Publications

Publications HAL de Chauvot de Beauchene

2018

titre
Reactive pipelines for integrated structural bioinformatics resources
auteur
Isaure Chauvot de Beauchêne, Sjoerd De Vries
article
3D-BioInfo: Launch Meeting for a proposed ELIXIR Community in Structural Bioinformatics, Oct 2018, Basel, Switzerland
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https://hal.inria.fr/hal-01925064/file/reactive_pipelines_final.pdf BibTex
titre
A hybrid combinatorial method for docking single stranded RNA on proteins at the thermodynamic equilibrium
auteur
Chinmay Singhal, Yann Ponty, Isaure Chauvot de Beauchêne
article
Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) 2018, Mar 2018, Paris, France
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https://hal.inria.fr/hal-01925083/file/RCB.pdf BibTex

2017

titre
Germline CDKN2A/P16INK4A mutations contribute to genetic determinism of sarcoma
auteur
Fanélie Jouenne, Isaure Chauvot de Beauchêne, Emeline Bollaert, Marie-Francoise Avril, Olivier Caron, Olivier Ingster, Axel Lecesne, Patrick Benuisiglio, Philippe Terrier, Vincent Caumette, Daniel Pissaloux, Arnaud De La Fouchardiere, Odile Cabaret, Birama N’Diaye, Amélie Velghe, Gaëlle Bougeard, Graham Mann, Serge Koscielny, Jennifer H. Barrett, Mark Harland, Julia Newton-Bishop, Nelleke Gruis, Remco Van Doorn, Marion Gauthier-Villars, Gaelle Pierron, Dominique Stoppa-Lyonnet, Isabelle Coupier, Rosine Guimbaud, Capucine Delnatte, Jean Yves Scoazec, Alexander Eggermont, Jean Feunteun, Luba Tchertanov, Jean-Baptiste Demoulin, Thierry Frebourg, Brigitte Bressac de Paillerets
article
Journal of Medical Genetics, BMJ Publishing Group, 2017, 〈10.1136/jmedgenet-2016-104402〉
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https://hal.inria.fr/hal-01580787/file/jouenne_2017.pdf BibTex
titre
Rapid Design of Knowledge-Based Scoring Potentials for Enrichment of Near-Native Geometries in Protein-Protein Docking
auteur
Alexander Sasse, Sjoerd De Vries, Christina Schindler, Isaure Chauvot de Beauchêne, Martin Zacharias
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2017, 〈10.1371/journal.pone.0170625〉
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titre
Protein-protein and peptide-protein docking and refinement using ATTRACT in CAPRI
auteur
Christina Schindler, Isaure Chauvot de Beauchêne, Sjoerd De Vries, Martin Zacharias
article
Proteins: Structure, Function, and Genetics, Wiley, 2017, 〈10.1002/prot.25196〉
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2016

titre
Fragment-based modeling of protein-bound ssRNA
auteur
Isaure Chauvot de Beauchene, Sjoerd De Vries, Martin Zacharias
article
ECCB 2016: The 15th European Conference on Computational Biology, Sep 2016, Den Haag, Netherlands. 2016
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01573352/file/ECCB2017-A4.pdf BibTex
titre
How Missense Mutations in Receptors Tyrosine Kinases impact Constitutive Activity and alternate Drug Sensitivity: Insights from Molecular Dynamics Simulations
auteur
Isaure Chauvot de Beauchêne, Luba Tchertanov
article
Receptors & Clinical Investigation, 2016, 〈10.14800/rci.1372〉
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titre
Fragment-based modelling of single stranded RNA bound to RNA recognition motif containing proteins
auteur
Isaure Chauvot de Beauchêne, Sjoerd De Vries, Martin Zacharias
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2016, 〈10.1093/nar/gkw328〉
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titre
Binding Site Identification and Flexible Docking of Single Stranded RNA to Proteins Using a Fragment-Based Approach
auteur
Isaure Chauvot de Beauchêne, Sjoerd De Vries, Martin Zacharias
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2016, 〈10.1371/journal.pcbi.1004697〉
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titre
Insight on mutation-induced resistance from molecular dynamics simulations of the native and mutated CSF-1R and KIT
auteur
Priscilla Da Silva Figueiredo Celestino Gomes, Isaure Chauvot de Beauchêne, Nicolas Panel, Sophie Lopes, Paulo De Sepulveda, Pedro G Pascutti, E Solary, Luba Tchertanov
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2016, 11 (7), 〈10.1371/journal.pone.0160165〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01505869/file/journal.pone.0160165.PDF BibTex
titre
Cryo-EM Data Are Superior to Contact and Interface Information in Integrative Modeling
auteur
Sjoerd De Vries, Isaure Chauvot de Beauchêne, Christina Schindler, Martin Zacharias
article
Biophysical Journal, Biophysical Society, 2016, 〈10.1016/j.bpj.2015.12.038〉
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titre
Structure and target interaction of a G-quadruplex RNA-aptamer
auteur
Kristina Szameit, Katharina Berg, Sven Kruspe, Erica Valentini, Eileen Magbanua, Marcel Kwiatkowski, Isaure Chauvot de Beauchêne, Boris Krichel, Kira Schamoni, Charlotte Uetrecht, Dimitri I. Svergun, Hartmut Schlüter, Martin Zacharias, Ulrich Hahn
article
RNA Biology, Taylor & Francis, 2016, 〈10.1080/15476286.2016.1212151〉
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2015

