Projets

Contrat d’interface avec le CHRU Nancy

PROJET GraphScore-2

L’objectif de ce projet est de noter des sous-graphes extraits d’un réseau d’interactions complexes, en lien avec des recherches cliniques visant à découvrir de nouveaux biomarqueurs de l’insuffisance cardiaque. Des scores de graphes originaux seront définis sur la base des connaissances disponibles sur les interactions qui composent ces graphes et par une estimation statistique de significativité au sein du réseau complexe. Ces scores seront optimisés individuellement ou en combinaison pour leur capacité à discriminer les sous-graphes reliant les pathologies de l’insuffisance cardiaque à des biomarqueurs connus. Ils seront ensuite appliqués aux sous-graphes correspondant à des biomarqueurs candidats afin de les classer par ordre de pertinence.

Offer for a post-doc position (12 months)

The post-doctoral project concerns the analysis of complex interaction networks. The main ressource at our disposal is a huge heterogeneous graph database (provided by EdgeLeap for the FIGHT-HF program) that represents various types of interactions between various groups of elements : proteins, diseases, drugs, etc. One objective of the FIGHT-HF project is to exploit this ressource to identify new biomarkers characteristics of certain heart-failure mechanisms.

The queries on the main graph database most often return subgraphs such as the shortest paths between proteins or drugs of interest and a disease. In order to avoid manual inspection of all these subgraphs, some graph scoring should be defined in order to rank the subgraphs according to given points of view and to analyze first the most relevant ones. The graph scoring method should combine graph topological properties and any other properties attached as attributes to the graph nodes and edges, these latter properties being expressed in controlled vocabularies or ontologies.

Several graph scoring methods will be defined with the help of bioinformaticians, biostatisticiens et FIGHT-HF clinicians. The post-doctoral scientist will develop score calculation, and design and run evaluation studies, based for instance on already known biomarkers.

Recruitement limit : 31 july 2019

Application deadline : 30 june 2019

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Enseignement (2019)

CMI : Cursus Master Ingénieur BioSanté

Fichiers Blast: Blast_Couplage, Blast_Relaxase, Blast_Int_DDE, Blast_Int_Ser, Blast Int_Tyr

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Fichiers CP002215_fasta.fasta, CP002215_embl.embl, CP002215_resultats14-5-2013

 

Projets en cours (en 2019)

PROJET FIGHT-HF (2015-2020)

FIGHT-HF is for FIGHT Heart Failure, in French « Combattre l’insuffisance cardiaque ». Ce projet de recherche hospitalo universitaire (RHU) a été construit par la Fédération Hospitalo-Universitaire CARTAGE (Cardiac and Arterial Ageing) du CHRU Nancy Brabois. Le Loria (MD Devignes et Malika Smaïl-Tabbone) coordonne le WP5 : « Network-based analysis and integration » dans lequel des recherches sont menées autour d’une plateforme en science des réseaux pour intégrer les connaissances sur l’insuffisance cardiaque ainsi que les données des cohortes étudiées dans le projet, afin de proposer une aide à la décision pour le diagnostic, le traitement et la prévention des différentes formes d’insuffisance cardiaque.

CPER ITM2P (2015-2020)

Le contrat de plan Etat-Région Santé 2015-2020 est piloté par l’INSERM. ITM2P est pour Innovations Technologiques, Modélisation et Médecine Personnalisée. Ce projet est construit autour de 4 plateformes : SMEC, SCIARAT, IMTI et COPHEBIOB (voir schéma ci-dessous), en interaction avec une 5ème plateforme (BIOS) qui ne dépend pas directement du CPER ITM2P. La plateforme SMEC (Simulation, Modélisation et Extraction de Connaissances) est coordonnée par Malika Smaïl-Tabbone et MD Devignes (Loria), Eliane Albuisson (IECL) et François Dehez (SRSMC).

Projet LUE CITRAM (2017-2019)

Ce projet Lorraine Université d’Excellence étudie la Conception d’Inhibiteurs  du Transfert de Résistances aux agents Anti-Microbiens. Il est porté par la Pr. Nathalie Leblond-Bourget du laboratoire DynAMic (UMR 1128 INRA Université de Lorraine). La partie Loria est coordonnée par MD Devignes et concerne d’une part le criblage virtuel d’inhibiteurs du site actif de la relaxase du système ICESt3, d’autre part la modélisation des interactions entre cette relaxase et l’ADN qui est transféré d’une cellule à l’autre.