Journal of Molecular Graphics and Modelling, Elsevier, 2019, Journal of Molecular Graphics and Modelling, 90, pp.42-50. ⟨10.1016/j.jmgm.2019.04.001⟩
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2018

titre
Reactive pipelines for integrated structural bioinformatics resources
auteur
Isaure Chauvot de Beauchêne, Sjoerd de Vries
article
3D-BioInfo: Launch Meeting for a proposed ELIXIR Community in Structural Bioinformatics, Oct 2018, Basel, Switzerland
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https://hal.inria.fr/hal-01925064/file/reactive_pipelines_final.pdf BibTex
titre
EROS: A Protein Docking Algorithm Using a Quaternion Pi-Ball Representation for Exhaustive and Accelerated Exploration of 3D Rotational Space
auteur
Maria Ruiz­ Echartea, Isaure Chauvot de Beauchêne, David Ritchie
article
APIL 2018 – Journée d’automne de l’Ecole Doctorale IAEM-Lorraine, Nov 2018, Nancy, France
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https://hal.inria.fr/hal-01929546/file/posterAPIL2018.pdf BibTex
titre
A hybrid combinatorial method for docking single stranded RNAs in a protein pockect at the thermodynamic equilibrium
auteur
Chinmay Singhal, Yann Ponty, Isaure Chauvot de Beauchêne
article
JOBIM (Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques), Jul 2018, Marseille, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02394529/file/abstract_JOBIM2018_BOA.pdf BibTex
titre
A hybrid combinatorial method for docking single stranded RNA on proteins at the thermodynamic equilibrium
auteur
Chinmay Singhal, Yann Ponty, Isaure Chauvot de Beauchêne
article
RECOMB 2018 – 22nd Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology, Apr 2018, Paris, France
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https://hal.inria.fr/hal-01925083/file/RCB.pdf BibTex

2017

titre
Modeling large protein–glycosaminoglycan complexes using a fragment‐based approach
auteur
Isaure Chauvot de Beauchêne
article
2017
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https://hal.inria.fr/hal-01994476/file/Samsonov_Zacharias_Chauvot-de-Beauchene_HAL.pdf BibTex
titre
Fragment­ based modeling of protein­-GAG complexes
auteur
Isaure Chauvot de Beauchêne, Sergey A Samsonov, Martin Zacharias
article
GGMM 2017 – 20e congrès du Groupe de Graphisme et Modelisation Moleculaire, May 2017, Reims, France. pp.1
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01927283/file/Poster-GGMM2017-A0.pdf BibTex
titre
Germline CDKN2A/P16INK4A mutations contribute to genetic determinism of sarcoma
auteur
Fanélie Jouenne, Isaure Chauvot de Beauchêne, Emeline Bollaert, Marie-Francoise Avril, Olivier Caron, Olivier Ingster, Axel Lecesne, Patrick Benuisiglio, Philippe Terrier, Vincent Caumette, Daniel Pissaloux, Arnaud de la Fouchardiere, Odile Cabaret, Birama N’Diaye, Amélie Velghe, Gaëlle Bougeard, Graham Mann, Serge Koscielny, Jennifer H. Barrett, Mark Harland, Julia Newton-Bishop, Nelleke Gruis, Remco van Doorn, Marion Gauthier-Villars, Gaelle Pierron, Dominique Stoppa-Lyonnet, Isabelle Coupier, Rosine Guimbaud, Capucine Delnatte, Jean Yves Scoazec, Alexander Eggermont, Jean Feunteun, Luba Tchertanov, Jean-Baptiste Demoulin, Thierry Frebourg, Brigitte Bressac de Paillerets
article
Journal of Medical Genetics, BMJ Publishing Group, 2017, 54 (9), pp.607-612. ⟨10.1136/jmedgenet-2016-104402⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01580787/file/jouenne_2017.pdf BibTex
titre
Accelerating Protein Docking Calculations using the ATTRACT Coarse­-Grained Force Field and 3D Rotation Maps
auteur
Maria Ruiz­ Echartea, Isaure Chauvot de Beauchêne, David Ritchie
article
GGMM 2017 – Groupe de Graphisme et Modélisation Moléculaire, May 2017, Reims, France
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https://hal.inria.fr/hal-01927271/file/GGMM-Maria-Elisa-Dave-final.pdf BibTex
titre
Rapid Design of Knowledge-Based Scoring Potentials for Enrichment of Near-Native Geometries in Protein-Protein Docking
auteur
Alexander Sasse, Sjoerd de Vries, Christina Schindler, Isaure Chauvot de Beauchêne, Martin Zacharias
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2017, ⟨10.1371/journal.pone.0170625⟩
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titre
Protein-protein and peptide-protein docking and refinement using ATTRACT in CAPRI
auteur
Christina Schindler, Isaure Chauvot de Beauchêne, Sjoerd de Vries, Martin Zacharias
article
Proteins: Structure, Function, and Genetics, Wiley, 2017, ⟨10.1002/prot.25196⟩
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2016