titre
A web interface for easy flexible protein-protein docking with ATTRACT
auteur
Sjoerd De Vries, Christina Schindler, Isaure Chauvot de Beauchêne, Martin Zacharias
article
Biophysical Journal, Biophysical Society, 2015, 〈10.1016/j.bpj.2014.12.015〉
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2014

titre
Allosteric pathway identification through network analysis: from molecular dynamics simulations to interactive 2d and 3d graphs
auteur
Arian Allain, Isaure Chauvot de Beauchêne, Florent Langenfeld, Yann Guarracino, Elodie Laine, Luba Tchertanov
article
Faraday Discussions, Royal Society of Chemistry, 2014, 〈10.1039/c4fd00024b〉
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titre
Hotspot mutations in KIT receptor differentially modulate its allosterically coupled conformational dynamics: impact on activation and drug sensitivity
auteur
Ariane Allain, Isaure Chauvot de Beauchêne, Nicolas Panel, Elodie Laine, Alain Trouvé, Patrice Dubreuil, Luba Tchertanov
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2014, 10 (7), pp.e1003749. 〈10.1371/journal.pcbi.1003749〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01505833/file/journal.pcbi.1003749.PDF BibTex
titre
HSP70 sequestration by free α-globin promotes ineffective erythropoiesis in β-thalassaemia
auteur
Arlet J.B., Ribeil J.A., Flavia Guillem, Olivier Negre, Adonis Hazoume, Guillaume Marcion, Yves Beuzard, Michaël Dussiot, Ivan Cruz-Moura, Samuel Demarest, Isaure Chauvot de Beauchêne, Z. Belaid-Choucair, Margaux Sevin, Thiago Trovati Maciel, Christian Auclair, Philippe Leboulch, Stany Chretien, Luba Tchertanov, Véronique Baudin-Creuza, Renaud Seigneuric, Michaela Fontenay, Olivier Hermine, Carmen Garrido, Genevieve Courtois
article
Nature, Nature Publishing Group, 2014, 〈10.1038/nature13614〉
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titre
Characterization of S628N: a novel KIT mutation found in a metastatic melanoma
auteur
Marina Vita, Julie Tisserand, Isaure Chauvot de Beauchêne, Nicolas Panel, Luba Tchertanov, Julie Agopian, Lenaig Mescam-Mancini, Bernard Fouet, Beatrice Fournier, Patrice Dubreuil, François Bertucci, Paulo De Sepulveda
article
Journal of the American Medical Association dermatology – JAMA Dermatol, Chicago, IL : American Medical Association, [2013]-, 2014, 〈10.1001/jamadermatol.2014.1437〉
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2013

titre
Raltegravir flexibility and its impact on recognition by the HIV-1 IN targets.
auteur
Rohit Arora, Isaure Chauvot de Beauchêne, Jaroslaw Polansky, Elodie Laine, Luba Tchertanov
article
Journal of Molecular Recognition, Wiley, 2013, 〈10.1002/jmr.2277〉
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2011

titre
Mutation D816V alters the internal structure and dynamics of c-KIT receptor cytoplasmic region: implications for dimerization and activation mechanisms
auteur
Elodie Laine, Isaure Chauvot de Beauchêne, David Perahia, Christian Auclair, Luba Tchertanov
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2011, 〈10.1371/journal.pcbi.1002068〉
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