titre
Fragment-based modeling of protein-bound ssRNA
auteur
Isaure Chauvot de Beauchêne, Sjoerd de Vries, Martin Zacharias
article
ECCB 2016: The 15th European Conference on Computational Biology, Sep 2016, Den Haag, Netherlands. 2016
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01573352/file/ECCB2017-A4.pdf BibTex
titre
How Missense Mutations in Receptors Tyrosine Kinases impact Constitutive Activity and alternate Drug Sensitivity: Insights from Molecular Dynamics Simulations
auteur
Isaure Chauvot de Beauchêne, Luba Tchertanov
article
Receptors & Clinical Investigation, 2016, ⟨10.14800/rci.1372⟩
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BibTex
titre
Fragment-based modelling of single stranded RNA bound to RNA recognition motif containing proteins
auteur
Isaure Chauvot de Beauchêne, Sjoerd de Vries, Martin Zacharias
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2016, ⟨10.1093/nar/gkw328⟩
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titre
Binding Site Identification and Flexible Docking of Single Stranded RNA to Proteins Using a Fragment-Based Approach
auteur
Isaure Chauvot de Beauchêne, Sjoerd de Vries, Martin Zacharias
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2016, ⟨10.1371/journal.pcbi.1004697⟩
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titre
Insight on mutation-induced resistance from molecular dynamics simulations of the native and mutated CSF-1R and KIT
auteur
Priscilla da Silva Figueiredo Celestino Gomes, Isaure Chauvot de Beauchêne, Nicolas Panel, Sophie Lopes, Paulo de Sepulveda, Pedro G Pascutti, E Solary, Luba Tchertanov
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2016, 11 (7), ⟨10.1371/journal.pone.0160165⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01505869/file/journal.pone.0160165.PDF BibTex
titre
Cryo-EM Data Are Superior to Contact and Interface Information in Integrative Modeling
auteur
Sjoerd de Vries, Isaure Chauvot de Beauchêne, Christina Schindler, Martin Zacharias
article
Biophysical Journal, Biophysical Society, 2016, ⟨10.1016/j.bpj.2015.12.038⟩
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BibTex
titre
Structure and target interaction of a G-quadruplex RNA-aptamer
auteur
Kristina Szameit, Katharina Berg, Sven Kruspe, Erica Valentini, Eileen Magbanua, Marcel Kwiatkowski, Isaure Chauvot de Beauchêne, Dmitri Svergun, Hartmut Schlüter, Martin Zacharias, Ulrich Hahn
article
RNA Biology, Taylor & Francis, 2016, 13 (10), pp.973 – 987. ⟨10.1080/15476286.2016.1212151⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01505860/file/Szameit2016_authors.pdf BibTex

2015

titre
A web interface for easy flexible protein-protein docking with ATTRACT
auteur
Sjoerd de Vries, Christina Schindler, Isaure Chauvot de Beauchêne, Martin Zacharias
article
Biophysical Journal, Biophysical Society, 2015, ⟨10.1016/j.bpj.2014.12.015⟩
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2014

titre
Allosteric pathway identification through network analysis: from molecular dynamics simulations to interactive 2d and 3d graphs
auteur
Arian Allain, Isaure Chauvot de Beauchêne, Florent Langenfeld, Yann Guarracino, Elodie Laine, Luba Tchertanov
article
Faraday Discussions, Royal Society of Chemistry, 2014, ⟨10.1039/c4fd00024b⟩
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titre
Hotspot mutations in KIT receptor differentially modulate its allosterically coupled conformational dynamics: impact on activation and drug sensitivity
auteur
Ariane Allain, Isaure Chauvot de Beauchêne, Nicolas Panel, Elodie Laine, Alain Trouvé, Patrice Dubreuil, Luba Tchertanov
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2014, 10 (7), pp.e1003749. ⟨10.1371/journal.pcbi.1003749⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01505833/file/journal.pcbi.1003749.PDF BibTex
titre
HSP70 sequestration by free α-globin promotes ineffective erythropoiesis in β-thalassaemia
auteur
Arlet J.B., Ribeil J.A., Flavia Guillem, Olivier Negre, Adonis Hazoume, Guillaume Marcion, Yves Beuzard, Michaël Dussiot, Ivan Cruz-Moura, Samuel Demarest, Isaure Chauvot de Beauchêne, Z. Belaid-Choucair, Margaux Sevin, Thiago Trovati Maciel, Christian Auclair, Philippe Leboulch, Stany Chretien, Luba Tchertanov, Véronique Baudin-Creuza, Renaud Seigneuric, Michaela Fontenay, Olivier Hermine, Carmen Garrido, Genevieve Courtois
article
Nature, Nature Publishing Group, 2014, ⟨10.1038/nature13614⟩
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titre
Characterization of S628N: a novel KIT mutation found in a metastatic melanoma
auteur
Marina Vita, Julie Tisserand, Isaure Chauvot de Beauchêne, Nicolas Panel, Luba Tchertanov, Julie Agopian, Lenaig Mescam-Mancini, Bernard Fouet, Beatrice Fournier, Patrice Dubreuil, François Bertucci, Paulo de Sepulveda
article
JAMA Dermatology, American Medical Association, 2014, 150 (12), ⟨10.1001/jamadermatol.2014.1437⟩
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2013

titre
Raltegravir flexibility and its impact on recognition by the HIV-1 IN targets.
auteur
Rohit Arora, Isaure Chauvot de Beauchêne, Jaroslaw Polansky, Elodie Laine, Luba Tchertanov
article
Journal of Molecular Recognition, Wiley, 2013, ⟨10.1002/jmr.2277⟩
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2011

titre
Mutation D816V alters the internal structure and dynamics of c-KIT receptor cytoplasmic region: implications for dimerization and activation mechanisms
auteur
Elodie Laine, Isaure Chauvot de Beauchêne, David Perahia, Christian Auclair, Luba Tchertanov
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2011, ⟨10.1371/journal.pcbi.1002068⟩
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